隨後滇軍內部發生了一係列重大的改變，雙方分化成兩個陣營，從此內戰不止。
1925年2月，爆發了第一次滇桂戰爭。
1930年4月，在蔣介石的支持下，龍雲率部爆發了第二次滇桂戰爭。
兩次戰爭，滇軍均沒有得到任何好處，堪稱失敗。
抗日戰爭時期：
1937年7月7日，日本軍國主義悍然於盧溝橋畔挑起事端，中華民族到了生死存亡的危急關頭，全民族團結起來一致對外。
戰爭初始階段，日軍攻勢淩厲，很快占據華北、華東地區，曆時三個月的淞滬戰役也告失敗，國軍主力退出淞滬地區向南京撤退，日軍跟進追擊，此時此刻全國抗戰形勢嚴峻異常。
就在這個時候，國民政府在南京召開最高軍事會議，要求各地有錢出錢、有力出力，保衛南京，共挽危局，“國家興亡，匹夫有責”。
過去一向對中央政府“服管不服調”的雲南省政府主席龍雲一反常態，在會上慷慨陳詞，率先表示雲南願出“雄兵二十萬”，得到了政府的讚揚和各地的效仿。
雲南地方報刊發出緊急通告要求度假和公務在外的軍人馬上趕回部隊，並公布對陣亡和殘廢軍人家屬的優待政策，同時號召青年當兵。
雲南此時將僅有的3萬部隊迅速集中到昆明和曲靖進行整編，光榮的國民革命軍第60軍從此誕生，盧漢被任命為首任軍長，彙同因內戰一直滯留在廣東的“老三軍”、在四川的新編第七師等老滇軍一起，先期奔赴前線，同時組建了新部隊——國民革命軍陸軍第58軍和新編第3軍，隨即北上，可謂“抗戰軍興”。
1937年10月12日，60軍將士由軍長盧漢將軍率領在昆明巫家壩軍營舉行了盛大隆重的出征誓師大會，雲南各界要員和群眾數萬人參加。會上民眾獻旗高呼口號，“盧軍長，打！打！打！三師長，殺！殺！殺！誓滅倭寇，保衛祖國！”會後，在昆明人民的夾道歡送下，60軍徒步40餘日，從昆明到湖南長沙、常德一帶集結待命。
同年11月，該部調往華東戰場參與了南京保衛戰。
1938年4月，第60軍編入第5戰區參加了徐州會戰，在台兒莊大戰期間，該部駐守運河至禹王山一線，麵對日軍阪垣師團及嘰穀師團兩支主力師團的左右圍攻，扼守防線27天，日軍未能前進一步，有力的保證了國軍主力的反撲，此戰60軍減員百分之五十，戰後受到第5戰區司令長官及軍委會嘉獎。
1938年7月第60軍因在徐州會戰期間的表現，軍委會將其擴編為第30軍團，下轄三個軍（第58軍、60軍、新3軍）原軍長盧漢任軍團長，隨後60軍在軍團編成內參與了武漢會戰。
1939年2月，第60軍奉命編入第1集團軍開赴江西銅鼓整編，此時安恩溥任該軍軍長，隨即全軍再度開赴南昌前線參與南昌會戰、第一次長沙會戰、和年底的冬季攻勢作戰等，戰功頗豐，受到軍委會嘉獎。
1940年9月，日軍占領越南，國民革命軍第182師、第184師轉調雲南防守紅河州一帶，並改編為第1集團軍第1路軍，參與滇南邊境保衛戰。
1941年5月，第60軍再次與新3軍建製對調，隨後北上參與了第二次長沙會戰。
1943年秋季，日軍由印度支那半島進攻滇緬邊境，60軍由中南戰場回防雲南。
1945年8月15日，奉中央軍事委員會的命令，盧漢親率國民革命軍第93軍、第60軍入越南的南定市，接受日軍投降。
1945年11月，蔣中正又重新整編滇軍，將8個步兵師縮編為2個軍，即國民革命軍第93軍、第60軍，同月曾澤生被任命為第60軍長。
從1937年到1945年八年間，第60軍參加了台兒莊會戰、湘贛會戰、武漢會戰、長沙會戰、常德會戰、長衡會戰、滇南防禦作戰、緬北反擊戰、滇西戰役，為捍衛中華民族主權完整，人民的安寧幸福立下了不世之功。
解放戰爭時期：
1945年9月15日，蔣介石命新編第3軍軍部和新編第12師撤銷，並入第183師，歸第58軍建製，駐防安徽蕪湖、安慶，脫離了第1集團軍指揮。10月3日，在蔣介石策劃下，昆明防守司令杜聿明乘機發動倒龍“政變”，包圍五華山，迫使龍雲交出權力。
龍雲權到重慶就任軍事參議院院長之職。
隨後，蔣介石任命盧漢為雲南省主席，盧漢回雲南後，依蔣介石的要求，對駐越滇軍進行了整編，第60軍和第93軍各縮編為3個師，原暫編獨立第19師、第23師番號取消，裁並後分別編入第60、第93軍各師，原滇軍8個師整編為2個軍6個師，滇軍整編後不久，蔣介石便將這兩軍調往東北，參加內戰。
1946年3月-4月，滇軍60、第93軍從越北由海路先後直接運抵東北，第60軍置於遼南，第93軍駐防遼西走廊。
其中，第60軍軍部及暫第21師駐守撫順;第182師駐鐵嶺，第184師駐鞍山、海城等地。
第58軍被整編為第58師，轄第183、新編第10、11旅。
5月下旬，南滿解放軍第4縱隊包圍了海城，滇軍第184師師部及1個團被困，形勢危急。
師長潘朔端向杜聿明告急，杜令新1軍軍長孫立人率兵解海城之危，大兵圍城，救援無望，師長潘朔端倍感失望，率部2900餘人起義。
蔣介石為穩定滇軍，特派盧漢到東北安撫。
1948年10月15日，滇軍第93軍在錦州被解放軍消滅，軍長盧浚泉被生俘。
蔣中正對這支驍勇善戰的少數民族部隊一直都不是很放心，再加上裝備給養都不如駐防長春城西的國民革命軍新編第七軍，最終導致這支來自雲南的滇軍投降。
1948年10月14日，曾澤生和其麾下師長隴耀、白肇學等商定起義事宜。
1948年10月17日，國民革命軍第60軍發動起義，迫使國民革命軍新編第7軍投誠。
至此，被圍困了150多天的長春宣告和平解放，回到了人民的懷抱。
第60軍起義後，立即開赴吉林省九台及其附近地區待命，1949年1月2日，中共中央軍委授予這支部隊以中國人民解放軍第50軍番號，並任命了領導人。
首任軍長曾澤生將軍、政治委員徐文烈將軍、副軍長葉長庚將軍、參謀長舒行將軍、政治部主任王振乾將軍。
其所屬原第182師編為第148師，師長白肇學，政治委員陳一震；原暫編第21師編為第149師，師長隴耀，政治委員李桂林；原暫編第52師編為第150師，師長李佐，政治委員李冠元。
全軍2.3萬餘人，隸屬東北軍區。
3月，遵照中央軍委命令，東北軍區將第167師（由1948年2月25日在營口起義的原國民黨軍東北保安暫編第58師改編而成），編入第50軍建製，師長王家善、政治委員張梓楨。
此時的50軍共轄4個步兵師，1個直屬炮兵團。
第50軍成立後，按照人民解放軍的建軍原則，進行政治整訓，建立各種製度，特別是政治委員製度和政治工作製度，建立和健全共產黨的各級組織，實行黨對部隊的絕對領導；建立革命的官兵關係，培植革命軍隊的優良傳統作風。
同時，從東北軍區所屬機關、部隊陸續抽調各級各類班幹部466名，從遼北學院，長春青年幹校等單位招收青年知識分子600多名，從牡丹江教導團調來460多名改造較好的雲南藉解放軍官到該軍任職；又從東北翻身農民中補入5400多人，使部隊政治素質有了很大改善。