把小西行長等人打發走後，許靈兒和郭奕商量起了對策，那些不堪回首的往事曆曆在目……
當年，陳元化為了和湯景一起做生意，把海盜據點名單交給了王衝，錦衣衛通過明察暗訪，發現“海盜”新首領馬五是個本分商人，對於林風所布下的據點，除了有幾名倭寇之外，其餘人等在他的引導下，基本上都已改邪歸正。
當錦衣衛準備“收網行動”時，王衝在成國公老王爺麵前苦苦求情，出於憐憫之心，成國公老王爺答應了王衝，對這夥人嚴加監控，暫時先饒了他們，倘若不是林風再度出現，也許就沒有後來一係列故事，更不會有南京的那場慘禍……
林風自知在大陸、琉球和日本等地都無法立足，仍抱有一絲幻想跑到了薩摩，希望和島津義久和解，在秋目浦卷土重來，卻不曾想這夥薩摩人翻臉無情，火燒了他們的商船，導致林風夫婦落海遇難，文濤不忍心看著其兄嫂慘死在大海之中，救出了他們夫婦之後，將羅阿敏交給許靈兒和郭奕送到了南京，卻把林風關押在了比叡山延曆寺……
織田信長火燒比叡山，導致林風得以逃脫，恰遇羽柴秀吉把守要道，將他交給了小西隆佐，護送他經由朝鮮回國。於是，文濤暗中又追到了朝鮮，再次把其兄長關押在了全羅道通度寺，兩年後，他在通度寺遇到了琉球國的使節，便自稱是首裏燒酒坊的掌櫃，此時，琉球王舅馬良弼認為，朝鮮和琉球同為大明屬國，卻無故關押自己的子民，讓他很丟麵子，迫使敬岑長老釋放了林風。
林風從朝鮮逃走後，經遼東來到了山海關，找到了駐紮在此地的兩名倭寇，準備沿海南下收複其據點，在天津衛，卻正好碰上了赴京履新的海瑞。
羅氏姐妹在南京平安生活了五年，這時，隆慶皇帝已經去世，海瑞準備把她們帶回京城，交還給王衝、郭奕夫婦，官船在碼頭上歇息時，恰好被林風等人所發現，他們搶走了羅氏姐妹及林風的女兒，導致朱輝因“失職”而被收監審查。
王衝得到消息後，連夜以千裏加急的速度，給各地錦衣衛所發出指令，對海盜據點全麵收網，又和許靈兒等錦衣衛一起沿海岸線追擊……
正是在此期間，南京織造局的劉公公改換了門庭，投奔了新君“大伴”馮保，返回了南京之後，立刻抓捕了海盜出身的商人陳元化，將他押赴京城西市問斬，湯景被誣陷為海盜的同夥，被查封了家產，全家充軍發配……
當時，正在鬆江做生意的張狗兒得到了風聲，便連夜跑回南京去救人，但是已經晚了，得知湯氏姐妹剛被老鴇子劉保帶走了，便偽裝成“倭寇”火燒翠花樓，救出了湯瓊和湯瑤……
詭計多端的林風並沒有走海路，而是從滄州直奔開封府，一路南下逃亡到了廣州，本打算去投奔他的叔叔林道乾，恰遇曾一本、林道乾等海盜團夥剛剛被官府所剿滅，於是，他們又從廣州逃亡到了潮陽，重整海盜餘部，占據了南澳島……
王衝和許靈兒等人沿海南下，鏟除了海盜集團所有的據點，最後到了福建，卻沒能找到林風的任何蹤跡，錦衣衛都指揮使劉守有聞訊大怒。
作為位列三公、前錦衣衛都指揮使陸炳家族的世交，劉守有看在剛剛過世的成國公老王爺的麵上，暫時沒有發作，他以陸雲龍犧牲在了日本，而遺骨仍沒能運回國為由，派遣郭奕赴日本協助郭國強辦差。
郭奕帶著孩子含淚辭別了王衝，獨自前往日本去找郭國強；不久，許靈兒也接到了指令，搭乘漳州商人林邵琦的商船前往日本，就是在這趟旅途中，遭遇林風海盜集團的劫持，滯留在在南澳、呂宋等地近一年之久……