這些思想動搖的人紛紛背叛起義之後，首先弗蘭科尼亞等地區的起義就被逐個鎮壓了下去，這一過程極為的血腥殘忍，但這原本就是一個勝者為王的世界，輸掉的人絕對就是錯的，這才是我們這個世界至高的真理。最終閔采爾率領著被殺到隻剩下八千多名的起義軍，於一五二五年的五月份在繆爾豪森和封建主的五萬大軍展開了最後的決戰。
麵對兵力處於絕對優勢的敵人，閔采爾毫不畏懼，率領著起義軍一馬當先的向敵人衝去。可是由於這個時候的起義軍沒有經過係統的訓練，武器也非常落後，最後是寡不敵眾，敗於敵軍。閔采爾被俘之後被處以極刑，起義至此宣告失敗！人人平等的世界真理，戰敗了！至少這次就是這樣的。
但是德意誌農民的起義，這是從根本上動搖了天主教在德意誌的統治地位，又是促進了整個歐洲宗教改革和文藝複興運動的深入發展，推動了社會的前進。雖然這是以無數平民們的生命換來的，雖然最終還是失敗了，雖然他們現在又再一次過上了食不果腹、衣不遮體的生活。
我們以上也了解了教會在這個時期，已經從根本性質被動搖，那麼接下來我們就要看看目前教會內部的一些情況，看看這個時期的教會，在這種到處是農民起義的情況中，是要以暴力繼續屠殺，進行暴力管理，還是采用別的手段呢？
加爾文，他是日內瓦的教皇。加爾文是出生於一五零九年，死於一五六四年。他是出生在法國北部皮卡迪的努瓦容，他的父親曾經任命過主教的秘書，也是一座小教堂的辯護，頗有名望。他的母親是一個旅店店主的女兒，不幸早逝。繼母作風嚴厲，根據資料來說，繼母的作風對於加爾文的憂鬱個性形成有著很大的影響。
一五二八年，加爾文順從他父親的意思，進入了奧爾良大學學習法律。他的父親是想讓加爾文以後做個辯護行業，這樣就可以養家糊口，而且也是一份非常體麵的工作。但是加爾文這個時候卻迷戀上了神學，受到了路德宗思想的吸引。一五三一年他的父親去世之後，他這才擁有了自由，所以決定去巴黎大學專攻神學。而且加爾文如此想了，也是如此做了，所以他在巴黎研究了希臘文、希伯來文和拉丁文《聖經》，要求按照古代基督教的麵貌改造羅馬教會，這就導致加爾文逐漸傾向於宗教改革，因為加爾文他這個時候也看到了教會的真實世界。而為了這個夢想，到了一五三四年，加爾文成為了路德宗教的教徒。
由於加爾文他主張改革教會，所以這就變相的試圖在損壞教會和高層的利益，故此遭受到巴黎高層的迫害，加爾文在一五三四年十月，因為害怕高層將他自己殺死，所以就逃到了瑞士的巴塞爾，化名為卡紐斯，繼續研究路德宗的著作和《聖經》。到了一五三六年，他的《基督教要義》出版，此書出版的時候僅僅隻有六章，到了一五五九年最後修訂版時候達到了八十章，這是加爾文畢生研究新教和在日內瓦從事宗教政治活動的全麵總結。
所以這本書成為了這個宗教改革時期中影響最大的百科全書。至此我們詳細了解，一五三六年，加爾文的足跡遍延伸到了日內瓦，現在我們說個後話，其實這裏就成為了加爾文之後進行宗教改革的大本營。
圍繞著加爾文的思想，因為加爾文的思想是認為教皇是錯的，目前基督教的教義也是錯的，都是高層的人和教皇以上帝的名義進行的胡編亂造，所以很多人開始覺得加爾文的思想是正確的，所以這逐漸就形成了一個新的教會，加爾文教。
而且加爾文也是主張的信仰得救，還主張簡化教會的組織，更是規定教職人員隻能從教徒中進行民主的選舉產生，從而就徹底的改革了教會組織。在加爾文教裏，長老的地位是十分突出的，被稱為是宗教改革的警察，因此加爾文教也稱為長老會。一五四一年重回日內瓦後，加爾文這就開始了他自己的改革。
加爾文是首先將他自己的教會從羅馬教皇製約下解脫了出來，就是宣布他的教會是獨立的，不接受任何外來勢力的操控，這就導致不再受製於羅馬教皇，也不再受製於諸侯。由長老、市議員和市政官等等，組成的宗教法庭成為了日內瓦最高的行政機構。
加爾文他自己本人雖然不是宗教法庭的正式成員，但他也會經常出席法庭例會，是法庭的實際負責人。以此為基礎，日內瓦這就發生了根本性的改變，成為了一個政教合一的神權共和國，國家的法律和宗教的紀律成為了約束人們的兩條準繩，加爾文這個時候也成為了日內瓦高高在上的主宰。其實這個不是很難理解的，因為目前整個日內瓦根本不聽羅馬教皇的，更是教會和行政機構是一體，所以整個日內瓦發生了改變這是必然的。