麵對皇上提出的“三角區域振興”計劃，孫元化和熊廷弼歎服皇上雄心之餘，並未盲目讚同，而是從各自角度提出疑問和不解。
孫元化擰著眉起身拱手，首先發問：“皇上，神宗朝至今，各級官吏缺員嚴重。雖然光宗及本朝進行了補缺，但實際缺額依然較大。而且突然大規模補充官員，勢必在朝堂上引發爭奪職位的風波。先皇光宗曾因此與朝堂諸公不睦，諸公亦對此多有不滿之言。
另外按照國朝慣例，官員的派遣地點及名額，需要按照籍貫和所在地舉人數量等進行綜合考慮。光宗因補缺之時強行安排職位，就與吏部發生了極大衝突。不知皇上準備如何解決這個問題？而且官員能力高低又該如何考量和評價？畢竟這是個大計劃，不容有失。”
孫元化剛說完，熊廷弼捋捋胡子輕咳一聲，也起身拱手道：“皇上，老臣久在邊關，與各級官員均有接觸，老臣以為孫教喻所言實乃國朝之痛。大規模補充官員，必定打破原有平衡，由此甚至會帶來地方政務的動蕩。老臣亦請皇上細細思量。
另國朝任命官員之時有南北選之例，回避本省之傳統。此舉雖能減少徇私舞弊，但卻因所派官員不通政務，因而赴職之初，工作開展困難重重。
本地胥吏因外來官員政務不通不曉民情，常常挾製主官刁難索賄、依仗強豪監守自盜、欺壓百姓敲詐勒索、操縱司法徇私舞弊等，尤以操縱司法借訴生財為甚，百姓深惡之。
當前國朝之地方困境，並非單單官員之能力高低，或政令是否切合實際能解決。地方胥吏早已成地方一害，此製不改，恐成日後大患。
冰凍三尺非一日之寒，如果以上兩點不能得到確切改變，老臣認為‘三角區域振興’應當緩行，貿然施行恐有大憂。若依舊規能履新政，則新規可以靜待時機。皇上，三思啊。”
兩人的肺腑之言，讓朱由校感到很滿意：實幹派的官員就是不一樣，不但直接切中要害，其舉一反三的能力，朝堂上的那些嘴炮是遠遠比不上的。科學院秘書處的政務改革效果，目前看來還不錯。明朝的官員不是沒有能力和見識，隻是之前花太多心思在黨爭之上了。
朱由校拍拍手掌開心地咧嘴一笑：“好，兩位教喻所言，甚合朕心。朝廷裏不缺心裏明白的人，但很多人為了自己的利益，就是喜歡把這些弊端藏著掖著。朕既然決定改革，就不會對這些事情，視而不見聽而不聞。”
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朱由校快步走到書桌旁，示意傅山、孫元化和熊廷弼也一起過來。他拿起一摞紙張，往三人麵前一放：“朕這兩個月除了處置大同城內大小事務，其餘時間也沒閑著。朕草擬了一份官員任職的新流程出來，諸位可以看看。”
三人急忙快速瀏覽了一遍。文中，以留都南京之官員先行補缺的做法，符合國朝慣例。其餘如擇優錄取，特例入仕等也符合以往實情。讓三人感到比較新奇的是：
官員就任之前，必須在科學院秘書處進行掛職鍛煉。並根據實際政務處理能力的高低劃分職務，讓官員具備基本的政務處理能力。徹底改變以往讀而優則仕，實際中卻多有高分低能之弊的傳統製度，並減少官員被當地胥吏蒙騙和利用情況的發生；
針對舊有胥吏製度，進行全新的皇家公務員等級劃分製。胥吏根據實際能力高低，進行等級劃分並給予對應的福利及俸祿。經過國考之後，胥吏可以有機會勝任正六品以下的官職，並解除之前胥吏不能參加科考等不合理限製。
傅山因為常年陪同在皇上身邊，所以所有人都知道，他這個伴讀書僮的實際權限，遠遠超過了在朝的諸多一品大員，隻是傅山從來不屑利用而已。他對於文中如掛職鍛煉，皇家公務員及國考等新名詞更有興趣，對於官職等則興趣寥寥。當官那有在皇上身邊有意思。