僖宗李儇車駕到了成都，依然吃喝玩樂，國家大事隻與大太監田令孜等宦官商量，而對那些在前線戰鬥的將士疏遠。但是對於那些忠於大唐的將士來說又因為有僖宗的存在而使
他們有了旗幟，奮鬥目標。“功高莫過救駕”越來越多的唐朝舊臣招兵買馬投入到剿滅黃巢義軍的戰鬥中。
黃巢新王朝現在麵臨的最大威脅是來自駐紮在鳳翔的鄭畋的隊伍，這時鄭畋已被僖宗加封為京城四麵諸軍行營都統、同平章事。僖宗還頒給鄭畋詔書說：“凡藩、漢將士赴難有功者，並聽以墨敕除官。”這就是說鄭畋可以先對有功之人封官，再請求朝廷批準。鄭畋選了涇原節度使程宗楚為副都統，前朔方節度使唐弘夫為行軍司馬協助自己破敵。
黃巢派出了兩路人馬攻擊唐朝的軍隊。一路由朱溫帶領去打鄧州，另一路由尚讓、王播率領五萬人馬去打鳳翔。這時黃巢已任命朱溫為東南麵行營都虞侯，他帶領朱珍、龐師古等將領及五萬兵卒南下去取鄧州。鄧州守將名字叫趙戎，引兵出戰，與龐師古戰在一處。不過十個回合，被龐師古走馬活擒，朱溫得勝取了鄧州。因為鄧州是荊、襄唐軍北上長安的必經之路，黃巢就命朱溫帶領所部人馬駐守鄧州。
再說尚讓帶領軍馬去攻鳳翔。尚讓認為鄭畋是個文人，不懂得打仗，於是貪功冒進。鄭畋令唐弘夫帥主力埋伏在龍尾陂，而自己帶領少數人馬，在高崗處多設旗幟，引敵來攻。尚讓果然上當，被唐軍打了個伏擊。大齊軍被殺得七零八落，尚讓等丟下二萬名士兵的屍首，逃回長安。尚讓回到長安，有人在尚書省門口寫了一首詩諷刺他。尚讓大怒，把尚書省看門人及一些官員扣瞎眼睛，倒吊在門外。他還把長安會寫詩的人抓起來統統殺掉，把讀書人趕去服苦役，這次在長安就殺掉三千多人。
唐朝廷派瞿稹、李友金在代北募兵三萬，這些兵都是代北的胡人，性格粗野，不聽指揮。李友金是李國昌的族弟，他勸代北監軍陳景思上表朝廷起用李國昌父子說：“雖然我們已經招了數萬兵馬，但沒有有威望的將軍統帶也是不能成功。我兄長司徒父子（指李克用父子）勇略過人，為眾胡人所信服。如果能奏明朝廷赦免他們，用他們為帥，代北人會一呼百應，必能平滅黃巢。”陳景思聽後深以為然，便派出使臣奏明朝廷。僖宗朝廷正在用人之時，立刻批準了陳景思的奏章。李友金帶領五百人馬，去韃靼部迎接李克用父子，李克用率領韃靼等部族一萬多兵馬回到中原。
宥州（古代區劃首府在今內蒙古鄂托克前旗）刺史拓跋思恭，本是黨項羌人首領，也帶領夷、夏兵會合鄜延節度使李孝昌興兵討賊，僖宗封他為權知夏綏節度使。反複無常的原夏綏節度使諸葛爽，這時見到國軍風硬，也從河陽致書朝廷願效忠皇帝，僖宗仍封他為河陽節度使。
公元881年四月，唐軍的幾路人馬在長安外圍對長安形成了包圍之勢。唐弘夫屯兵渭北，王重榮屯沙苑，王處存屯渭橋，鄭畋屯盩厔（今陝西省周至縣），共有軍馬十萬餘。黃巢見唐軍來勢洶洶，撤出了長安城。公元881年，農曆四月初五，程宗楚的兵馬由延秋門進入長安，接著唐弘夫兵馬也進了城，王處存率領五千人夜裏進入長安。開始長安市民聽說國軍攻入城中，都很高興。他們用磚頭瓦塊擊打大齊逃兵，撿拾路邊被丟掉的弓箭交給唐軍射擊敵兵。可是不久大齊兵逃走以後，這些國軍卻突入民舍開始搶劫百姓財物，奸淫婦女。還有不少不良少年，也扮作國軍模樣上街打劫，頓時長安街頭一片混亂。程宗楚等將領怕其他將領分其功，竟然也不把進入長安的消息報告鄭畋，大意到連守衛城池的部隊都沒有安排。
其實當時黃巢的軍馬並沒有走遠，他們屯軍在霸上（在今西安東白鹿原北）。探馬把唐軍進城後的情況報告給了黃巢，黃巢決定殺他一個回馬槍。大齊軍隊鋪天蓋地殺回了長安，那些官軍正在抱著搶來得財物和女人睡覺，將軍們根本集合不起隊伍進行有效抵抗，這一陣
殺得官軍七零八落，死傷慘重，連程宗楚、唐弘夫都死在亂軍之中。王處存狼狽逃出長安城。
黃巢又回到長安，他痛恨市民迎接官軍，下令屠城。這一下老百姓可遭了殃，一代帝都頓時血流成河，屍骨堆積如山。