公元885年正月，代理京兆尹王徽向朝廷彙報，長安宮室基本修複，百司衙門也有了頭緒。僖宗皇帝下了回鑾長安的決心，正月二十二日，皇帝的車駕從成都出發，文武百官跟隨僖宗踏上了回都城長安的路。陳敬瑄一直送到漢川，才拜別僖宗回成都。
也就是在這個月，秦宗權發兵攻打潁州和亳州，朱溫親自領兵去救援潁、亳。大將葛從周為先鋒，在許州長葛縣境遇到秦宗權手下敵將殷鐵林和九寨都虞侯王涓。葛從周與蔡州兵馬在靈井大戰，把蔡州兵馬殺得大敗。汴州軍一路追殺至扶溝（在許州東部），與敵戰於焦夷（今安徽亳縣境內）。這一仗汴軍殺敵三千餘人，活捉了敵將殷鐵林和王涓，大獲全勝。葛從周命人砍下了兩位敵將的頭顱，巡示全營，朱溫也派人向朝廷報捷。
公元885年三月，僖宗李儇回到了長安。進入長安以後李儇隻見此時的長安遍地荊棘叢生，原來繁華的大街上都有狐兔橫行，不禁很悲傷。關於當年長安幾經戰亂破爛不堪的景象詩人韋莊在他的《秦婦吟》中有非常具體的描寫。
他寫道：
長安寂寂今何有，廢市荒街麥苗秀。
采樵斫盡杏園花，修寨誅殘禦溝柳。
華軒繡縠皆消散，甲第朱門無一半。
含元殿上狐兔走，花萼樓前荊棘滿。
昔時繁盛皆埋沒，舉目淒涼無故物。
內庫燒成錦繡灰，天街踏盡公卿骨。
既然回到長安，這總算一件喜事吧，僖宗李儇宣布大赦天下，並改元稱天啟年號。這時李儇小朝廷可控製的範圍隻有河西、劍南、嶺南數十州縣而已。
正在僖宗皇帝剛到長安的時候不久又接到報告說秦宗權在蔡州稱帝的消息。秦宗權這個反賊竟冒天下之大不韙，置百官稱帝，仍沿用黃巢的大齊國號。僖宗李儇不禁大怒，封武寧節度使時溥為蔡州四麵行營兵馬都統，命令他負責討伐秦宗權。時溥這時自保都困難，哪有能力去攻秦宗權。秦宗權的軍隊在中原東殺西侵，縱橫二十幾個州。他還派出手下大將孫儒去攻東都洛陽，防守東都的唐將李罕之與孫儒相拒幾個月，終因兵少食盡，退出洛陽，西保澠池。隻不過孫儒在東都隻呆了一個月，把洛陽搶掠一空，實在沒什麼可搶的了，自動撤出東都，李罕之這才又回到東都。
在中原現在秦宗權隻有兩塊啃不動的骨頭，那就是朱溫的汴州和趙犨的陳州。陳州距蔡州僅百餘裏，兵力也不多，可秦宗權就是攻不下陳州。朱溫與趙犨惺惺相惜軍事上結成聯盟，私人間又結成兒女親家，共同對抗秦宗權。朱溫的女兒（朱溫纂唐後稱長樂公主）許配給了趙犨的兒子趙岩，兩家更加親近。朱溫還上奏朝廷保舉趙犨為蔡州節度使，八月份僖宗下詔任命趙犨為蔡州節度使，隻不過他得等趕走秦宗權才能上任。
僖宗回到長安，大太監田令孜也隨行回到長安。田令孜不僅自己回到長安，他還帶來了在成都新招募的五十四都兵馬。這五十四都，每都壹千人，共分為十隊，隸屬於神策軍，也就是由田令孜掌管。這些軍隊再加上南衙北司的上萬名官員，給長安李儇小朝廷帶來不小的負擔。藩鎮財稅自專，大多不上繳朝廷，財政出現困難，士兵發不了餉多有怨言。先是，安邑、謝縣有兩大鹽池，由朝廷派出的鹽鐵官管理，歲入朝中。可幾經戰亂，現在已經被大軍閥王重榮占據，他每年隻向朝廷交三千車鹽就算完事。田令孜奏請僖宗恢複舊製，收複兩鹽，用鹽稅來養軍隊。四月田令孜自任兩池榷鹽使，並派出養子匡祐去河中接管鹽池。王重榮自然不服，把匡祐趕回了長安。田令孜是僖宗的阿父，在朝中說一不二，五月份即下下命令調王重榮為泰寧節度使，讓他離開兩大鹽池，以泰寧節度使齊克讓為義武節度使，以義武節度使王處存為河中節度使，並命令李克用援助王處存到河中赴任。
王重榮豈肯聽田令孜調遣，堅決不肯到兗州赴任，多次上表朝廷說田令孜離間君臣，告田令孜貪腐等十項罪名。田令孜秘結邠寧節度使朱玫和鳳翔節度使李昌符對抗王重榮，雙方矛盾漸漸激化。