李克用討伐王行瑜得勝而回，昭宗李曄晉封他為晉王。李克用派掌書記李襲吉入朝謝恩，讓他對昭宗說：“連年以來關輔不寧，乘此勝勢打下鳳翔滅了李茂貞，一勞永逸，機不可失。臣屯兵渭水專等皇上下詔。”昭宗召集近臣商議，有人獻計說：“如果李茂貞再被消滅，沙陀獨大，朝廷危矣。”於是李曄就賜詔書給李克用褒獎他的忠貞，而後又說：“這次是王行瑜鬧得最厲害，李茂貞、韓建知過必改，不用和他們計較了，休兵息民吧。”接著又發詔書免克用入朝覲見。李克用謀士蓋寓也勸李克用說：“王行瑜禍亂朝廷，今天子尚未安席，人心尚危，大王若引兵渡渭，竊恐驚駭都邑。人臣盡忠，在於勤王，不在入覲，願大王考慮。”李克用歎道：“蓋寓都不想讓我入朝，況天下人啊！”於是引兵回了太原。
李克用與王行瑜大戰無暇東顧，朱溫感到這是滅掉朱瑄兄弟的時機。公元895年九月份，朱溫親領大軍去攻擊鄆州，朱瑄出兵迎戰，雙方在梁山大戰一場。朱瑄被打敗退回鄆州防守。十月，朱溫又派出大將葛從周進軍兗州，自以大軍繼後包圍了兗州。在汴軍的強大軍事壓力下齊州刺史朱瓊投降了朱溫，獻出了齊州。朱瓊是朱瑾的叔伯哥哥。
為了解兗州之圍，朱瑄遣其將賀瑰、柳存及河東將何懷寶帶一萬兵馬去襲擊曹州。朱溫親自引兵從中都（應為山東省汶上縣附近）出發夜行軍一路尾隨追擊，到天明時在巨野南追上了鄆州軍。賀瑰等三將宿營未醒，朱溫就下令攻擊，結果殺掉鄆軍六千多人，活捉賀瑰、柳存及何懷寶三將及三千敵兵。當日午後突然刮起大風，直刮得天昏地暗。朱溫對屬下說：“這是老天怪我們殺人太少！”於是下令盡殺三千被俘鄆州士兵。公元895年十一月，農曆十八日，朱溫押解著賀瑰等人來到兗州城下，對朱瑾說：“你哥哥都被我打敗了，你還不早早投降！”
朱瑾當然不相信朱溫的話，但他痛恨齊州刺史朱瓊，決定設計殺掉這個叛徒。朱瑾派人出城與朱溫談判，說自己要投降。朱溫信以為真，就到延壽橋頭與朱瑾會麵。朱瑾對朱溫說，他要交出兗州符、印，希望讓他的哥哥朱瓊來取。朱溫就派朱瓊前去取符、印，朱瑾在延壽河橋下預先埋伏下一名叫董懷進的勇士，等朱瓊來到橋上，這名勇士突然衝出，擒獲了朱瓊。鄆兵馬上退入城內，斬下朱瓊的頭，扔出城外。朱溫大怒命人殺柳存及何懷寶，隻留下賀瑰為自己所用，因為賀瑰是有名的戰將，朱溫舍不得殺他。
朱溫攻打兗州和鄆州轉眼又到年底，他決定暫時息兵罷戰，回汴州過年。留下葛從周斷後，葛從周揚言晉兵援兵來了，號令諸軍開拔要向西北去攔擊晉軍，隻留下少數士兵守營，他料定朱瑾會來偷營，夜裏又回師埋伏起來。朱瑾聽到消息，果然上當，帶領軍兵來攻汴軍營寨，葛從周伏兵盡出，殺兗州兵千餘人，擒獲朱瑾手下大將孫漢筠，從容退兵而歸。