1813年克爾凱郭爾生於哥本哈根的一個富商之家，他從小嬌生慣養，過著優裕的生活，卻從來沒有感到童年的歡樂，他是作為一個不幸的兒童而成長起來的。這一方麵是由於他生來就有生理上的缺陷，使他自己不能像別人一樣參加各種活動而深感痛苦，用他自己的話來說，痛苦的原因就在於“我的靈魂和我的肉體之間的不平衡”。但另一方麵更重要的是由於他從父親那裏所受的家庭教育。他的父親馬可·克爾凱郭爾出身貧寒，沒有受過多少教育，依靠個人奮鬥和機遇，由一名羊倌而經商致富，成為首都頗有名氣的暴發戶。這位老人以舊式家長的方式治家甚嚴，他篤信宗教，對子女們從小進行嚴格的宗教教育，教他們要敬畏上帝，向他們灌輸人生來有罪，而耶穌的慈悲就在於為人們承擔罪惡，被釘上十字架來人為贖罪這一套基督教思想。這在未來哲學家的幼小的心靈上打下了不可磨滅的深刻烙痕，既使他終身成為虔信的基督徒，又在他的內心深處播下了叛逆的種子。克爾凱郭爾後來批評他父親的這種宗教教育方式是“瘋狂的”、“殘酷的”，他常說，他是沒有真正的童年的，當他生下來的時候就已經是一個老人了。他回憶說，“從孩子的時候起，我就處於一種巨大的憂鬱的威力之下……沒有一個人能夠知道我感到自己多麼不幸”。“作為一個孩子，我是嚴格地按基督教精神受教育的：以人來說，這是瘋狂地進行教育……一個孩子瘋狂地扮演一個憂鬱的老頭。真可怕啊!”問題還不在於嚴格的宗教灌輸，而在於他這個早熟的兒童以特有的敏感覺察到在他父親表麵的宗教虔誠底下掩蓋著什麼見不得人的秘密，一種有罪的負疚感在折磨著父親，使之長期處於某種不可名狀的憂鬱之中。他說，他父親是他見過的世上“最憂鬱的人”，又把這全部巨大的憂鬱作為遺產傳給了他這個兒子。他曾在《日記》中寫道，有一次父親站在兒子麵前，瞧著他，感到他處於很大的苦惱之中，就說：“‘可憐的孩子，你是生活在無言的絕望中啊’。”父親的隱私究竟是什麼，克爾凱郭爾始終沒有明說，但有一次從他父親醉酒後吐露的真言中多少知道了事情的真相，他對父親的道德行為和宗教信仰之間的矛盾深感困惑和痛苦，這種對父親的猜疑和不信任造成了他的沉重的精神負擔，給他的一生蒙上了陰影。他自己這樣說過，“我的出生是犯罪的產物，我是違反上帝的意誌而出現於世的”。
克爾凱郭爾一家從1832年起接二連三地發生不幸事件，在兩年多的時間內家庭主婦和三個兒女陸續去世，隻剩下年邁的父親和兩個兒子。這對這位老人來說自然是莫大的精神打擊，過去他一直認為自己是幸運兒，上帝保佑他發財致富並有一個舒適的幸福家庭，現在則認為無論財富、名望或自己的高齡，都是上帝借以懲罰他的有意安排，要他眼看著妻子兒女一個個地先他而死去，落得孤零零地一個人留在世上受折磨。他覺得自己是盛怒的上帝手心裏的一個罪人，成天生活恐懼中，並預感到他的還活著的兩個兒子也將遭到不幸。家庭的變故和父親的悲傷心情也同樣使克爾凱郭爾受到了嚴重的精神創傷，他把這稱之為“大地震”。在他的《日記》中記述說，那裏發生了大地震，“於是我懷疑我父親的高齡並非上帝的恩賜，倒像是上帝的詛咒”，“我感到死的寂靜正在我周圍逼近，我在父親身上看到一個死在我們所有女子之後的不幸者，看到埋藏他的全部希望的墳墓上的十字架墓碑。整個家庭必定是犯了什麼罪，而上帝的懲罰必定降臨全家；上帝的強有力的手必然會把全家作為一次不成功的試驗而掃除掉”。他相信父親的預言，就是所有的女子都至多活三十三歲，他自己也不例外。實際上他雖然照樣享受著愉快的生活，內心裏的痛苦和折磨卻使他甚至起過自殺的念頭。在《日記》裏有這樣一段話：“我剛從一個晚會問家，在那裏我是晚會的生命和靈魂；我妙語連珠，脫口而出，每個人都哈哈大笑並稱讚我，可是我卻跑掉了……我真想開槍自殺。”克爾凱郭爾父子之間的緊張關係曾導致父子分居，但父親作了很大努力去改善關係，向兒子作了坦誠的懺悔，兒子深受感動，與父親重新和解，並更加堅信上帝確實存在。雙方和解後不久，父親就去世了。克爾凱郭爾在《日記》中寫道：“我的父親在星期三(9日)淩晨2時去世。我多麼希望他能再多活幾年呀，我把他的死看做他為了愛我而作出的最後犧牲；因為他不是離我而死去，而是為我而死的，為的是如果可能的話使我能成為一個重要的人。”