波才渠帥正率軍包圍長社，當時已經是仲夏時節，皇甫嵩見東南風大起，突然心生一計。他命士兵趁黑夜悄悄出城，點燃黃巾軍營寨附近的雜草，火勢順風狂燒，驚得黃巾軍麵無血色。皇甫嵩再命守城士兵舉起火把助威，又親自擂鼓助戰，更是嚇得黃巾軍魂飛魄散。接著率軍衝殺，大敗波才軍。皇甫嵩、朱雋和曹操三路齊追，先鋒孫堅更是勢如破竹，波才被迫退往新鄭。
波才正打算往陽城退去，不料西麵閃出一隊人馬，騎督關羽領軍攔住去路。波才急忙北奔，又被騎督張飛率軍攔住去路。驚慌退往西麵，又有督牙將太史慈領軍截住去路。匆忙退往南麵，又被督牙將黃忠率軍截殺。黃忠一馬當先，二十回合斬殺波才。其餘黃巾軍紛紛投降，降者兩萬。
劉備率軍與皇甫嵩、朱雋會合，已經擁兵十六萬。命左中郎將皇甫嵩率軍三萬平定豫州陳國和兗州東郡叛亂，命右中郎將朱雋率軍三萬平定豫州汝南叛亂。劉備親自率軍十萬直奔宛城而去，準備平定荊州南陽叛亂。
沒想到朝廷早派東中郎將董卓率軍兩萬進攻宛城，隻不過久攻不下，死傷過半。待劉備大軍趕到宛城時，董卓忙過來拜見。劉備拍案大怒：“董卓，你損兵折將，該當何罪？”董卓嚇得渾身打顫，“啟稟將軍，不是屬下無能，實在是宛城城牆堅固，兵力太多，屬下兵力有限，不足五分之一，實在是巧婦難為無米之炊啊！”劉備拔劍半出鞘，冷笑道：“董卓違抗命令，當軍法從事，來人，立刻就地斬殺！”
董卓大駭，急忙叩頭謝罪。眾將紛紛大驚失色，齊齊勸諫。連參軍陳登也愁眉道：“將軍息怒，陣前斬殺大將恐怕不利於我三軍，更會挫傷眾將積極性，令眾人與將軍離心離德，這不明智啊！何況董將軍是朝廷親封的東中郎將，比一般將軍地位都高，不能輕易斬殺，否則必定落人口實，引陛下猜忌！”劉備顧慮重重，隻好作罷。董卓嚇出一身冷汗，急忙叩謝。
劉備揚聲道：“董卓，你死罪可免，活罪難逃，既然折損我一萬大軍，那就領杖刑一百，立刻執行！”董卓恨得牙根癢，依舊無可奈何。劉備趁機詢問如何攻下宛城，陳登笑道：“宛城看似城防堅固，易守難攻，實際上四麵受敵，根本不堪一擊。咱們有十萬人馬，聲東擊西就可以拿下宛城。”
劉備大喜，命關羽領兵從西門進攻，張飛攻東門，太史慈攻北門，黃忠攻南門，四門齊攻，黃巾軍左支右絀。這時趙雲率軍從東北角進攻，率先攻上城池。南陽渠帥張曼成急忙率軍從東門突圍，被張飛一馬當先攔住去路。兩軍廝殺，張曼成勉強支撐二十回合，被張飛斬殺。趙雲趁機攻打城門，開北門引太史慈軍入城。太史慈從北門，張飛從東門，兩路夾攻，黃巾軍紛紛投降。平定了宛城，得降兵十萬。
不久皇甫嵩和朱雋傳來捷報，皇甫嵩平定陳國黃巾軍，朱雋平定汝南黃巾軍，接著兩軍合圍，又聯手平定了兗州黃巾軍。至此不到三個月，轟轟烈烈的黃巾起義失敗了。
漢靈帝大喜，立刻敕封劉備為車騎將軍，領冀州牧，晉封為武安侯，食邑萬戶。皇甫嵩為左將軍，朱雋為右將軍，吳匡為羽林中郎將，曹操為濟南相，公孫瓚封為騎都尉，孫堅封為別部司馬，陳登封為東陽縣長，關羽、張飛、趙雲、太史慈、黃忠等人功勞簿上記一筆。東中郎將董卓因為損兵折將，被押到廷尉受審，判“減死罪一等”。劉備趁機請求漢靈帝免除冀州、兗州、豫州和南陽等地百姓一年租稅，以安撫百姓，靈帝準奏。
四州百姓紛紛感恩戴德，為劉備作歌，“天下大亂兮市為墟，母不保子兮妻失夫，賴得玄德兮複安居。”朝中文武也爭相道賀，個個稱讚。
大將軍何進大喜，請劉備過府一敘。旁邊有袁紹、吳匡等作陪。何進笑道：“自從黃巾起義，我就聘請了袁本初來我府中，聽聞你們都認識，我就不介紹了。玄德啊，這次黃巾軍聲勢浩大，沒想到被你三個月平定，真是可喜可賀啊！不過你俘虜了二十多萬黃巾軍，倒是給朝廷增加了難為。陛下的意思是要把黃巾軍賊軍全部斬殺，讓我問問你的意思。”