年後，劉備直奔沛國。旁邊隻剩趙雲一人護駕，其餘人全部留在軍營。尋了一個月，始終沒有尋到甘玉露身影。幾乎挨家挨戶詢問，卻滿懷希望詢問，一身失落而回。趙雲疑問道：“將軍，您的表妹多大了？”劉備屈指一算，已經是中平三年，幽幽道：“她應該十二歲了，再過三年就該出嫁了。”趙雲皺眉道：“將軍，如果她家小姐早嫁，她應該已經隨嫁過了。”劉備虎軀一震，半晌無語。
該年年底韓遂誅殺李文侯，合並李文侯部隊，卷土重來。由於涼州刺史耿鄙任用奸吏，導致漢陽人王國和氐、羌等民族造反。為鎮壓叛亂，耿鄙任命馬騰為軍從事，後征戰有功，提升為軍司馬。不久耿鄙率隴西郡太守李參攻打金城郡，不料李參臨陣倒戈，誅殺耿鄙，投了韓遂。馬騰不得不聯合韓遂、李參及其他民族，與王國合兵，推舉王國為主帥，寇掠三輔。
靈帝大驚失色，急忙召集左車騎將軍皇甫嵩和前將軍董卓前往平叛。二人率四萬人救援陳倉，不過陳倉城防堅固，韓遂軍一時無法攻克，於是皇甫嵩決定采取以逸待勞的方式，先按兵不動。宦官因為之前皇甫嵩曾參奏中常侍趙忠，紛紛懷恨在心，於是聯手進讒言，汙蔑皇甫嵩養寇自重，靈帝大怒，降皇甫嵩為左將軍，詔命劉備率軍前往平叛。
劉備立刻召集中郎將公孫瓚、破虜校尉鄒靖、校尉陳登、騎都尉關羽、張飛，別部司馬趙雲、太史慈、黃忠等人。這時中山太守張純自薦為將，劉備知道張純為人貪功，怕逼反了他，於是欣然答應。臨行前，劉備上奏朝廷，請求任命董卓為少府，剝奪董卓軍權。漢靈帝立刻準奏，命人傳旨。
待劉備抵達三輔後，當麵傳旨。董卓不肯受命，上書推辭。由於董卓在涼州威望很高，尤其是在匈奴和羌族中，因此朝廷不敢用強，隻好順著董卓。
劉備聽說董卓抗旨，立刻命人緝拿董卓，準備先斬後奏。董卓嚇得額頭冒冷汗，連忙叩頭求饒。劉備冷笑道：“董卓，你如果肯遵旨，我可以免你一死，否則本將軍隻好先斬後奏！”皇甫嵩、張純、公孫瓚、鄒靖等人紛紛求情，陳登也勸諫道：“將軍，董卓畢竟是前將軍，身份尊貴，貿然誅殺，必然引起朝廷猜忌。”劉備點點頭，嘴上卻依舊道：“董卓，你想好了沒？”董卓嚇得麵無血色，隻好同意。
董卓表麵答應，背地裏上奏朝廷，請求平叛完涼州叛亂，再前往朝廷任職。朝廷隻好同意。劉備故意冷落董卓，命董卓守城，自己親率大軍出擊韓遂。兵分三路，命皇甫嵩為左軍，公孫瓚為右軍，鄒靖為前鋒，張純壓後陣，親自領著關羽、張飛、趙雲、太史慈和黃忠直奔韓遂中軍殺去。王國、韓遂、馬騰、李參軍大敗，關羽急追，斬殺王國，張飛突襲，斬殺李參。韓遂、馬騰驚慌失措，退回了金城。
劉備率軍急追，一直追殺兩千裏，兵臨金城下。這時區星聚眾萬餘人在零陵起義，自稱平天將軍。朝廷任命議郎孫堅為長沙太守，前往平叛。眼見糧草不濟，劉備隻好暫且退軍陳倉。
剛退軍不久，朝廷下旨，命劉備迅速東進，平定黑山軍起義。劉備請求盡快調董卓回京擔任少府。靈帝再次下詔，改命董卓為並州牧。董卓心裏清楚，無論是少府，還是並州牧，朝廷都是想變著法奪走他的軍權。董卓不甘心，上書哭訴，請求率領自己的湟中義從前往邊疆效力。朝廷無可奈何，隻能同意董卓帶領五千湟中義從前往並州雁門效力。
中平五年，劉備留皇甫嵩守三輔，親率大軍撲向黑山。黑山軍張燕自知不是劉備敵手，派人上表請求歸降，靈帝於是任命張燕為平難中郎將，停止進軍平叛。劉備請旨進剿，靈帝不許。