不久靈帝繼續享樂，再度賣官鬻爵，激起民憤，郭太等在西河白波穀起義，攻掠太原郡、河東郡等地，威脅京都。其餘黃巾軍餘部也趁機起義，眨眼間星星之火遍及黃河兩岸。
太常劉焉趁機建言，應該設置州牧，賦予軍政大權，統一指揮各地州兵平叛。靈帝擔心地方尾大不掉，遲疑不決。劉焉接著勸道：“陛下可以任命宗室或重臣擔任，這樣既能牢牢控製地方，又能迅速撲滅各地叛亂，穩固大漢江山。”靈帝欣然點頭，任命劉焉為交州牧，後改為益州牧，任命宗正劉虞為幽州牧，朝廷重臣黃琬封為豫州牧等。至此地方州牧把持了地方軍政實權，為後來割據埋下了隱患。
劉備上書反對設置州牧，但靈帝沒有理會，反倒命劉備率軍平叛。劉備隻好率軍直奔西河白波穀，斬殺郭太，撲滅了白波穀起義。靈帝大喜，封劉備為中山侯。劉備率領中郎將公孫瓚、陳登、關羽、張飛、騎都尉趙雲、太史慈、黃忠等人馬不停蹄直奔青州、徐州，又撲滅了青州、徐州黃巾軍。靈帝加封劉備太尉，中山公，領冀州牧，金印紫綬。又封公孫瓚奮武將軍，陳登軍師將軍，關羽為虎威將軍，張飛為蕩寇將軍，趙雲為討逆中郎將，太史慈為破虜中郎將，黃忠為討寇中郎將。
秋八月，設置西園八校尉，小黃門蹇碩為上軍校尉，羽林中郎將袁紹為中軍校尉，虎賁中郎將袁術為下軍校尉，議郎曹操為典軍校尉，光祿大夫趙融為助軍左校尉，大長秋曹節女婿議郎馮方為助軍右校尉，諫議大夫夏牟為左校尉，淳於瓊為右校尉。八校尉位低權重，連大將軍何進、太尉劉備都要受眾人節製。
劉備心裏明白，靈帝已經病重，這是準備安排後事了。他立刻上奏，請靈帝下旨命董卓盡快前往並州赴任。靈帝命人傳旨，不料董卓停在河東，不肯率軍趕往並州，意圖窺測京都，觀望局勢。
靈帝大怒，命劉備率軍前往監督董卓。劉備親率大軍前往，董卓大驚，急忙跪迎。劉備厲聲責備：“董卓，你難道要造反嗎？我今日奉旨前來，你如果肯退往並州，既往不咎，否則我可先斬後奏！”董卓大駭，“微臣遵旨！”劉備上前拍著董卓肩膀道：“董將軍，你我雖然有過節，如今都是為國效力，還望你在邊陲一心為國，不要旁生枝節，否則我定會率軍前往討伐。”董卓嚇得麵無血色，忙低下頭。
董卓前往並州，靈帝心中一塊大石頭終於落了地。不過隨著嚴寒到來，靈帝病情逐漸嚴重，待到了中平六年，已經病入膏肓。春三月，靈帝自知時日不多，將大將軍何進、太尉劉備喊到窗前，托孤二人。靈帝氣若懸絲道：“朕大限已至，今後辯兒就托付給你們了，望你們好生輔佐，掃平叛逆，護佑我大漢江山。”劉備斬釘截鐵道：“陛下放心，我們誓死護衛大漢江山，望陛下放心。”
離開皇宮後，何進邀劉備過府一敘。劉備欣然前往，何進趁機道：“玄德啊，現在陛下病重，我分身乏術，如果有叛亂，就隻能全靠你了。我主內，你主外，如何？”劉備搖頭道：“不妥，眼下京師才是最重要的，即便他們把天下都攪亂了，隻要咱們牢牢控製京都，都能一戰定天下。眼下陛下病重，咱們得盡力穩住局麵，這才是正道。”
何進驚問：“賢弟話裏話外似乎有暗示，難道有人要趁機作亂嗎？”劉備點點頭：“宮中宦官手握大權，隨時可能封鎖消息，篡改遺命，咱們不得不防。還請大將軍調集兵馬，咱們隨時準備應付複雜局麵。如果宦官不鬧事，咱們先不動他們；否則趁機拿下，讓他們給陛下陪葬。”何進欣然點頭。