大將軍劉備在河內按兵不動，一邊派人打探京城的消息。京城如今成了太尉何苗和驃騎將軍董卓的天下，兩人合計一番，何苗上奏，請旨加封幽州牧劉虞為襄賁侯，加封益州牧劉焉為陽城侯，封宗室劉表為荊州刺史，宗室劉繇為揚州刺史，劉繇兄長劉岱為兗州刺史，封袁家門生韓馥為冀州牧，袁紹為渤海太守，袁術為南陽太守，丁原為並州刺史，曹操為汝南太守……封清流名士孔伷為豫州刺史，陶謙為徐州刺史，焦和為青州刺史……張邈為陳留太守，其弟張超為廣陵太守，橋瑁為東郡太守，袁遺為山陽太守，鮑信為濟北相，孔融為北海相，王匡為河內太守，王邑河東太守等。何太後欣然點頭，少帝一一準奏。
何苗趁劉備遠離京師，大肆起用劉氏宗親、原大將軍何進舊部和黨人，而與劉備交好的丁原被迫交出了軍權。何苗又趁機上書請旨封董卓弟弟董旻為羽林中郎將，封吳匡為虎賁中郎將，自己兼司隸校尉，封董卓兼領河南尹。
劉備聽聞朝廷大肆分封，知道必定是董卓的主意，料定董卓、何苗二人必是想分自己的權力。右車騎將軍朱雋無奈道：“黑山軍還沒有平定，朝中鬥爭又起，不知道天下什麼時候才能安定。”劉備大笑道：“有些人從來不為天下著想，隻為一己私利著想。如今大肆分封，恐怕將來天下要亂了！”朱雋欲言又止，終究還是沒說。
半個月後，劉備還是按兵不動，何苗上奏指責劉備擁兵自重，少帝降旨斥責劉備，命劉備三個月平定黑山軍。劉備暗恨，不得不率軍進軍黑山。黑山軍活躍在冀州常山、中山、並州趙郡、上黨、司隸河內郡等地太行山脈的山穀之中。由於黑山位於太行山脈的南端，所以統稱黑山軍。黑山軍各部相互聯絡，彼此配合，多次打退了朝廷大軍的進攻。朱雋每次提起都一陣臉紅，無奈道：“不是屬下作戰不利，而是他們主要以襲擾為主，不是截斷我軍糧草，就是拖垮我軍，實在是沒辦法圍剿啊！”
劉備點點頭，利用半個月的時間請來了軍師將軍陳登。陳登笑道：“區區黑山軍，簡直易如反掌。大將軍可以派軍堅壁清野，讓他們無糧可劫，這樣他們必然主動出擊，咱們以逸待勞，必然可以取勝。”劉備大喜，一邊將四周居民遷入縣城，一邊派人四處巡邏。
沒過多久於毒率領黑山軍劫掠鄴城，回軍時被探子一路跟上。劉備立刻揮軍跟上，直奔朝歌鹿場山蒼岩穀，大敗於毒軍，斬殺上萬。於毒被迫退入山穀，據守不出。眾將無奈，劉備笑道：“山穀多內高外低，防止雨水倒流，所以你們可以用煙攻！”蕩寇將軍張飛大喜，立刻命人燃燒幹柴。一開始煙氣少而淡，張飛命人將幹柴一股腦全蓋上，果然濃煙滾滾，宛如狼煙般。於毒被迫率軍出擊，個個熏得眼淚直流，張飛率軍截殺，十回合斬殺於毒，俘虜一萬多黑山軍。
劉備一邊向京師報捷，一邊命降兵帶路，沿著山路迅速出擊，先後大敗左髭兩萬多大軍，劉石一萬多大軍，青牛角近三萬大軍，黃龍兩萬多大軍，左校兩萬多大軍，郭大賢三萬大軍，李大目三萬多大軍，於氐根兩萬多大軍，斬殺五萬多，俘虜近十萬。精簡士卒，得精兵五萬充實部隊，剩下一半遣送到邊陲效力。
捷報傳到京師，何苗和董卓大驚失色，沒想到劉備區區五萬大軍，如今不僅平定了多地黑山軍，而且迅速壯大到八萬大軍。董卓憤恨道：“如果讓大將軍凱旋，京都又要落入他手中。我有一計，可以讓大將軍回不來，不知道太尉可願意？”何苗疾問，董卓賊笑道：“太尉，大將軍曾經進宮逼迫太後誅殺宦官，這可是兵諫！命滿朝文武議罪，必然可以給他治罪！”
第二日朝會，何苗當殿提出劉備兵諫的事，眾人議論紛紛。尚書令李儒沉默不語，尚書仆射士孫瑞揚聲道：“大將軍雖然行為過激，可宦官亂政已經百年，無數仁人誌士被冤死，連前大將軍也被害死了，難道太尉就不痛心嗎？如今追究過往，不知道是幾個意思？”尚書盧植冷笑瞅著董卓，“恐怕是有些人別有用心，在慫恿太尉與大將軍相鬥！還望太尉擦亮眼睛，不要被人利用。”司空張溫、司徒王允、光祿勳楊彪都沉默不語，其餘大臣也麵麵相覷，不敢插話。