清理了劉備勢力，董卓逐漸露出了獠牙，收買羽林中郎將吳匡，打算陷害何苗。吳匡既恨何苗害死了何進，又惱何苗逼走了劉備，欣然同意。幾日後董卓請何苗喝酒，直喝到傍晚。接著命人奏報，宮中大火熊熊，宦官趁機作亂。何苗大怒，立刻揮軍前往救駕。不料半途遭吳匡和虎賁中郎將董旻率軍截殺，吳匡大呼：“奉太後旨意絞殺叛賊，格殺勿論！”何苗還沒反應，就被剁成肉泥。
接著董卓領兵入宮撲滅兩宮大火，誅殺何苗部曲，上奏何太後。何太後又驚又怒，厲聲斥責董卓。董卓賊笑道：“太後息怒，黑燈瞎火，眾人隻是奉詔誅殺賊人，沒想到大將軍竟然與賊人混在一起，想必是大將軍準備劫持陛下，自立為帝。”何太後怒罵道：“你以為哀家瞎了嗎？你們殺了大將軍，還汙蔑他造反？你怎麼不說哀家也要造反？”董卓冷笑一聲，招招手，兩個護衛緩緩入殿，一個捧著毒酒，一個手捧白綾。何太後嚇得麵無血色，急忙後退。
董卓指著酒樽道：“趁熱乎，別浪費，太後，還是乖乖從命，我或許可以放過陛下一碼，否則他的下場與你不會有什麼區別。”何太後淚如雨下，尖叫怒罵。董卓步步緊逼……
掌握了宮廷，董卓調集城外親兵接管了京城城防。第二日上朝，董卓又上書道：“陛下，何大將軍造反，準備逼宮，已經被羽林中郎將和虎賁中郎將斬殺。太後聽聞國舅謀反，愧疚自盡。望陛下節哀！”滿朝文武議論紛紛，都覺得十分蹊蹺。盧植當殿質疑，“大將軍是陛下的舅父，有什麼理由謀反？太尉說他謀反，總要有證人證言吧？”董卓冷笑道：“這件事是吳中郎將和董中郎將發現的，董某也不清楚，尚書如果不懂，可以問他們！”
盧植怒視吳匡和董旻，厲聲質問。吳匡不屑道：“何大將軍害死了兄長，又逼走了中山王，置朝廷大局於不顧，這種人死了有什麼可惜的？”盧植無語，少帝拍案怒道：“住口！他是朕的舅父，你怎麼敢當著朕的麵汙蔑他？來人，將他立刻打入囚牢！”董卓一驚，隻見兩位羽林護衛押走了吳匡，頓時一陣背脊發涼。突然大喝一聲：“放肆！誰準你們進來的？來人，將這兩個不知死活的畜生拿下！”董旻立刻帶虎賁衛士拿下了羽林衛士。眾大臣紛紛震驚，少帝也渾身顫抖。
董卓當殿發號施令：“董中郎將，立刻把吳中郎將送回家裏，沒有本太尉命令，任何人不得接近。”董卓又回身一拜，“陛下，微臣請旨，命董承擔任羽林中郎將，暫時接管羽林軍。”盧植上前怒斥道：“董卓，你怎麼敢越權？你要逼宮嗎？”董卓不屑道：“請陛下允準！”少帝無奈點頭。董卓瞅了盧植一眼，大笑而去。
董卓接管了羽林和虎賁軍，又命人接管了北軍五營，徹底控製了京都。幾日後當殿議論廢帝，眾人紛紛怒斥，董卓一意孤行，廢了少帝，立陳留王劉協為帝。
劉備聽聞董卓廢了少帝，又驚又怒。立刻去信幽州牧劉虞、冀州牧韓馥、益州牧劉焉、荊州刺史劉表、揚州刺史劉繇、渤海太守袁紹、南陽太守袁術、汝南太守曹操、兗州刺史劉岱、並州刺史丁原、徐州刺史陶謙、豫州刺史孔伷、青州刺史焦和……還有各諸侯王，號召眾人起兵討伐董卓。
陶謙聯絡北海相孔融、濟北相鮑信、陳留太守張邈、廣陵太守張超、東郡太守橋瑁、山陽太守袁遺、河內太守王匡、河東太守王邑等人一起推舉劉備為大司馬，領司隸校尉。之前太尉、司空、司徒已經成為虛職，於是朝廷在三公之外另設大司馬，位在三公之上。眾人推舉劉備為大司馬，實際上壓了董卓一頭。劉備欣然接受，號召眾人起兵討伐董卓。