決意在東地區衛所製度施行統，明朝立“悉郡縣，以為軍衛”，將前設置的州府全部撤銷製為各級都司、衛、所。明朝在其統間，後在東地區設立了三個都揮使司，分是：遼東都司、大寧都司、奴兒幹都司。奴兒幹都司裁撤前，遼東都司轄區大體相當於現遼寧。大寧都司轄區為河長城以的木倫河、老哈河域（隋唐時契丹人活動區域）。奴兒幹都司轄區最為遼闊，包括東地區中部以及外興嶺在內的廣大區域。通過三個都司及其所屬各級衛所，個東地區明朝納入到統體係中。
明朝在消了東地區的州府建製後，為能好地管轄東地區各個地方，在原有軍事職能外，明朝又賦予了東地區各都司、衛、所管理地方政務的諸多職能。都司、衛、所各級軍官也由此可以統管轄區內各項軍政事務。明代，東地區衛所本區於內地純軍事概念衛所之處，就在於東地區都司、衛、所能夠兼管地方政務。史籍文獻考，除軍事事務外，明代設於東的都司、衛、所署理政務內同於內地州府縣衙，主要劃為項分是：勸督農桑、征賦派役、興辦育、管理民間貿易、處理民間及軍隊司法訴訟、賑濟災荒。
勸督農桑。東地區部農耕開發較早。明初時就已是沃野裏士民以農為業，耕稼為塞上特大之利，故而上至都司下至衛所無不講求“勸農”。遼東都司曾頒令獎勵耕荒，“各荒屯曠土，能自開墾者，悉蠲其賦”。各衛所也都有專管農田糧禾桑麻事務的官員，負責勸督農桑耕種，一旦出現曠土各衛所還會廣招民人懇田開荒。洪武時，遼東都司轄有屯田310餘萬畝，其中民屯220萬畝，軍屯90萬畝。到建文時，遼東鎮屯田產糧至躍居鎮之首。
征賦派役。為大明國土自然要承擔征賦派役。以遼東都司為，遼東都司轄有數萬畝屯田，又有綿長的岸線和廣闊的蘆蕩，年額征稅糧36.49萬石，額草377.04萬多斤，魚稅銀635兩。各種課稅征榷全由衛所承當。各衛所中有的是由戶官、戶官經征課稅，也有特意設置稅課司專門負責署理賦稅事宜。除了征賦稅外各衛所還兼有派役職能。各衛所官員查戶口、審定貧富以便酌量派征徭役的輕重，同時負責地方民眾差徭的組織排。
興辦育。作為東地區漢人主要聚居地，東地區部長浸著漢文明的濃熏墨染。明朝自建立起便開始大力興文重，秉承朝廷旨意遼東都司興建了眾多學堂、學院。史載，洪武十四年（公1381年），遼東都司興建遼東都司學堂，弘時擴建成四齋，嘉靖時增置尊經閣五間。不止上述學堂、學院，遼東都司還興建了都司學宮和文廟等學機構。除了都司下屬各衛所也在大力興建衛學、書院數量要多。各衛學下設衛屬訓導專門負責處理務，至於各學堂、學院的行政管理則歸由各衛軍官直主。各項學經費也由各衛承擔，有關財務開銷亦屬各衛經理。幾經大規模擴建遼東都司學規製愈發善，學生數量也逐年遞增。正德年間，遼東都司學“人盛，規製備”，水準已達至全國其它“十三府學”水平。
管理民間貿易。管理經貿是地方政府一項重要職能，全同內地州縣衙門，東地區各衛所會不時派出官員胥吏巡查市肆經營場所，管理民間業活動特是農貿市場易。當時遼東民間貿易涉及範圍很大，既有擺攤市又有較大店鋪。來往的各地賈都雲於此，包括：糧、棉、絲、、茶、鹽等各貨時積貿易十分興盛。作為管理者都司衛所對民間貿易的幹預程度非常大，體管轄內涉及疏通換、校正和檢查度量衡、估定物價、抽稅等。在都司衛所管轄的各種貿活動中，有兩項貿易是都司衛所最為關注的。一個是與民生關係甚密的糧食易，衛所在其中投入的管理人數和耗費的精力最多。另一個就是與東地區蒙古人、女人進行貿易的專門市場，又稱“馬市”。為障馬市貿易有序運行，奉都揮使司之命各衛所都會派專人常駐馬市以維市場秩序。並按日登記買賣雙方人數、姓及其納稅情況，依照章程劃定各販易位置、處理買賣糾紛，按比抽稅銀，定彙報等。