隨著奴兒幹都司正式建立，明朝旋在奴兒幹地區不斷派官駐軍。史載，其官吏“間歲相沿領軍”，駐防官兵輪番戍守“踰二年遣還”。至於奴兒幹都司各級官吏薪俸、駐防官兵糧餉，以及其它物資補給則“循於遼東都司支給”。史載，到為奴兒幹都司輸送物資補給的時候，遼東都司都會忙活得熱火朝天。朝鮮官員在赴京途中曾得見遼東為奴兒幹都司輸送物資補給時的情景。《李朝實錄》記載，“遼東一牽扛輯輈者絡繹不絕”。從運輸隊伍風餐露宿、揮汗如雨的場景中讀者能夠實感到，將各物資從遼東運至奴兒幹是多麼大費章。事實上因地處太過偏遠自設置奴兒幹都司伊始，如何為駐防奴兒幹地區的明朝官兵輸送給養並障奴兒幹都司正常運作，就成為困擾明朝的一項大難題。運輸離不開通，解決人員及物資輸送難題的關鍵就在於能否通至奴兒幹地區的通。明朝當然明白通通的重要性，為至奴兒幹地區通運輸的順暢，明朝在代驛站的礎上大力擴建新增驛站，同時不斷延長新辟驛站線。《明太宗實錄》記載，朝廷敕令奴爾幹都司及所屬各衛，“凡有使命往來，所經之地，舊有站赤者，設各衛頭目”，並總設提領一人。又畢恭修著的《遼東》記載，當時從遼東通往各地方的通幹線有條，條幹線均起於遼東都司重鎮開原城，東到朝鮮，達蒙古，東抵達特地區的滿涇，通往滿洲裏以，形成四通八達的驛站通網。通過密驛站通網，奴兒幹諸衛所可以同明朝及時互通息，遇有軍國大事女各衛所官員可親自前往亦或派人隨時奏報朝廷。《明實錄》中有關女各衛官員來京“奏事”的記載比比皆是，同樣朝廷政令也能及時傳達到奴兒幹各衛所。客觀上東地區驛站通網建設，為鞏固明朝對奴兒幹地區的羈縻統發揮了極為重要作用。
條通主幹線中屬從遼東重鎮開原起始，延至奴兒幹都司所奴兒幹城（俄羅斯尼古耶夫斯克特）的通線最為重要。該條線明人稱為“東水陸城站”，也現代學者讚為古代東地區、古代黑龍江域的“絲綢之”。“東水陸城站”通線又分為水上、陸上兩條線，水上線以吉船廠為起點，從鬆江順而下轉入黑龍江，直通黑龍江入口和苦夷(庫頁島)。陸上線由開原至驛站底失卜(現黑龍江雙城市蘭棱鎮石家村)，後由底失卜到奴兒幹都司所在地特奴兒幹城（現為俄羅斯境內的尼古耶夫斯克特）。而本線驛最末一站，位於黑龍江下遊亨滾河口（俄稱阿姆貢河）的滿涇站，距離黑龍江入口一五十公裏。明代，黑龍江下遊女各部進京朝貢時走的就是這條線。
在明朝精心的至奴兒幹地區通體係中，水運輸效率無疑最高並能夠承擔較大規模的人員及物資輸送。為充分利用東地區的水運輸資源，永樂十八年（1420年），明成祖特意在吉市的鬆江畔建立船廠，以便就“船運糧”及運送軍隊。明欽差太監亦失哈巡撫奴兒幹也是從吉船廠揚帆起航的，亦失哈的船隊滿載官兵及帛絲綢、糧食等物資，沿鬆江而下徑直駛進黑龍江。《明宣宗實錄》記載，宣德二年（公1427年），亦失哈第次巡視奴兒幹時一次便運載“奴兒幹官兵三人。人給行糧石，總為二萬一石”。也就是說亦失哈所率巨型船隊總攜帶三噸物資，艘船至少載重十噸。眾多物資除了供給隨行官兵吃用外，還要用於對奴兒幹各部族的豐厚賞賚。奴兒幹地區緯度高冬季寒冷漫長，然而水運輸季節限製隻能在夏日行船，其餘時間唯有靠陸方式運輸。除了傳統人畜運輸，明朝還在冬季封凍江麵上使用狗爬犁作為通工。《遼東》記載，“夏月乘船，水（小）可乘載；冬月乘扒犂，乘二、三人，行冰上，以狗駕拽，疾如馬”。由此可見無論水運、陸運甚至冰麵載運，但凡能用的運輸方式明朝全都用了，明朝在盡著一切可能全力障著奴兒幹地區的人員及物資輸送，怎奈明代社會生產力及水平終歸有限，製約了通運輸體規模和物資輸送效率，此瓶頸響，明朝不可能在奴兒幹地區駐紮過多軍隊。較內地的大寧都司依靠補給輸送尚能勉供養八萬大軍（包括萬鐵騎），而明朝在奴兒幹都司的駐軍可就少得可憐了。至多時也就區區三，最少時僅五。這點有限駐防兵力隻能有政上的象征意義，本無法形成對奴兒幹地方諸部實質性軍事威懾。