永樂年（公1403年），明成祖將大寧都司所內遷至定府（河定）。大寧都司所屬各衛所也多隨遷內地，但大寧都司轄的東地區衛所入朵顏三衛，同時朵顏三衛劃由奴兒幹都司轄。後有人爭議，認為明成祖發動靖難之役時曾允諾隻要朵顏三衛協助其叛亂，事成後願割讓大寧之地與三衛，所以明成祖繼後會有內遷大寧都司之舉。對於此種言論筆不予認同。大寧乃軍事要地，以朱棣的奸詐狠絕是絕不會因婦人之仁而授人以柄的。況《征錄》、《寧獻王權傳》、《盧龍塞略》等多篇文獻都曾明載，明成祖是曾調過邊防線但卻從未割讓大寧於朵顏三衛。事實上大寧都司遷後的很長時間，其原轄區仍由明朝掌控隻是未予設防而已。筆認為大寧都司所以會內遷的本原因，還是地處偏遠運輸糧餉困難使得朝廷不堪重負所致。有明成祖向來倡以攻為守，還曾多發兵橫掃漠。可見他本人不重視塞外衛所對固邊的作用，故此明成祖會將大寧都司遷至內地。
不怎樣大寧都司遷至內地以朵顏三衛劃歸奴兒幹都司轄，奴兒幹都司的地和發揮的作用隨之變得愈發重要。不過地處為偏遠的奴兒幹都司也沒能堅太久。宣德十年（公1435年），奉行全麵緊縮政策的明宣宗，停止了奴兒幹都司在黑龍江域、烏蘇裏江域的動。要注意，明朝沒有裁撤奴兒幹都司建製，而是將派駐奴兒幹的人員機構內遷至遼東都司。揮同康福、揮僉事王貴、佟勝等奴兒幹都司官員到遼東後，依舊留原奴兒幹都司官職。到弘年間，明朝方停止委派奴兒幹都司官員，而這也標著曾統轄大半東地區的奴兒幹都司正裁撤。從設立到裁撤，奴兒幹都司前後存在一二十年。
明朝下決心裁撤奴兒幹都司，當然有財政壓力過大的考慮，但除此之外還有一個重要原因，當時社會環境限製奴兒幹都司職能實現存在很大局限。因供給困難寒冬漫長奴兒幹都司的主官們不能駐都司所，不在職間都司主官們一般會到地方衛所“寄俸帶支”。既然都司主官都不能駐，那都司又該如何履行相應職能哪！實情況是都司運作時有時無，都司同下轄各衛所間的聯係也時斷時續。換言之，奴兒幹都司無法到對所屬全部衛所的有效統轄。正因如此為朝廷對奴兒幹地區的控，明朝也相應了補救措施。包括：奴兒幹地區屬夷歸由朝廷領導，一切政令不必經過奴兒幹都司。奴兒幹都司職權範圍大幅縮減，隻負責詔諭、撫恤和“比朝貢，往返護送，率以為”等事項。而這也意味著使沒有奴兒幹都司，明朝仍能掌控偏遠而又廣闊的黑龍江域、烏蘇裏江域。待到奴兒幹都司正撤銷，明朝又轉而將奴兒幹都司各衛所劃歸遼東都司轄。自此始遼東都司成為明朝設置於東地區的唯一統機構，全權負責處置東地區諸衛所的執掌衛印、獎賞懲罰之事。
總而言之無論奴兒幹都司行政建製存在與否，奴兒幹地區諸衛所仍舊在明朝羈縻統之下。為大明子民，那奴兒幹諸胡各部自然就要承擔相應政義務，亦恪盡“屬夷”職責。
首，奴兒幹地區各衛所的大小官職待遇必由朝廷委和理。衛所官員升遷、襲職罷黜皆要由朝廷掌。朝廷以其能否履行職責功績來決定衛所官員的升遷、嘉獎和黜陟。有明一，羈縻衛所土官或番酋因“從征功”而榮獲晉升與獎賞不計其數。如：毛憐衛女揮使猛哥不因從明成祖征，朱棣“嘉其從征迤之勞”授予其右軍都督府僉事職務。宣德年(公1426年)，又因猛哥不向來“鹹盡勤誠”，朝廷授予中軍都督同仍掌毛憐衛，對猛哥不留居京師的家屬朝廷亦破“其如京官給之(俸)”。建州衛女首領釋加奴同樣在奉調從明成祖征討韃靼時立下戰功，因而到朝廷嘉獎升職為建州衛揮使，另賜漢姓為李顯忠。遇到衛所官員要晉升官爵、換敕書（委狀）、增加賞賜等臣請，必呈報朝廷批準。史載，萬曆十一年（公1583年），波羅河衛首領就以其“襲職”一事奏請朝廷。可見便至明朝中後，朝廷仍在履行對奴兒幹各衛所官職的理職能。
其，奴兒幹地區各衛所必執行朝廷政令同時聽從朝廷調遣。
上文中女族衛所官員猛哥不、釋加奴從征獎之事，就是各衛所聽從朝廷調遣的典型子。說聽從調遣，看執行政令。雖然奴兒幹各衛所“各統其屬”朝廷原則上不幹涉其內部事務。但當各衛所之間發生矛盾尤其衝突時，各衛所必聽由朝廷裁決。正統四年(公1439年)，奴兒幹都司的毛憐衛、建州衛因遭忽剌溫境內野人那列禿的侵擾劫掠，遣使奏請朝廷處理。明朝遣官斥責那列禿，“爾與毛憐、建州俱屬朝廷統，宜各分守法，以境土，爾何為輒敢肆暴擄掠。敕至，爾等將擄去人馬財物如數發還，庶免後患”，敕諭那列禿務要“敬尊國法，相互和好，毋肆侵漁，自禍殃”。同年，明朝“遣使敕諭阿江等衛野人頭目弗答哈等，責還原擄建州左衛人馬財產”。正統年間，建州女凡察和董山之間為爭奪衛印引起糾紛，朝廷遂拆分建州左衛，另設建州右衛。為避免頭目分屬人口時生事端，“敕遼東鎮守總兵官，遣人公同審問，各從其願，分屬”。以上關於明朝幹預處理奴兒幹各衛所之間衝突紛爭的文獻記載，就是明朝號令頒行奴兒幹各衛所的實。