關勢既已轉，關寧錦防線亦已築成，兵源、器械、糧草項也籌備完畢。在孫承宗來朝進軍遼沈，收複遼東失地的寶貴時終於成熟了。孫承宗為於啟年（元1625年），上書熹宗請“速畀臣餉二十萬”，而後大舉出兵收複遼東“功可立奏”。哪兵和工對孫承宗的奏請偏偏橫阻撓，不惜熹宗進讒言拒撥軍餉。孫承宗上書催促無軍到底兒未能出征。消息傳來，忠君愛國渴望克複失地的仁人誌士們無不頓足捶胸扼腕歎息。後金當時深為遼東漢人暴動困國勢日益窘蹙。已具備單方麵優勢的朝，為何要白白浪費如寶貴的會哪！說到底兒還是朝內暗無日的黨爭惡鬥攪和的。
自遼東戰伊，朝內黨爭就始終牽著線戰勢。當孫承宗、袁崇煥準備絕地攻銳有作為時。閹黨集團於朝廷黨爭中壓倒東林黨成功勝出，開始全麵掌控朝局。昏庸的熹宗執寵信權監魏忠賢，肆枉胡作非為。以客魏為首的閹黨進而以操控閣、擅權幹、廣布務、恣拷掠，殘害異己。上至宮闈朝臣，下封疆邊臣莫不為閹黨淫威迫。孫承宗有帝師尊且功高望，魏忠賢欲依附於己。可剛不阿嫉惡如仇的孫承宗怎肯附和。魏忠賢銜恨遂黨羽上書，圖扳倒孫承宗。熹宗雖說是個昏君不假也非義。念往昔師生誼，熹宗對閹黨彈劾恩師的奏章始終“皆置弗省”，孫承宗而躲過一劫。可是魏忠賢怎肯就罷休！為報複孫承宗，閹黨集團竟置下安危王朝興衰於不顧，刻破壞孫承宗、袁崇煥出師收複遼疆大計。邊關將士年嘔心瀝血不容易換來的收複良就這樣閹黨集團生生攪黃了。孫承宗真後對閹黨的鬼蜮伎倆義憤填膺，他挺身而出痛斥閹黨的種種不。當時值魏忠賢竭力迫害朝中大臣，將楊漣、趙星、高攀龍東林黨人驅逐出京。孫承宗便以賀壽為請入朝麵奏，借上疏彈劾魏忠賢。閹黨魏廣微聽說後告魏忠賢“承宗擁兵數萬將清君側”。魏忠賢當嚇跑到熹宗床哭著。熹宗心哭軟了下嚴旨禁止孫承宗擅離防守。魏忠賢又矯詔給門宦官，若孫承宗敢至齊門就將他綁了。實在沒辦，已到州的孫承宗返還。
見孫承宗離京返關寧，閹黨緊攫內兵權。啟年（元1625年）月，繼控樞後閹黨黨羽高又擔了兵尚書。七月，魏忠賢誣殺楊漣、左鬥於獄中。東林黨人“累累，駢首就誅”。自打有了孫承宗上疏諫言一，魏忠賢對孫承宗真是恨入骨必欲除。於是閹黨集團開始竭力尋隙不斷捏造罪名，為扳倒魏忠賢的眼中釘孫承宗。
就在這時朝與後金間發生了耀州戰。啟年（元1625年）月，努爾哈赤迫遼東漢人到岔河以的鹽場煮鹽。月，不堪忍受後金暴虐壓迫的幾個漢人從鹽場逃到山海關救。告山海關總兵馬世龍，努爾哈赤子皇太極在耀州且虜兵不滿百。要軍一過柳河，遼民既殺王子（皇太極）殲滅後金軍歸服朝。山海關總兵官馬世龍聽聞大喜，竟不顧孫承宗不準輕舉妄動的軍令，出兵兩分從柳河上遊、下遊進發。沿柳河下遊進發的軍署不周，近兩千名官兵和二百多難民數日內不渡畢，還在柳河兩岸喧鬧不休終為後金斥候偵。於是欲奇襲的軍在渡河後遭到後金軍伏擊，軍敗退而還。錦州鋒營參將李承、右屯衛鋒副將魯甲以下百餘官兵戰死。襲擊耀州的計劃徹底失敗了，沿柳河上遊出擊的軍卻地非不錯戰。副將左輔見耀州已有防備便轉趁勢襲擊了後金船城。駐守船城的後金軍猝不防軍斬殺固山一名兵士數十，另有百多名後金官兵俘。後金船城遭襲且損失較大一時間是惶恐。
耀州戰不過是一無關大局的小戰鬥，況且軍有敗有勝，雙方打個手。而耀州戰消息傳至北京後，閹黨大喜過望借大文章。閹黨無限誇大己方敗績，猖獗參劾馬世龍孫承宗。見閹黨猖獗朝又如腐敗黑暗，“能努爾哈赤，而不能朝廷”的孫承宗痛心不已上疏請辭官。十月，熹宗同孫承宗辭官。出於對老師的彌補，熹宗授孫承宗祿大夫，兒子世襲中書舍人，又賞賜蟒服銀幣派專人護送孫承宗鄉。