遠在京的大朝廷不曉後金汗王努爾哈赤於戰受創的況。不過身處寧遠線的袁崇煥倒是探到了實。朝鮮翻譯官韓瑗曾親臨寧遠戰場。他憶述後金軍敗退後，“崇煥送一，備謝曰：‘老將橫行下久矣，今日見敗於小子，豈數耶！’奴兒哈赤已傷，是俱禮名馬謝，請借再戰”。素來輕蔑仇視漢人的努爾哈赤竟會以禮，足可出努爾哈赤對擊敗自己的袁崇煥還是非敬的。縱是戰場上的對手也不妨英雄間的惺惺惜，更何況是努爾哈赤這樣磊落軼蕩開創業的君王。而比於後金軍的慘傷亡以己身遭受的創傷，讓努爾哈赤痛苦的，莫過於寧遠戰帶來的精神打擊。
縱橫沙場十年間，始終戰無不勝的努爾哈赤竟會敗在初曆戰陣的晚輩袁崇煥手下，而且還讓自己身負傷，這份屈辱來太過突太過沉了。年已高的老汗王實在難以受為憤恨不已。《清太祖實錄》記載，“帝自二十歲征伐以來，戰無不勝，攻無不克，唯寧遠一城不下，遂大懷忿恨而”。努爾哈赤沈陽後始終沉浸在寧遠敗的屈辱痛苦中，憂愁難眠抑鬱難歡不能自拔。《清史稿》有這樣一段記載，努爾哈赤曾對諸貝勒困惑不地說，“朕用兵以來，未有抗顏行。袁崇煥何人，乃能爾耶！”除了給努爾哈赤心靈帶來震撼屈辱，寧遠大敗也對後金內也成大衝擊。多增了大軍國務急需努爾哈赤籌慮，用努爾哈赤的話講，“朕心倦惰”。而沉的精神壓抑過來又了就嚴的傷勢。朝朝鮮方麵認為，努爾哈赤的死應與寧遠戰有著必關。《熹宗實錄》稱，“奴酋恥寧遠敗，遂蓄慍患疽死”。朝鮮《燃藜室記述》亦載，“（努爾哈赤）懣恚而斃雲”。
就在努爾哈赤傷勢不愈急需生調養安歇時，後金權再生危。後金於寧遠遭至慘敗消息傳開後，毗鄰後金的蒙古察哈爾和內喀爾喀誤以為，後金精銳已於寧遠全軍覆沒，朝與後金勢力對比發生改變故而紛紛采行動。立誌與後金爭雄滿蒙的察哈爾林丹汗更欲趁良快統一蒙古步伐，對周邊蒙古大舉用兵。曾與後金結盟抗的內喀爾喀則轉投到朝一方，還不斷襲擊後金劫掠人畜財。對《清太宗實錄》有如下記載，“喀爾喀妄我軍盡歿，專助，移師逼，我遣往科爾沁臣，複屢截劫”。
憤慨至極的努爾哈赤不顧病沉，以“後落貝勒背盟，私與和，殺我國斥堠軍，獻首於，受賞。又屢劫我國財貨、畜產”為，於啟六年（元1626年）月日，親自與諸貝勒大臣統領後金軍征討蒙古內喀爾喀諸，而這也是努爾哈赤生後一軍行動。後金軍在寧遠戰中損失確實慘，不怎樣以後金軍尚存實力收拾內喀爾喀還是不成問。內喀爾喀中對後金為堅決的當屬巴林，是炒花。月日，後金軍渡遼河。日，後金軍首對巴林發突襲，巴林殺潰不成軍。巴林首領達囊努克寨貝勒皇太極射殺，巴林餘眾也紛紛後金投降。繼降服巴林後金軍又一鼓作氣再攻炒花，擁兵一萬千餘騎的炒花算上是內喀爾喀中一一的，可無論炒花實力有多到底也不是後金軍對手。炒花後金軍襲破，眾盡皆散亡，一半眾逃歸蒙古察哈爾，另有兩千餘口投奔朝袁崇煥處，餘屬人畜悉後金掠獲。隨著巴林、炒花後金軍繼擊破，來自內喀爾喀的威脅到初步遏。
當後金全力征討巴林、炒花兩時，蒙古科爾沁首領奧巴來沈陽朝見後金汗。古勒山大戰後，努爾哈赤大力招撫曾參與聯軍的蒙古科爾沁。自以後蒙古科爾沁開始與後金不斷密切交往，而科爾沁諸貝勒也頻與後金聯姻。當時林丹汗躊躇滿誌為統一蒙古不斷對蒙古“興兵攻掠”，林丹汗兵鋒到處“服從收，拒敵殺”，周邊蒙古同察哈爾間矛盾而迅速激。為林丹汗咄咄聲勢迫科爾沁速倒後金，早在啟年（元1624年），不滿林丹汗的科爾沁蒙古首領奧巴便主動與後金結盟。著科爾沁入後金陣營，林丹汗大怒率兵征討科爾沁。奧巴不敵林丹汗，急忙派人盟友後金告急。啟年（元1625年）十一月，努爾哈赤遣人賚送防禦方略，貝勒莽古爾泰、貝勒皇太極率領千精騎馳援奧巴。終逼退林丹汗，同時也阻止了科爾沁遭察哈爾吞。蒙古科爾沁首領奧巴自是對努爾哈赤感激涕零。後來後金慘敗於寧遠，奧巴仍一如既往地堅持對後金友立場，於月親赴沈陽謁見後金汗王努爾哈赤。對於國勢值低穀的後金而言，科爾沁首領奧巴的謁見實在是急人困雪中送炭的義舉。二十一日，奧巴將抵達沈陽時，病在身的努爾哈赤堅持出城十裏親迎。努爾哈赤也科爾沁首領奧巴的傾心歸附大為歡心。二人再盟誓除豐厚賞賜，努爾哈赤又賜予奧巴土謝圖汗號。。