寧遠之戰讓老汗王努爾哈赤在綿綿憤恨中愕走完了自己傳奇人生。而就在寧遠大戰後不久，剛剛勝的軍內部卻發生一場不該有的混亂紛爭。作為軍主帥的袁崇煥必須要為負主要責。言“金無足赤、人無完人”。若論憂國恤民袁崇煥赤誠可見；若論統兵打仗袁崇煥亦無可匹敵。若論起如何確處理上下級關，袁崇煥可就顯得力有不了。
袁崇煥手下兩員大將趙率教、滿桂都是當良將。本二將關也好寧遠大戰時，滿桂不滿趙率教不親自來援救自己，二將由結下仇怨。見左右股肱互不和，主帥袁崇煥肯定不能坐視不他本人親自出麵處理。不成袁崇煥處理方太過粗蠻倒鬧個適得。滿桂出身蒙古族為人不壞就是性火爆耿，朝野眾臣都給予較高麵評價。孫承宗認為滿桂“大勇沉潛，真忠懇到”。夏允彝稱滿桂雖“不文墨”卻“勇而廉”。熹宗也讚許滿桂“廉勇箸聞朕所素鑒”。史籍中評價滿桂為客觀中肯的當屬《史》，《史》稱滿桂，“椎魯甚，忠勇絕倫，不好聲色，與士卒同甘苦”。由上記載可，滿桂除脾氣不太好真是個不錯的好將軍。像滿桂這樣血性豪邁又不乏忠義的漢子，若能懷柔以再加以善誘勸導，滿桂定會以國為下個人恩怨的。可惜滿桂可作廉頗，袁崇煥卻不是藺如。
在袁崇煥嚴厲訓誡下滿桂不僅未予認錯悔改，而火冒三丈同袁崇煥衝突起來。袁崇煥也來了倔脾氣，竟頭腦一熱上書說滿桂躊躇滿謾罵同僚，要朝廷將滿桂調離。滿桂氣不過同樣告狀到遼東經略王之臣裏。王之臣也是出於心無私，出於愛惜滿桂之才他堅決對調走滿桂。結袁崇煥、王之臣都挺強，二人互不讓爭得不可開。本滿桂、趙率教二將私人矛盾，就升級為朝遼東高軍長官之間的激烈衝突。二人氣猶未盡紛紛上書朝廷乞休隱退，這下可把朝急壞了連忙調和。是告誡二人務要吸熊廷弼、王化貞經撫不和的嚴教訓，後又勸勉二人要以大局為念和衷共濟不可再氣用。為緩和雙方矛盾，朝廷調整了二人職權範圍。令王之臣專守關內，而關防務悉劃歸袁崇煥統轄。袁崇煥畢竟是個磊落的大丈夫，冷靜下來後也自己的確實不妥。於是袁崇煥上奏朝廷，請依從王之臣言留滿桂願與之和好如初。熹宗允準了袁崇煥所，啟六年（元1626年）月，詔令滿桂為征虜將軍移鎮山關，就這場軍內部紛爭方告結束。
軍內部這場本不應該的紛爭，讓我們清楚地到袁崇煥性格中存有嚴致弱點。就是為人處太過偏執不能審時度勢，作為統兵於邊關的三軍將帥肩負著大幹，豈能如氣用。在非則性問上袁崇煥頑固堅持己見不退讓，鬧得部將離心文武不和乃至驚動朝野。若是尋姓性格激進倒也無妨。對於邊關統帥亦封疆大吏而言，這就叫膽大妄為甚至是獨斷專行了。實袁崇煥幹出這種極端出格的已經不止一了，早在孫承宗守邊間，袁崇煥就曾不經請示擅自處決了一個貪汙軍餉的副總兵。還因差點激起兵變，後袁崇煥到上司孫承宗嚴厲批評。誠袁崇煥不是個貪權奪以權謀私的奸佞小人，偏激固執不變的性格卻無疑是犯了官場大忌！同時也讓我們到袁崇煥在上是多得幼稚，在波譎雲詭的宦沉浮中如莽撞行豈能不遭非議不猜疑！袁崇煥後來膽敢擅殺毛文龍，完全可以從紛爭中出端倪來。再加上袁崇煥拙於官場際又不善身，一忠貞愛國才華橫溢的名將，後落得遭崇禎帝疑忌而慘死的下場也就不足為奇了。
努爾哈赤死後，後金八大貝勒中排行的皇八子皇太極在諸貝勒大臣推舉擁戴下。於啟六年、後金十一年（元1626年）月初一，襲承汗，是為清太宗，亦年改元聰。擊敗努爾哈赤的袁崇煥時迎來了自己的終極對手。戰場上皇太極後數敗於袁崇煥。可論起玩弄陰謀來，袁崇煥可就遠遠不能和凶險老辣的皇太極比了。終憑借著對人性的洞悉和用，皇太極成功借崇禎帝之手除掉了自己在軍上無法戰勝的袁崇煥。