薩爾滸大戰不久，自恃成吉思汗嫡子孫的林丹汗在致予努爾哈赤的書信中傲慢地說：“十萬蒙古國主巴圖魯青吉思汗諭，致問水濱萬諸申主恭敬英汗安居無恙耶！”不僅如書信中林丹汗還赤裸裸地威脅金，不奪取自己與朝互市的貿易地廣寧，不許金再裹挾內喀爾喀蒙古。林丹汗的驕橫挑釁氣金文武大臣們群激憤，根據《清實錄》記載，金諸貝勒大臣中，“欲斬半，欲將剜鼻耳而放歸半”。努爾哈赤雖沒有立即殺害察哈爾臣卻也不甘在小輩林丹汗示弱。努爾哈赤現是扣留臣又修書一封，書信中狠狠羞辱奚落了林丹汗一番。努爾哈赤嘲諷，“爾誇何以十萬蒙古眾，驕吾國耶！我聞洪武時，取爾大，爾蒙古以十萬眾敗亡殆盡，逃竄脫僅六萬人……以不足萬國乃遠引陳言，驕語十萬而輕吾為萬人，地豈不知”。惱羞成怒的林丹汗同樣囚禁了金，是年輕氣盛的林丹汗在一同陰險老辣的努爾哈赤交手鬥狠中就先失一招。金隨處死了察哈爾臣，而金臣卻成功從察哈爾逃回。
先吃一虧的林丹汗自更是對金仇恚不息立誓要發狠報複。啟元年（元1621年），努爾哈赤率金軍席卷遼東時，林丹汗曾派臣錫爾呼納克杜棱領兵兩千奔襲沈陽，試圖救被金俘獲且被拘禁於沈陽的內喀爾喀貝勒宰賽。不成八旗兵戰力委實驚人，金僅憑留守隊居打退了察哈爾騎兵襲擊，錫爾呼納克杜棱無而返。不再指望林丹汗的內喀爾喀來用上萬牲畜贖回被扣押的宰賽，聽於汗廷的內喀爾喀也就倒金。在努爾哈赤麵年輕的林丹汗就又失一分。努爾哈赤進攻廣寧時林丹汗出兵萬助，而察哈爾兵為大雪阻滯尚未趕到，遼西鎮廣寧便已失陷。廣寧淪陷即讓朝丟掉遼西大片疆土，同時也讓林丹汗喪失了要貿易地，番破敗結著實讓林丹汗顏麵掃地。
可謂“屋漏偏逢連夜雨，船遲又遇打頭風”，當林丹汗在與努爾哈赤激烈交鋒且還日漸趨於風時，察哈爾蒙古的一眾竟不斷叛離而，中還不乏投敵。這又是怎回？來林丹汗雖是饒有才幹的“虜中名王”，在宗教上卻犯了不可饒恕的治錯誤。自俺答汗引藏傳佛教入蒙，藏傳佛教格魯派亦稱黃教便在蒙古地區日漸興盛，牢牢占據了主導地。林丹汗也信奉黃教，在藏傳佛教寧瑪派沙爾巴佛勸說，萬曆十六年（元1618年），林丹汗轉信藏傳佛教寧瑪派即紅教。自古以來宗教便與治有著密切聯，宗教用當則可促進治關，如若用不當會破壞治關。逆黃教盛行勢於不顧貿改信紅教，這可絕非是智舉，林丹汗改宗立即在治層麵上引軒大波。
篤信黃教的漠北喀爾喀（即喀爾喀七），和右翼萬戶的汗、濟農、諾顏、台吉們對大為不滿。再上視林丹汗為讎敵的黃教僧侶們不斷挑唆，蒙古大站到林丹汗的對立麵上。雖未立即撕破臉皮卻也是貌神離，從開始陽奉陰違著汗廷號令。不僅如在察哈爾蒙古內，林丹汗不智的改宗舉動也同樣動搖了屬對他的忠心。負責左翼萬戶內喀爾喀的臣，錫爾呼納克杜棱洪台吉就對林丹汗改宗紅教。錫爾呼納克杜棱曾領兵救被拘於沈陽的內喀爾喀貝勒宰賽，結被打大退而歸。軍上的失折損了林丹汗顏麵和威望，同時也進一步惡君臣二人關。至來內喀爾喀與努爾哈赤婚盟誓同金走越來越近，頓時惹林丹汗疑心驟。憤怒的林丹汗嚴厲斥責錫爾呼納克杜棱洪台吉束不力，開始懷疑他與金暗款曲。隨著君臣間隙不斷擴大，啟二年（元1622年）二月，不甘受於林丹汗的錫爾呼納克杜棱台吉幹脆率領屬的烏齊葉，會同安諤勒哲依圖台吉屬的烏嚕共千戶投奔遼陽，歸順了努爾哈赤。受影響不滿林丹汗的蒙古族首領亦紛紛叛離而。啟年（元1623年）月，內喀爾喀蒙古拉巴什希布、索諾木、莽、達賴台吉，率屬百戶投奔金。即察哈爾八大營中，信奉黃教的烏珠穆沁貴族翁袞喇爾子爾濟車臣濟農，和塞棱額爾德尼台吉、蘇尼貴族素塞巴圖嚕濟農、浩齊貴族策淩伊爾登、阿巴噶貴族思噶爾劄薩克圖濟農也離林丹汗而，投奔同信奉黃教的漠北喀爾喀蒙古了。經變故察哈爾實力損失較為嚴而且人心浮動不已，林丹汗主要精力放在內穩上。
趁著林丹汗暫時無暇他顧，善於握時的努爾哈赤立即威逼內喀爾喀蒙古。徹底斷絕與察哈爾蒙古的隸屬關，與金聯手對抗林丹汗。內喀爾喀與金的盟約涉協助金攻，而今卻再被脅迫與昔日的宗主互殘殺，包括內喀爾喀盟主卓裏克圖洪巴圖魯在內的貴族首領示堅決對。啟年（元1623年）月，努爾哈赤出兵征討內喀爾喀蒙古。卓裏克圖洪巴圖魯連忙林丹汗救，忙於息內務的林丹汗未予出兵援助。勢單力孤的內喀爾喀怎會是兵鋒盛的八旗鐵騎對手，快就被金軍打落花水。金打擊點就是持對見堅決的紮魯。紮魯首領昂安力不能敵與兒子俱同戰死，屬民和牲畜全被金軍虜獲。一番殺雞儆猴，勝的金軍凱旋而歸。經一役內喀爾喀屈從於金，而金也借強了對內喀爾喀蒙古的控。