京師衛戰的輝煌勝利，讓袁崇煥軍事生涯達至到巔峰。可袁崇煥萬萬不會到，這場京師衛戰竟然會是他波瀾壯闊的軍事生涯中後一幕。而那些與袁崇煥一起出生入死的關寧將士們也不會到，這也是他們後一與敬愛的統帥一起肩作戰家衛國。左門之戰僅三天後，於危難間力挽狂瀾為衛京立下殊勳的袁崇煥，突然遭崇禎帝逮捕下獄。
崇禎二年（1629年）十二月一日，崇禎帝出人地發布一詔諭，令自己的心腹太監全權京城防衛。其中派司禮監太監沈良佐、內官監太監呂督門皇城門；又派司禮監太監李鳳翔總督忠勇營督京營。在將京城各項防衛全部置於自己掌控後，崇禎帝假以“議餉”為由召督師袁崇煥總兵滿桂、黑雲龍、祖大壽等將領，刻入紫禁城覲見。《國榷》、《明季略》、《崇禎實錄》《明史》等史籍記載，袁崇煥當時正在揮副總兵張弘謨等將領追蹤後金軍。得皇帝召他覲見議餉，袁崇煥非高興急忙入城見君。但因門戒嚴何人不得入，堂堂薊遼督師能坐在筐子裏“縋城而入”。袁崇煥趕至紫禁城平台見崇禎帝臉色陰沉，兩側朝臣也都各個表嚴肅。尚未等袁崇煥開口，崇禎帝對著他就是一截了當的質問，“你為麼殺毛文龍？”、“敵軍何以長驅入，進犯京？”、“你的兵為麼要射傷滿桂？”崇禎帝劈頭蓋臉三個問，把毫無準備的袁崇煥問得是一頭霧水不所以，懵然惶恐之中袁崇煥竟未出一言以對。在崇禎帝看來，袁崇煥現在凝噎語塞就等於默認對他的各項控。崇禎帝徹底激怒了當滿桂下衣甲驗示身上傷痕，向群臣昭示袁崇煥所犯罪行。然後錦衣衛拏擲袁崇煥於殿下，十錦衣衛校尉一擁而上脫去袁崇煥官服，將他押入鎮撫司監獄。群臣見狀都傻了眼，雖然朝臣中對袁崇煥質疑聲不斷，但當袁崇煥當場拿下時一批大臣紛紛跪地，倒不是他們盡都認為袁崇煥白無辜。而是同後金大戰尚未告畢，京師危還要倚靠袁崇煥的關寧兵馬。現在拘捕袁崇煥，關寧將士必定人嘩然軍心不穩，這實於穩定大局不利啊！大學士成、兵部尚書畢自嚴拚叩頭，以“敵在城下，非他時比”為由請皇帝三慎重。可剛愎自用的崇禎帝就是固執己見，不許袁崇煥自述分辯也不聽群臣勸諫，堅持罷黜逮捕袁崇煥。而後崇禎帝與袁崇煥有隙的滿桂總理各勤王援兵節製諸將，同時馬龍、祖大壽二將分理關寧兵馬。
贏京師衛戰的袁崇煥居功至偉，何竟會轉眼間便遭免職鋃鐺入獄？圍繞這案中的恍惚迷離與是是非非，時人後人都在孜孜探著謎案相，察不斷同時也還爭執不絕。筆認同較為主的一種觀點，袁崇煥逮捕是因崇禎帝中了後金反間計。至於理由如下：
其一、從明朝方麵看，袁崇煥雖有種種可疑跡卻沒有何鑿反跡。若他暗中敵謀反，全可以在自己鎮守的關寧錦防線作文章。如：佯裝不敵坐視後金軍由關寧錦一線破關而入；或幹脆獻關投誠好了。無論哪種定不失後金賞賜的王爵高。退一大說就算袁崇煥與後金得串一氣內外勾結奪京師，他也犯不著在遵化搭上自己心腹愛將趙率，還有四千忠勇的關寧將士。尤其京師惡戰間，袁崇煥引軍與數倍於己的敵殊死搏殺。廣渠門、永門兩大戰後金軍殺得屍橫遍野死傷累累，京城上的崇禎君臣看得切切，袁崇煥得的輝煌戰足以洗刷他所遭的無端質疑和非議。事實上崇禎君臣也正是看到了袁崇煥精忠報國毫無一絲貳心，會在謠言不斷傳聞不絕的況下，仍然委袁崇煥為京師衛戰的軍事總揮。沒錯！袁崇煥向來我行我素曾數違抗朝而不遵，單憑他的膽大妄為的夠罪的了，可若按他所犯功過來論也就是訓誡處罰戴罪立功，至多免職禁錮終身罷了。而全可以等到後金軍撤遠，京師衛戰徹底結束後予以算。
可崇禎帝在後金大軍尚未遠離，隨時都有可能重新殺京城的況下。絲毫不顧京師尚未脫困的局勢和危，突然除袁崇煥一切職務還執將他入大牢。崇禎帝的反舉動於於理全釋不！除非在間發生了麼突發況。讓崇禎帝徹底喪失了對袁崇煥的，以致全將其視為仇寇對頭。可又能是麼況哪？合理釋就是後金的反間計。