關寧軍的要將領，同時也是袁督師心腹的祖大壽跟隨袁崇煥同赴台。當他到矢報國忠貞不二的老上級袁崇煥在皇帝無比震怒中拏擲於殿下時，毫無心理準備的祖大壽當嚇得心驚膽戰渾身戰栗不安。崇禎帝嗔目怒視下，深恐到牽連的祖大壽有唯唯稱是不敢有絲毫異議。待到祖大壽返關寧軍大營眾將士頒讀皇帝詔諭，關寧軍將士們得與自己一起出生入死的主帥已革職下獄，頓時陷入無盡驚愕與不安中。本所著《白冤疏》記載，關寧軍眾將士“徹夜號啼，莫所處”。袁崇煥牽連剛在京城外浴血殺敵的關寧將士們時也備猜疑歧視。京師軍民聽信了後金諜工散播謠言認為後金軍就是關寧軍引來的，“聲聲口口說遼將、遼人都是奸細”。京城上的戍守軍也視城下關寧軍為叛逆，其拋擲磚石射箭不說還無故殺害夜裏巡邏的關寧軍兵士，致使關寧將士白傷亡不少人。麵對城上京師軍民不停叫罵和無端毀辱，城下關寧軍士心中的無比淒涼悲憤可而。
當兵的心寒了！統兵的祖大壽心也涼了！自寧遠與袁崇煥鬧掰從而分揚鑣後，滿桂便與祖大壽等舊日袍澤嚴不合。現今袁督師身陷囹圄，對關寧將士懷有深深成見的滿桂又了全部勤王兵馬，祖大壽深恐自身也會遭人暗算。加上京城下的關寧軍飽無端排擠和欺淩，十二月初四日晨，祖大壽與副將何可綱帶著心灰冷的關寧軍餘部一萬千人，離開京師自行返還關寧錦。孫承宗得況大驚急忙派兩批使前去撫慰祖大壽，他馬上帶兵來可祖大壽就是不為所動。其實早就有人預到城外關寧軍會出亂子，袁崇煥下獄後二天十二月初二日，兵部職方司主餘大成就醒兵部尚書梁廷棟，袁崇煥抓關寧軍必亂。梁廷棟盲目認為要有祖大壽在關寧軍亂不了。可餘大成言之鑿鑿地說覆巢之下豈有完卵。祖大壽以為袁崇煥能獲釋故而會觀望三天，見朝廷執要袁崇煥的罪，唯恐會禍己身的祖大壽必定要起亂。不其然就在袁崇煥下獄後三天，祖大壽領著關寧軍走了。
皇太極在袁崇煥逐走後得妙計已成，勁敵袁崇煥現崇禎帝罷黜下獄，打不垮的關寧軍也負氣離京出走。皇太極真是大喜過望啊！他立統率後金大軍又殺京。在京的盧溝橋大敗駐守地的軍，斬副總兵申甫以下千官兵。繼破盧溝橋後金軍又於十二月十日，京城發起了四進攻，是為永定門之戰。心急火燎的崇禎帝見勢突變滿桂統兵出城迎敵。有著豐富戰場經驗的滿桂認為敵軍勁勢盛而己方援軍不多，時不能輕易出戰當以固守為上策。在宦官催逼下，滿桂好與孫祖壽、黑雲龍、麻登雲四總兵率領四萬軍在永定門之，“四方結柵木，四麵列槍炮”列陣迎戰後金軍。可惜永定門外四萬軍不關寧將士般勇猛悍。在後金鐵騎猛衝下軍結紮的柵木快就突破，四萬軍也淹沒於後金大軍的鐵騎洪中。滿桂揮軍拚死抵禦怎奈雙方戰力差懸殊，軍終殺得一敗塗地潰不成軍。永定門之戰總兵滿桂、總兵孫祖壽副將、副將、遊擊三十餘人陣亡，總兵黑雲龍、總兵麻登雲捉，另有千匹戰馬後金俘獲。後金軍雖勝曆經後四場大戰，同樣傷亡慘也無力進一步擴大戰。故而皇太極索性棄對京進攻。皇太極還為冠冕堂皇地對諸王貝勒們說：“城中癡兒，之若掌耳！其疆域尚，非旦夕可潰，得之易、守之難，不若簡兵練旅，以待天可也”。在留下一封致崇禎帝的請和信後，皇太極率領後金大軍浩浩蕩蕩撤返東歸。師途中後金軍繼續縱掠畿內，連下遷安、灤州、永、遵化、固安、香河等州縣。皇太極又二貝勒阿敏領兵千，留駐遵化、永、遷安、灤州四城。作為後金楔入朝內地尤其在長城防線以的要點，占遵永四城可大大方便後金軍日後度破邊入寇。後金軍主力則隨皇太極返沈陽。
後金攻掠朝京畿之戰，雖未能一舉攻大京師演靖康之變。對後金而言仍不失為一場大勝。首，後金軍一突破邊長城防線，以破竹之勢千裏奔襲深入朝腹地且還徑殺抵朝京城下。鍛煉了後金騎兵長途作戰能力，也積累了與軍主力會戰的寶貴經驗，更增了後金政權奪全國的雄心和信心。其，皇太極巧施間計，假崇禎帝之手除掉後金勁敵袁崇煥。朝兩員虎將趙率教、滿桂也繼戰歿於役。外又有多名經略、總兵、副將、巡撫死、擒、下獄。一大批精兵猛將的折戟沉沙削弱了朝軍力同時，也沉打擊了朝方麵的軍心士氣。總之經一役自寧遠之戰以來，朝好不容易與後金成的對峙僵局終徹底打破。後金獲了對朝戰爭的主動權，而朝也陷入到步步敗退的窘困境地中到其後滅亡。不過當時的朝還尚未識到這一點。
祖大壽領兵出走後朝廷上下大為震動。多人包括崇禎帝在內都擔心關寧軍會去叛變投敵。在兵部尚書梁廷棟舉薦下，憂心忡忡的崇禎帝召見了餘大成。餘大成對崇禎帝說祖大壽非要背朝廷，是擔心朝廷會牽連他祖大壽故才會引軍返。皇帝要召還祖大壽關寧軍非得要袁崇煥親手書信不可。鑒於當時嚴峻局勢，崇禎帝急需召還關寧軍這支生力軍確京師安寧，於是崇禎帝餘大成請袁崇煥寫親筆信召祖大壽來。身陷大牢的袁崇煥心中充滿了失落憤怒還有苦悶。生性倔滿腹牢騷的袁崇煥，以自己是戴罪之身且已遭職無權號令祖大壽為由，絕了餘大成。餘大成沒有氣餒而是言辭懇切地繼續勸導袁崇煥，要他應以江山稷和姓福祉為。袁崇煥脾氣雖不好，可顆憂安邦護國佑民的忠心卻是赤誠可見的。餘大成苦口婆心的勸導一下子戳中了袁崇煥心扉，為了天下安危袁崇煥還是親筆寫了一封書信，真切語心長地勸祖大壽務要顧全大局，讓他領軍來繼續衛京師。