皇太極對肯歸順的恩養用以所現出的寬宏大，既給下樹立良榜樣，同時也對時局產生深遠影響。受皇太極感召多軍將領主動獻城投降。中具當屬毛文龍舊部，將孔有德、耿仲、尚可喜的繼率部來歸。孔有德、耿仲、尚可喜全出身遼東礦工。遼東淪陷後三人投奔東江鎮成為毛文龍部下，也悍將毛文龍認作養孫。東江人馬就是毛文龍私屬武裝，著毛文龍來桀驁不馴目無王法，唯馬首是瞻的毛家軍自有樣學樣素裏驕縱成狂傲不羈。忍無可忍的袁崇煥斬殺了飛揚跋扈的毛文龍，欲繼續整編東江鎮的驕兵悍將徹底鏟除掉毛文龍留下的餘毒。可惜還沒來得實施，袁崇煥在三個月後的己巳之變中罷黜入獄繼而蒙冤慘遭磔殺。袁崇煥尚在時東江部伍畏懼袁督師軍法威嚴，雖是心中自恃桀驁卻也不敢造，可隨著袁督師身死魂滅再也沒有人能鎮得住東江兵將這幫地頭蛇。說來也是，除了老主毛文龍和威震邊關的袁崇煥，又有誰能入得了東江鎮幫驕兵悍將的法眼哪。兩年時間不到東江鎮治所皮島連發生三兵變，即出身東江鎮的兩主官陳繼盛、劉興治也不能服眾繼亂兵嘩變殺害。朝廷派的三主官總兵黃龍剛到上，就無法無的亂兵割掉耳鼻拘禁起來。幸得東江將領尚可喜鼎力營救逮捕首亂耿忠裕、王應元等十多人，總兵黃龍這才恢複權力。不容易控局勢的黃龍非感念尚可喜恩拔他為遊擊，處死耿仲裕（耿仲之弟）、王應元等亂兵頭目。經過一番費勁波折朝廷派來的龍終於鎮住皮島上的地頭蛇。可頻繁兵變以動蕩不安的局勢早已讓東江鎮內部出現嚴分裂，眾多在皮島混不下的東江舊屬紛紛轉投處另尋棲身之所。
當時逢蓬萊巡撫孫元化招募遼人練習兵，孔有德、耿仲、李成、李應元等東江將領之陸續投奔孫元化。孫元化是朝末年洋炮學驅，師從末著名科學家兼文淵閣大學士、內閣輔徐啟，潛心習學洋已大幅領中國的火器和數學。著有《幾何論》、《幾何用法》、《太算要》等書，同時也與湯若望等著名方傳教士來往密切。徐啟、孫元化師徒畢生致力於引入方進自科學。尤清戰爭爆發後，徐啟、孫元化又力主引入方進火炮技術專以對抗後金鐵騎洪。寧遠大捷中努爾哈赤炸得傷不治，連帶創後金軍的十一門紅夷大炮。就是在徐啟、孫元化師徒倡導下朝廷澳門葡萄牙人購買的。寧遠之戰後嚐到洋火器威力甜頭的朝一麵繼續大采購紅夷大炮，一麵派人學習仿方進炮技術，至朝滅亡共計仿造出類紅夷大炮一千餘門。在後的寧錦大戰、京師保衛戰以收複遵永城之戰中，軍裝備的紅夷大炮均發揮了至關要作用。
除了引入抗敵器紅夷大炮，徐啟、孫元化師徒還欲效仿當年創立浙兵（即戚家軍）的戚繼，圖練出一支能與遼東虜抗衡的軍隊。不同於冷熱兵器舉的傳統軍，軍將以配備洋火器為主。內舉不避親，舉不避怨。為振興大國勢，崇禎三年(元1630年)，時禮部尚書的徐啟舉薦他的得弟子孫元化出登萊巡撫。一心救亡圖存的師徒二人遂以登萊為地盡心竭力為國家打造軍，在兵源選擇上徐啟非認同孫承宗、袁崇煥“以遼人守遼土”的觀點。在徐啟來，民風粗獷熟悉遼東水土氣候的遼人肯定是組軍的優兵源，登萊巡撫孫元化秉承師於山東地廣募遼人為兵。當時避難於山東等地的遼東難民非多，客觀上為練習軍供了充足兵源。朝廷也予支持在財緊張的況下仍為這支軍供充足糧餉，有了軍需保障孫元化快便募得將近萬遼東籍官兵。
孫元化招募而來的遼人可不全是為戰火所迫背井離鄉的遼東難民，中就包括孔有德、耿仲這樣在皮島混不下的兵頭軍痞。孫元化的確是個傑出識分子，為人忠君愛國而且富有才學，非可惜他偏偏沒有識人人之。孫元化絲毫察覺不到他所招募的東江舊將是齷齪貨色。諸如：孔有德、耿仲、李成之哪裏是什善類，個盡皆狼貪虎視的陰謀家、野心家。可孫元化就是渾不曉還他們當領軍能手、難得將才，對他們愛之惜之，寄望他們能為國勳驅逐虜，後人責孫元化有眼無珠我還是有理的。孫元化若能預曉這幫東江舊將日後會闖出什禍來，定會早早便等禍孽類斬盡殺絕！
為將這支軍打造成當時世界上為現化的技術兵種。徐啟、孫元化師徒二人真可謂是大費周章耗盡心血，經過多方籌措終為軍配備大進洋火器。按照徐啟、孫元化的練兵規劃，軍每營將配備“雙輪車”一百二十輛，“炮車”一百二十輛，“糧車”六十輛，“洋大炮”十六尊，“中炮”八十門，“鷹銃”一百門，“鳥銃”一千兩百支，戰士兩千，隊兵兩千。配備如之多進火器，這支軍一旦練成必將具有跨時的要義。深習學精華的徐啟、孫元化師徒篤信不已，要能將這支軍操練成投入到遼東戰場。憑借洋火器巨大威力，即便是驍悍驃勇的八旗鐵騎也會難以招架，這支軍必將成為後金軍一大勁敵。屆時關寧鐵騎上火器軍，兩軍輔成聯手迎敵。隱晦不的遼東戰場將就見日。為保障軍操練效，徐啟、孫元化二人還煞費苦心地從國人葡人中，精心選派出優秀的技師和炮手遣往登萊軍效。在一百多葡人軍技術專家精心教授和訓練下，軍快就熟練掌握類進火器的用操法，以種火器實戰的戰法。