孔有德舉兵叛亂以來，山東當地軍不堪一擊“皆敗而走”，朝廷迫於無奈得從地調兵叛。崇禎年（元1632年）二月，叛軍圍攻萊州。三月，兵部侍郎劉宇烈督理薊門、密雲等地援兵和義勇鄉兵，凡馬步兵共二萬千人馳援。月，薊門、密雲援軍兵敗沙河擄無算，大炮等大量火器為叛軍繳獲。就連鎮守萊州的山東巡撫徐從也死在叛軍猛烈炮火下。眼見叛軍越戰越勇難以定，朝臣奏請調派關精銳入援。在他們來除了關寧軍，大朝也再沒的軍隊能敵得過叛軍。無獨有偶叛軍方麵也是這認為得！史載，叛軍內部亦曾這般私語：“殺山東兵如刈菜，無奈我何！鎮兵鹹非吾敵，惟慮關兵耳”。
月初，朝廷調山海關寧遠等地夷、漢精銳共千八百餘人入關叛。關寧軍太監高起潛督軍，總兵金國奇為帥，祖大弼、祖寬、吳襄、吳三桂等關名將隨軍效力。在以關寧軍為首的官軍猛烈進攻下，叛軍囂張氣焰終打壓下開始節節敗退。八月十日，官軍再攻沙河叛軍打得大敗而逃，萊州之圍得，處逃竄的叛軍得登州不十分之三。叛軍不甘兵敗萊州隨傾巢而出，號稱十萬，欲與官軍再作一決。三十日，叛軍與官軍戰於白馬塘，叛軍又一慘敗陣斬一萬三千，俘八百，至於逃散墜海死不下數萬。月初一，官軍大舉圍攻叛軍老巢登州。雙方持至十二月，叛將李成出城迎戰時戰歿，叛軍士氣大挫。崇禎六年（元1633年）月，官軍築銃城隨後居高臨下用紅夷大炮猛轟城內，叛軍之心驚膽寒。當時城內乏食士氣又低迷不振獲勝已無可能。孔有德、耿仲遂率叛軍餘部渡海投奔後金而。二月十八日，叛官軍攻下水城殲滅留守叛軍。叛軍俘千餘，自縊投海死千。至朝完全收複山東，曆經一年半的吳橋叛亂終定下。
吳橋兵變叛軍核心骨幹，孔有德、李成、耿仲等都是末悍將毛文龍舊部。也都是一群沿襲東江陋習不改的獨夫民賊，個桀驁難馴狂傲不法對國家不忠不孝。在筆來，吳橋兵變就是毛文龍所留殘毒餘孽在毛死後一集中發作，同時也是崇禎帝處死袁崇煥的典型負麵效應。試倘若袁崇煥不死繼續領兵關，又豈容這幫肖小敗類肆為禍下。雖叛軍終還是敗了，曆時一年半的吳橋兵變已經深刻影響後中國曆史走。客觀上既加速朝走衰亡，也推進了後金（清朝）迅速崛起。具來講這場叛亂的深遠影響有三：
一、加速朝內部動蕩。末朝廷黨爭惡鬥來不斷烏煙瘴氣從未停歇過，何一軍務國都可成為朝堂上不同派團間黨同伐異的工具。孫元化素與東林黨來往密切，不覺間便卷入派間的鬥爭。吳橋兵變後，廣東禦史宋賢借汙蔑孫元化“侵餉縱兵”、“貪穢已極”，一大幫朝臣隨風附和也跟著彈劾孫元化。這彈劾責當不是出於什允心。實則就是借發揮，寄望能牽扯扳倒東林黨出身的內閣首輔大學士周延儒。支持東林黨和孫元化的力量為自，也與對針鋒對立互竭力攻訐。是兩派勢力爭執不下才導致朝中同時出現，對叛軍招撫、征剿兩種截不同聲音。
舉棋不定間朝廷屢屢錯失叛良，戰場態勢也而變得越發不可收拾。可以說這場叛亂能夠持續整整一年半，和朝廷內部無休無止的鬥爭有關。不容易叛亂定，崇禎帝將俘獲的叛將李應元、毛承祿、陳福、蘇有功等一淩遲處死。可問在於崇禎帝泄得了私憤，卻息不了朝廷裏無盡無休的黨爭內訌。沒錯！登萊巡撫孫元化確有人不當、舉措不等嚴失職。他兢兢業業一心為國練兵，完全可以酌免死戴罪效。可孫元化京師遭敵陝監察禦史餘應桂、兵科給中李夢辰聯手陷害，在鎮撫司詔獄中備受酷刑“手受刑，加掠二百餘”。首輔周延儒欲免孫元化死罪，在死對頭權奸溫仁構陷下，崇禎年（元1632年）七月二十三日，孫元化仍冷酷剛愎的崇禎帝下令斬首，時年十一歲。見矢誌報國的得弟子竟為黨爭害得身首異處，徐啟真是萬分傷痛。心灰冷之餘滿懷憂憤之下，末名臣徐啟於亦年在京抑鬱而終。末無比黑暗的亂世，忠心愛國的仁人誌士總是不得善終！每每聞之令人痛心不已！更可歎徐啟、孫元化之後再無人深研學炮，中國也錯失一奮起趕上方發進度的寶貴遇！孫元化死了可朝昏暗地的黨爭內訌仍未停息，在後繼續上演著一幕幕令親痛仇快的曆史悲劇。