後金軍追擊結束了，可察哈爾蒙古的苦難卻並沒有就此停住。丹汗渡黃河後，率領察哈爾蒙古殘部及裹挾的鄂爾多斯部眾進入廣闊無垠的毛烏沙漠（位於陝榆長城一線以）。《明史》記載，由於輜重、牲畜、糧秣等物資盡失，丹汗部眾“食盡馬乏，暴骨成莽”。《東華錄》亦記載，丹汗部眾又饑又餓無以果腹，甚至出現“殺人以食，自相攻奪”的情況。很多部眾耐不住饑寒迫的侵蝕紛紛倒斃在浩瀚沙漠裏，景象之慘烈令人觸目驚心。另有很多部眾難以承這地獄般折磨紛紛調頭轉歸降後金。崇禎五年（公1632年）四月，丹汗的兩翼大總官塔、虎魯克寨桑投降後金。月，巴達寨桑等五個頭目也率餘戶投降後金。想察哈爾部最為鼎盛時擁眾三十餘萬，實力雄冠全蒙古之首草原各部誰不鹹服。而尚未與敵戰察哈爾部便倉皇逃竄途中還自行解體，是人唏噓不已！
好不易走出可怕的毛烏沙漠，丹汗率幸存部眾輾轉進至青大草灘並於永固城一帶擁眾落帳。稍稍緩過一口氣的丹汗又開始麵臨一個新難題，也就是在輜重畜群盡失的情況下如何能在陌生的新駐地生存下來。也隻有生存下來有資格去談重旗鼓，去談日後東山起。為獲生存必的糧食，早就與明朝撕破臉皮的丹汗繼續率領部眾劫掠明邊。僅崇禎年（公1633年），丹汗就五次攻掠明邊。崇禎年（1634年），丹汗又在三月、四月、五月間連續出兵攻掠。閏八月，丹汗還曾率部和明朝三邊總督洪承疇數次手。
就在丹汗變“窮餓之虜”看似窮途末之時。早已將其厭棄的上蒼仿佛又良心發現度垂青於他，給了丹汗一次寶貴轉機。因丹汗篤紅堅定反對黃，崇禎年（1634年），同樣反對黃的漠喀爾喀綽克圖台吉（卻圖汗），率四萬部眾趕至青大草灘與丹汗會合。對窘困多時的丹汗而言，綽克圖的到來無異於久旱逢甘霖、枯木又逢春。而好消息還不止一個，不久丹汗又與同樣奉紅的藏藏巴汗、康區白利土司頓月多吉建立聯係。因著同宗仰，丹汗、綽克圖台吉、藏巴汗、白利土司月頓多吉四人結成“反黃聯盟”。“反黃聯盟”的建立給此刻陷於困頓的丹汗帶來寶貴的糧食、給養和外援支。這著實讓丹汗欣喜不已似乎命運轉機的就在眼前。可就當丹汗積極籌備重旗鼓東山起時，無情的上蒼卻又一次狠狠戲弄了他。崇禎年（1634年）夏秋，正值盛年的丹汗突然感染天。沒多長時間，政權末代大汗病逝於青大草灘，時年四十三歲。矢中興大的丹汗在眾人無比驚愕中，突兀地走他富有傳奇色彩卻又坎坷不平的一生。
壯未酬的丹汗死後蒙古抗金陣營的最後一麵大旗倒了，丹汗身邊最忠心的部下們也都作鳥獸散紛紛歸降後金，一月之間就歸降兩萬餘人。丹汗遺孀三福晉蘇泰與其子額爾克孔果爾額哲率領察哈爾和鄂爾多斯兩部所剩不多的部眾，從青大草灘恍恍蕩蕩地返鄂爾多斯。崇禎八年（公1635年）二月，皇太極得情況立派多爾袞、嶽托、薩哈廉、豪格領兵一萬，前往鄂爾多斯往尋丹汗之子額哲。四月二十八日，後金軍找到並包圍察哈爾汗廷。眼見大勢已去三福晉蘇泰攜其子額哲出營投降，同時獻上從朝承襲而來的曆代傳國玉璽。至此蒙古察哈爾部正式滅亡，延綿二十年的政權也宣告退出曆史舞台。此後察哈爾蒙古其它分支力量，包括：各領一部的大福晉囊囊(娜木鍾)、斯琴圖福晉、芭德瑪瑙伯奇福晉等陸續歸降後金。隨著察哈爾蒙古滅亡，廣闊無垠的漠蒙古悉數並入後金版圖。