農民軍動作戰的策略之所以能夠發揮很好成效。一個非重要原因，就是明朝方麵同樣存在著分守各境的地方明軍缺乏互相協同弱點。在與農民軍追剿與反追剿的不斷周旋中，兵力分散以戰線過長這兩點因素都使得明軍窮於應付。眼見明軍漸漸落於動而農民軍勢力又日漸壯大，中原腹地是農民軍攪得一團糟，崇禎帝不由得萬分焦急。為變各地明軍“事權不一、相互觀望”屢屢陷入動的局麵，明朝決議平剿民變的方針為“中兵力，全麵圍剿”。既要中兵力就得統一事權，那該由何人執領哪？河等地鄉紳朝中大臣多請推薦，在鎮壓農民軍中戰功顯赫的洪承疇擔此重。然而崇禎帝卻沒有同意群臣薦請，因為擔心洪承疇權力過於中會功高蓋主。此前明軍進剿山農民軍時崇禎帝就不肯重用洪承疇，反倒插心腹太監至各明軍中為監軍，諸如曹文詔這樣的高級武將也要監軍太監牽製。但太監軍事揮能力實在不咋地，從山“剿賊”失利到澠池渡，監軍太監表現太過不堪。崇禎帝經過權衡仍以洪承疇在陝三邊負有重，不能輕易移動為由拒絕了朝臣對洪承疇薦舉。崇禎年(1634)正月，崇禎帝命在鎮壓農民軍中同樣表現突出的繼延綏巡撫陳奇瑜為兵部右侍郎，總督陝、山、河、湖廣、四川省軍務，並調遣重兵於河、湖廣、四川追剿農民軍。在陳奇瑜統一揮下陝晉豫川湖廣省明軍大舉出動，四麵分進合擊度給予農民軍以沉重擊。數大戰中尤以明末將盧升的進剿戰績最為卓著。
崇禎年（公1634年），農民軍馬、過天星、滿天星等部，趁著湖鄖陽明軍兵力虛大舉圍攻鄖陽府，連陷鄖陽縣川東重鎮夔州直逼府城鄖陽，消息傳來天下為之震動。當時農民軍聲勢蔚為浩大，鄖陽撫蔣允儀明將左良玉不能與農民軍相敵。三月，崇禎帝詔命盧升為都察院右僉都禦史，提督軍務兼撫鄖陽。臨危命的盧升急匆匆趕至鄖陽時局麵已十分艱困，鄖陽撫下可調之兵不過一萬千，而聚鄖陽附的農民軍卻多達到四十餘萬眾。麵對險惡境況盧升毫無畏縮積極調遣周邊客兵防進剿，並在鄖陽黃龍灘與農民軍展開凶險惡戰。盧升與省總督陳奇瑜密切配合分道夾擊，把農民軍得丟盔棄甲連連大敗。兩個月艱苦追剿中盧升與將士們同甘苦，於山絕穀蔓草荒煙中日夜追敵，連戰捷斬敵首萬餘，曾聚於鄖陽附的四十多萬農民軍終為盧升得“霧滅煙消”。經此一係列艱難苦戰，盧升以其神勇無比表現贏得後人對他明末“戰神”的讚譽。
在陳奇瑜統一揮下明軍在河、湖等地數度大敗農民軍，連續遭到挫敗的農民軍為避開明軍鋒芒紛紛向陝、四川轉移。陳奇瑜怎肯就此過這群節節敗退的窮寇，他繼續揮明軍尾隨追擊。在各省明軍圍追堵截下，崇禎年(公1634年)月十日，一支農民軍主力進至陝漢中棧道時誤入死地車廂峽，車廂峽地勢險惡“四山巉立中亙四十裏易入難出”。時趕來的明軍迅以壘石塞將這支農民軍死死困於峽穀中。對於困車廂峽的農民軍竟包括哪幾部？後人存在較大爭議。《明史·李自成傳》記載，當陳奇瑜兵至時張獻忠已逃奔雒但李自成陷困於車廂峽。毛奇齡的《後鑒錄》也記載，坐困車廂峽的農民軍應當是“急奉闖王(高迎祥)奔入興平”的李自成。《明史·陳奇瑜傳》《烈皇小識》的觀點認為，李自成、張獻忠兩農民軍首領都困於車箱峽。有學者提出，高迎祥、李自成、張獻忠等農民軍首領都困於車廂峽。無論哪種說法有一點達成識，那就是李自成肯定困裏麵了。
就在月上旬，李自成、張獻忠曾率十萬農民軍奪占平利、旬陽，並與陳奇瑜、盧升所部明軍大戰於平利城東的烏關。此戰農民軍不敵敗十餘首領俘，農民軍失利後轉攻康老城又不克，度為明軍逐走。不過旬日輾轉至車廂峽時，與李自成一同困的農民軍已大幅減員至四萬。從中也可看出此前在與圍追堵截的明軍激戰中，農民軍損失何其慘重！
相比於躲避明軍窮追堵截，坐困於車廂峽達兩月餘的農民軍處境要為險惡。居高臨下的明軍從山頂上或不停投石砸襲，或不斷擲火炬焚燒。困於峽穀內的農民軍又饑又餓不說，還本無處還擊很快人馬便死傷過半。偏偏此時穀內突遭山洪暴發，因著峽水大漲農民軍士兵“馬乏倒斃，弓矢盡脫”，徹徹底底陷入至無可挽的絕境中。情勢已萬分危急眼見覆亡在，可困於峽穀的李自成卻並沒有驚慌失措亂了方寸，反倒以一種超乎人的鎮定和冷靜縝密籌劃著可行的突圍方案。李自成納了部下顧君恩的獻計，利用陳奇瑜患得患失的弱點假裝投降歸順，同時又以重金行賄買陳奇瑜身邊將官對其加以遊說。進士出身的陳奇瑜本性耿直仁善不似洪承疇那般心狠手辣，而此前連勝利也讓陳奇瑜不免有些驕傲輕敵。兩相綜合下陳奇瑜終雄悍詭譎的李自成欺哄，了本已束手待戮的農民軍投降。殊不他一時心慈手軟，就令明朝白白失去除掉李自成這個最可怕敵人的絕好機會，是令人扼腕歎息！