就在孫傳庭整練軍初見成效準備大身手時，農民軍總盟高迎祥領萬眾再轉戰入陝。朝廷嚴令務必剿滅高迎祥，在盧升成功截斷高迎祥歸，消滅高迎祥的任就落在洪承疇和孫傳庭身上。為確保番不出閃失洪承疇、孫傳庭二人作了詳盡分工，洪承疇點對付陝北李自成，孫傳庭則專心迎戰剛入陝南的高迎祥。孫傳庭刻在漢中的高迎祥急於與陝北李自成會和，高迎祥勢必要穿越綿延秦嶺而關中進軍。可高迎祥的人馬既沒有充足糧食補給不於中途休整隊伍，還要在崇山峻嶺間一風餐露宿長途跋涉。孫傳庭精於兵韜略，他準待至高迎祥隊伍走出秦嶺際會疲憊不堪，若於時予一擊高迎祥必敗無疑。可茫茫秦嶺中共有六條古，依是陳倉、褒斜、儻駱、子午、庫穀、武關，高迎祥究竟會走哪一條哪？孫傳庭經過縝密分析，認為高迎祥極有可會從儻駱進軍，於判斷孫傳庭做了應充分準備。實證孫傳庭的判斷準確無誤，崇禎（元1636）七月十日，高迎祥萬人馬出現在儻駱出口黑水峪。高迎祥萬萬沒到，他剛剛進至黑水峪便中了孫傳庭預先精心布設的埋伏。十六日，人饑馬乏的高迎祥突遭孫傳庭軍精銳襲擊，農民軍毫無防備被打個措手不。在以逸待勞的軍猛烈進攻，深陷絕境的農民軍不甘坐斃頑抵抗試圖突圍。據《鑒勞錄》記載，經過激烈戰鬥，處於不境地的萬農民軍終究不敵全線潰敗，史稱“餘眾殲散殆盡”。高迎祥負傷與農民軍將領劉哲、黃龍為軍俘獲，高迎祥押往北京被崇禎帝殘忍淩遲處死。
隨著高迎祥慘遭俘殺，曾經迎風招引領農民軍南征北戰、千裏躍進的一杆大旗，驟折斷。一“闖王”高迎祥身死魂滅給予農民軍以極大震撼。為孫傳庭赫赫聲威迫，兩個要的農民軍首領張文耀（號張妙手）、拓養坤（號蠍子塊）被迫朝投降。而仍有農民軍堅決不肯黑暗腐朽的朝跪地屈膝，為的就是高迎祥麾“闖將”李自成，他繼續率領與軍作戰。在李自成矢誌的感召，高迎祥舊紛紛趕來歸附李自成，李自成隊伍而不斷壯大。歸降朝廷的拓養坤於亦引眾複叛，拓養坤的叛亂快被孫傳庭而拓養坤於函穀關兵敗身亡。不怎樣末農民大義的抗爭仍在延續，為統一領導農民義軍，農民軍眾首領複推名望的“闖將”李自成為一“闖王”。
消滅高迎祥是朝陣營一大勝，時極大鼓舞朝方麵的軍心士氣。大為欣喜的崇禎帝君臣再再厲，乘勝一鼓作氣徹底鏟除漫布地的農民軍。可恰在時，即崇禎（元1636）的月至月間，清軍破塞入寇，八萬清軍於內地橫衝撞如入無人境，間大肆燒殺劫掠無殘破內地。來自清朝方緊迫壓力，迫朝將在鎮壓農民義中現卓著的盧升調往宣大一線整邊抗清。赴任在盧升精心治空虛廢弛的宣府、大防務以振，宣大軍墾屯田還喜獲糧食豐收讓崇禎帝十分高興，諭令邊要以宣大為榜樣。而宣大一線防務是大有色了，可中地區剿匪勢卻愈困頓。
自從被朝廷調往宣大到英勇戰死在巨鹿抗清線，間盧升再無心無精力顧於中地動轉戰的農民軍。潼關以東一飽受盧升打壓，始終抬不頭唯有處逃匿的農民軍乘複，中尤以農民軍首領張獻忠的聲勢熾。彙人馬張獻忠隊伍猛增至二十餘萬眾，於鄂豫皖省間連續轉戰打敗軍。崇禎（元1636），張獻忠攻打河南許州殺將左良玉兄獲資巨萬。亦月，安慶店戰鬥中張獻忠又擊斃將潘可大。著張獻忠翻江倒海般頻頻出擊，朝中腹地更至被攪不安生。
除了大鬧中腹地的張獻忠，陝北李自成樣沒閑著。初，洪承疇、孫傳庭攜俘殺高迎祥餘威繼續進剿陝西剩餘農民軍。麵對殺氣騰騰的軍步步緊逼，陝西農民軍繼續堅持動作戰與進剿軍不斷周旋。崇禎十（元1637）月，以李自成為首的十餘支農民軍從秦州出經徽州、略陽漢中進。史書記載，進軍漢中的農民軍“聲勢甚猛”，隊伍“寬約十餘裏”，“兩日尚未走盡”。朝署漢中的守禦力是單薄，農民軍以為輕易克取漢中，卻不軍驍將曹變蛟時率援兵趕至。月二十六日，措手不的農民軍在漢中城被曹變蛟擊敗。見奪取漢中不成李自成又率農民軍川轉戰，十月，農民軍攻克陝入川的要門戶寧羌，著又連克七盤關、朝關占領廣元縣。攻入川農民軍如入無人境，一月間嘉陵江以西共十八座州縣被攻克。當地朝官吏嚇“望風而逃”，曾經奢崇叛亂的川總兵侯良柱在綿州中伏而亡。至十一月二日，農民軍兵鋒川省城“揚兵成郊”。軍敗報連連飛至，惹崇禎帝龍顏大怒急洪承疇引軍入川助剿。在皇帝詔令洪承疇率領一萬精兵猛將火速入川，而川地援剿軍連忙布設嚴防農民軍川東、川南滲透。眼見軍紛紛雲集自己撲來，為免遭敵圍殲李自成決再殺出川。介於川東、川南有軍兵防守，川西又是不轉戰的蠻荒夷區。於是崇禎十一（元1638）月，李自成將農民軍分兵兩川北方突圍。經過一番激戰農民軍損失大，李自成仍率隊伍成功突破軍層層封鎖又殺回陝西。