鬆錦大捷奠定了清軍入關奪取全國統治權的基礎。入關前後的自己依舊戰功赫赫，升遷頻頻。
入關以後，自己主要的任務是追擊農民軍。順治元年（1644）十月，他隨靖遠大將軍英親王阿濟格取道陝北，進攻已經退守西安的李自成農民軍，率軍由內蒙入陝北，攻陷四城，降三十八城，隨即揮師南下。後來多鐸率軍攻進潼關，直逼xi安。李自成被迫放棄xi安，退往湖廣。阿濟格奉旨率軍剿除“流寇餘孽”，遂分翼出師，水陸並進，於鄧州和承天、德安、漢水等地前後十三戰，重創大順軍。順治二年六月，李自成於北湖九宮山遇害，大順軍瓦解。清軍前後共陷he南、湖廣、jiang西、nan京等地六十三城。
打垮李自成，清軍開始對付大西軍。順治三年正月，隨肅親王豪格等率軍進攻張獻忠大西農民軍。清軍得知張獻忠率軍已退到西充一帶，他再次充當先鋒，率領先頭部隊前往狙擊。兩軍相遇，自己率人又是身先士卒，往前猛衝。大西軍抵擋不住而潰敗，張獻忠也於此役中被殺。清軍擊破大西軍營壘百餘處，斬首數萬級，獲馬騾牲畜萬餘匹。打敗大西軍主力之後，又繼續深入，基本上肅清了si川一帶的農民軍。大西軍餘部在孫可望、李定國率領下退往yun貴地區，繼續抗清。擊破大西軍，他實居首功，
崇德八年八月初九，皇太極逝世，滿洲親貴在帝位繼承上出現矛盾。皇太極長子肅親王豪格與皇太極之弟多爾袞爭立。皇太極生前統領的正黃旗與鑲黃旗擁立豪格，而多爾袞自領的正白旗與鑲白旗則擁立多爾袞。雙方爭持不下，形勢極其嚴峻。
而自己身為鑲黃旗護軍統領手握重兵，成為這場皇位之爭中的核心人物之一。他與兩黃旗的其他大臣索尼、譚泰等八人會集於豪格府邸，“共立盟誓，願死生一處”，密謀擁立肅親王為帝。鑒於當時緊張的局麵，他下令嚴加戒備，密令兵丁守衛門禁，以防不測。
八月十四日，代善於崇政殿召集會議討論繼承人選。自己於當天清晨與兩黃旗大臣盟誓於大清門，堅決擁立之子，並命兩旗精銳護軍全副武裝環衛崇政殿，作好了不惜兵戎相見的準備。當會議之中爭論不休時，他與效忠於皇太極的一批將領紛紛離座，按劍而前，齊聲說道：“我們這些臣子，吃的是先帝的飯，穿的是先帝的衣，先帝對我們的養育之恩有如天高海深。如果不立先帝之子，我們寧可從死先帝於地下！”實際上是以武力威脅多爾袞不得覬覦帝位。在這種形勢下，多爾袞不得不作出讓步，提出擁立皇太極第九子、六歲的福臨繼位，由自己和鄭親王濟爾哈朗一同輔政。這一折衷方案最終為雙方所接受。福臨即位，改明年為順治元年。想到這不覺天已大亮，鼇拜回過神起身歎道“往事都隨風而去了！我以前這麼努力打拚大清的江山，現在絕不會讓它拱手給他人！”說罷便快速離開了書房。