馬氏是個聰明人，他從義父、義母的交談中，聽出了是義父懷疑朱元璋把得來的財物占為己有，馬氏很了解丈夫，她知道自己的丈夫從來不搶百姓的財物，從戰場得來的戰利品都分給手下的將士，自己從來不私藏什麼珠寶。但她也知道現在過的是寄人籬下的生活，應該委曲求全，於是她便瞞著丈夫，經常把自己的金銀首飾送給郭大元帥和張夫人，假說是朱元璋讓她孝敬大帥夫妻的。這樣，朱元璋才得以平安無事。元順帝至正十五年，郭子興病死，朱元璋成了義軍元帥，繼續抗元的大業。朱元璋率軍南征北戰，掃平了其他起義軍，攻下了元都，統一了中國。朱元璋即皇帝位，是為明太祖。同時馬氏被冊立為皇後。
家之賢妻國之良相
攻下元都北京後，朱元璋的部下搜羅來元宮中大批的珍寶玩物，運到應天府，晉獻給明太祖。明太祖想自己從一個不名一文的窮小子開始，十多年時間就成了富擁天下的皇帝，眼下又擁有如此眾多的寶物，自是喜不勝收，忙叫來馬皇後一同玩賞。誰知馬皇後見了，卻不屑一顧地說：“元朝就是因為有了這些而不能保住國家，陛下不是自有寶物，要這些做什麼呢？”明太祖聞言一怔，喃喃道：“朕知皇後說的是以賢士為寶物啊！”
馬皇後見皇夫醒悟，忙拜賀道：“陛下有此寶物可得天下，臣妾恭賀陛下！妾與陛下起於貧賤，今貴為帝後，最怕生出驕縱奢侈，危亡起於細微，願陛下以賢士為寶物！”此後，性情自負而多疑的明太祖，之所以在打下江山後還能任用賢臣，不能不說與馬皇後的勸導有關。
馬皇後不但勸皇夫以賢德治國，自己也以賢德勤治後宮，用自己的一言一行，倡導後宮嬪妃節儉仁慈的風尚。馬皇後喜讀古代史書，也常用古訓來教導別人，她認為宋代多賢後，因此命女史官摘錄她們的言行家法，用來傳示後宮眾嬪妃，有人感慨道：“宋代的皇後也太過於仁厚了！”馬皇後正色道：“過於仁厚，不比刻薄好麼？”眾人無話可說。
明太祖的衣履飲食，馬皇後都親自料理省視，而她自己則布衣淡食，極其儉樸，衣服穿破了也舍不得丟棄，常要補好再穿，雖然位居極貴，但她決不忘記貧賤時和戰爭年代養成的好習慣。對妃嬪宮人的子女，她卻一點也不小器，都派給了豐厚的生活待遇；對宮中下人她也關心備至，常送些衣物食品，以示體恤；每逢文武官員夫人入朝，她都忘不了送些禮品，並與她們寒喧交談，就像對待家人一樣。這樣一來，宮廷內外的人對馬皇後都十分尊敬。明太祖也盛讚她道：“賢後可與當年唐太宗的長孫皇後相比，毫不遜色！”馬皇後回答說：“妾聞夫婦相保易，君臣相保難，陛下不忘同貧賤的妾身，願也勿忘同艱難的群臣。妾隻求無愧於心，哪裏敢與賢德的長孫皇後相比呀！”她不但自己謙和崇賢，而且時時不忘提醒大功告成的皇夫，真不愧為一個精心佐夫治國的好皇後。
馬皇後深知忠臣賢士對朝廷的重要性，因而十分注意以一個女性的細心來關心他們。每日早朝議事，若事情較多就常常要延續至晌午，這時奏事官吏按慣例就在殿廷上用午餐。一天，馬皇後命宦官取來奏事官吏午餐的菜肴品嚐，她覺得味道欠佳，隨即向明太祖建議：“人主奉宜薄，而養賢宜厚，否則怎能籠絡賢德之士！”明太祖深以為然，就下令管理膳食的光祿寺卿改善官員們工作午餐的品質。雖是一樁小事，卻使官員們十分感激馬皇後對他們的重視和關心，當然也就更加盡力於朝廷。
一次，明太祖巡視太學回宮後，馬皇後關切地問：“太學有多少生徒？”太祖說有數千。馬皇後又問道：“人才可謂眾多，可他們有朝廷供給食用，而他們的妻子兒女誰來供養呢？”太學生是朝廷培養的一批有才之士，他們在太學中學習期間，一應生活用度均由朝廷供給，但沒有另外的俸銀，他們的家人由誰供養，這問題過去倒是沒有哪個朝廷顧及過。經由馬皇後一提起，也引起了明太祖的重視，於是詔令特設“紅板倉”，貯積糧食，賜給太學生家屬，太學生從此無後顧之憂，一心治學，成為日後的棟梁之材。
馬皇後不但有賢德，而且有才能，她廣讀經史，學問淵博，太祖所有的劄記，都由她親自執筆記下。每當太祖有所感慨和言論，她都仔細地記錄下來，無論事態如何複雜，均能安排得條理分明，毫無疏漏之處。