懺悔書中最讓人傷心的一段話，是他不僅承認自己有“異端嫌疑”，而且向教廷保證：
……當我聽到有誰受異端迷惑有異端嫌疑時，我保證一定向神聖法庭、宗教裁判員或地點最近的主教報告。
這樣的話無疑是一種最殘酷的人格自戕，因為此間描述的伽利略已經不是一個懺悔者，而是“自願”要成為一個告密的鷹犬。
西方的宗教裁判所一向以殘酷著稱於史，動不動就把一批在宗教觀念上有“異端嫌疑”的人送上火刑柱，但我覺得比火刑柱更惡劣的是普及了一種人格災難。
鼓動人們為了一種看不見、摸不著的所謂觀念上的疑點，毫無顧忌地告密、揭發、反咬、圍攻、賣友。隻要做了這樣的惡事，不僅能自保，而且還能瓜分受害者的遺產；如果不肯這樣做，則遲早災難臨頭。這就以對生命最終威脅的方式培植起了人性深處的惡，使之蔓延膨脹，顛覆全社會的人格係統。到了這時候一切胡作非為都能隨心所欲了，如果看到某些人還有人格殘存，就一湧而來，全力摧殘直到那個尚有人格殘存的人當眾放棄人格。
伽利略當眾放棄人格，除了願意成為告密者的“保證”勢必與具體的生理威脅有關外，懺悔卻是確實的。伽利略為什麼作這個選擇？曆來各國思想界有過多次痛苦的討論。
法國思想家伏爾泰有一個令人費解的說法：伽利略“因為自己有理，而不得不請求寬恕”。
德國戲劇家布萊希特在《伽利略傳》裏把這位科學家的懺悔寫成一個人格悖論，即他在科學上是巨人，在人格上卻並不偉大；但布萊希特認為也有別的多種可能，例如他的一位學生憑借著他所寫的一部著作證明，老師很可能是故意避開人生的直線在走一條曲線，因為沒有先前的懺悔就沒有後來的著作。
不管伽利略是自恃有理，還是故意走曲線，懺悔的後果總的說來是可怕的。就個人而言，多年囚禁，終身監控，女兒先他九年而死，他後來又雙目失明，在徹底的黑暗中熬過了最後五年；就整體而言，誠如英國哲學家羅素所說，這個案件“結束了意大利的科學，科學在意大利曆經幾個世紀未能複蘇”。
事情很大，但我總覺得伽利略的心理崩潰與尼科利尼向他講了“雞群圍啄”的原理有關。
尼科利尼作為一個外交家雖然勘破塵世卻有自己廣闊的流轉空間，他不知道作為一個科學家的伽利略並沒有這種空間，一旦看穿便無法超拔。
既然友情如此虛假，他寧肯麵對敵人，用一紙自辱的懺悔來懲罰背叛的“雞群”和失察的自己。這相當於用汙泥塗臉，求得寂寞與安靜。他這樣做不是為了保存生命來繼續研究科學，而是故意讓自己作為社會人的一部分徹底死亡。後來他又有了新的科學著作，隻是殘存生命的一種慣性動作。
正是這樣的事件，使我在歐洲期間不管到哪兒都放不過宗教裁判所。看得多了，明白文藝複興雖然以理想方式提出了“人”的問題，卻還遠沒有建立一個基本的人格環境，因此科學文化的近代化無從起步，即便出了伽利略這樣的人也無濟於事，這就給後代一批批人文主義大師提出了艱難的課題。他們在人權和法製上所做的數百年努力，都是從宗教裁判所的反麵行徑中起步。
那時候佛羅倫薩已不再耀眼，它隻是守護住了自己那些冤屈的兒子們的遺體遺物，靜靜地等待曆史返還公道。