同日，段祺瑞被迫辭職，直、奉兩係軍閥遂控製了北京政權，仍共推靳雲鵬組閣。
陸軍總長靳雲鵬本來是段祺瑞手下的兩大幹將之一，另一位就是參戰處參謀長徐樹錚。但這兩位是針尖對麥芒，形同水火。徐樹錚是安福係的後台老板，同徐世昌矛盾很大。而靳雲鵬不屬於安福係，同徐樹錚又仇恨甚深。敵人的敵人就是朋友，為此，徐世昌看好靳雲鵬。靳雲鵬和張作霖是兒女親家，以奉係作為強大的靠山。靳雲鵬和曹錕還是拜把兄弟。靳又和直係的王占元、吳佩孚都是山東同鄉。由於具有這些政治資本，靳雲鵬在和徐樹錚的競爭中，自然占了上風。因此，1919年9月24日，北京政府任命陸軍總長靳雲鵬兼代國務總理。10月31日，眾議院通過了靳雲鵬提名的內閣。後來，由於段祺瑞和徐樹錚的反對，又對閣員名單進行了微調，安排了安福係的李思浩為財政總長，這個提名才於12月3日在參議院上通過。
當上國務總理的靳雲鵬，很想有所作為，實現他和平統一中國的夢想。但是，軍閥割據，各自為政，他很快就陷入一籌莫展的境地。段祺瑞和他的安福係一直在設障拆台，企圖倒閣。由於外交問題、學潮問題、財政問題等無法解決，同時，直皖戰爭就要爆發，1920年5月9日靳雲鵬決定辭職，並致電曹錕、張作霖不要挽留他。5月14日北京政府隻得派海軍總長暫代內閣總理。7月14日到19日，直皖戰爭打了6就結束了。
戰後，第一要務是組閣問題。徐世昌想用自己的老朋友周樹模組閣，曹錕看中了直係元老王士珍，張作霖念念不忘的仍然是他的兒女親家靳雲鵬。靳雲鵬認為時機已到，該他出山了，便於7月23日親到奉天，同張作霖商討善後問題，取得張作霖的支持。26日，張作霖和靳雲鵬同到天津，並電邀曹錕來津開會。曹錕馬不停蹄地於28日從保定到達天津。此時，各地軍閥的代表也到會了。在這個會議上，就決定了讓靳雲鵬複職組閣。
7月28日，總統徐世昌準督辦邊防事務兼管理將軍府事務段祺瑞免職，撤銷督辦邊防事務處，撤消西北邊防軍名義。孫中山、唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯二次宣言，始終貫徹護法救國主張，北方應先廢止中日軍事協議及二十一條，南北雙方預計於上海的和議方可繼續。曹錕、張作霖、靳雲鵬等在天津會議，決定解散安福係國會，請靳雲鵬組閣，取消上海和會。
7月29日，徐世昌通緝徐樹錚、曾毓雋、段芝貴、丁士源（京漢鐵路局長）、朱深、王郅隆（安福俱樂部財務股長）、梁鴻誌（參議院秘書長）、姚震、李思浩、姚國楨（交通次長），諸人均已避匿日本使館。