相較於左右兩路官軍的進展，唯有丁啟睿走中路長江逆流而上這支人馬，卻在出九江之後，進展很不順利，刑天軍水軍都統楊昆山此時已經親自趕到了鄂州坐鎮，兩個戰船營也加強了力量，分別陳駐於黃州和鄂州長江兩岸，死死的扼守住了長江，在丁啟睿揮師開始逆江而上的時候，大批官府戰船剛出九江府，便開始在長江上遭遇到了刑天軍水營的阻擊。
刑天軍水營雖然戰船不如官軍水師多，也沒有官軍水師的船隻堅固，但是貴在這些水營兵將們都很驍勇，兩軍在長江上一交手，官軍便開始連吃敗仗，半個月時間便損失戰船數十條，兵將數千人之多，而刑天軍這邊雖然也損失了不少船隻兵力，但是卻遠比官軍那邊的要少許多，使得官軍水軍始終無法突破鄂州和黃州一帶的江麵直抵武昌府。
丁啟睿其實也預料到了這種情況，在三月下旬的時候，親自調派了數百條戰船逆流而上，試圖一舉蕩平長江上麵的刑天軍水寇，於是楊昆山便立即親率兩個戰船營迎戰，雙方於是便在蘄州一帶的江麵上展開了一場廝殺。
這一仗兩軍便打了一整天的時間，雙方可以說都使出了渾身解數，撞船、開炮、發火箭……等等戰法都拿了出來，江麵上更是火光衝天，喊殺聲和慘叫聲一天都沒有停止過，最終官軍在付出了慘重代價之後，卻還是沒有能滅掉刑天軍的水營，一些兵將駕船便開始掉頭逃竄，引發了官軍水軍的崩潰，大批官軍戰船紛紛掉頭順流逃走，結果這一戰刑天軍獲得了大勝。
說是一場大勝，其實也隻能說是一場慘勝，這一戰下來，楊昆山身先士卒，坐船更是高掛帥旗居中指揮，使得他的坐船成了官軍圍攻的目標，大戰之中，他的坐船負炮不知幾何，船上兵卒更是幾乎人人帶傷，楊昆山一天下來負傷多次，但是還是死戰不退，下午的時候楊昆山自知傷重難以支持，於是便將指揮權下令轉交給了長江水營副都統劉江代他指揮，而他自己則在不久之後，坐船被官軍一條戰船用炮集中，之後又中了大批火箭和火油罐的打擊，燒成了一團火球，楊昆山於船上的部下全體戰亡，無一生還，而楊昆山也成為了刑天軍自成軍之後，損失的級別最高的將領。
也幸好是楊昆山死之前移交了指揮權，劉江及時的在他的坐船上升起了帥旗，繼續指揮船隊和官軍死戰，否則的話這一場仗下來，恐怕是刑天軍水營就要以失敗告終了。
官軍也正是看到刑天軍始終都沒有失去指揮，而且似乎是越戰越勇，一條條刑天軍的戰船著火之後，船上的水卒們非但不棄船跳水逃生，反倒是奮勇駕船衝向官軍船隊，用鐵鉤鉤掛住官軍船隻，與之同焚，如此之下，官軍在兵力船隻占優的情況下，卻始終沒有能掌握住江麵上的主動權，最終敗逃回了九江府。
不過官軍水師敗退之後，劉江這邊也已經沒力氣再揮兵掩殺了，他們兩個戰船營一天激戰下來，船隻受損超過了六成，兵將更是傷亡過半，刑天軍的在陸地上的優勢，在江麵上卻無法發揮出來，之所以能打勝這一仗，可以說全是憑借水軍的兵將們拿命換來的，除了楊昆山這個水營都統陣亡之外，兩個水營還有一正一副兩位營將陣亡，損失可謂是極大，故此在官軍水師敗退之後，刑天軍這邊也早已無力再戰了，劉江隻能下令收兵，撤回鄂州趕修船隻，以備再戰。
而這個時候丁啟睿氣的是暴跳如雷，請出了尚方寶劍，將幾個臨陣脫逃的水師軍將給斬了，要繼續發兵攻打鄂州，可是在這個時候，從北麵傳來了肖刑天在陽穀縣大敗官軍的消息，並且生擒督師孫傳庭、陣斬遼東總兵吳三桂。
丁啟睿聞之頓時便大驚失色，在九江府的大營之中頓足大哭了起來，他沒有想到北麵官軍敗的會這麼快，在他看來，孫傳庭也算是能臣了，現如今朝廷調入關內數萬精兵，這麼多人馬怎麼也夠孫傳庭對付刑天賊了，不敢說孫傳庭一定可以在北方擊敗刑天賊，起碼以他的兵力拖住刑天賊是沒有問題的，這樣一來便可以給他爭取相當的時間來克複武昌府了！
可是沒成想這才多長時間呀！孫傳庭便落得了一個兵敗被俘的下場，麾下數萬大軍瞬間便灰飛湮滅，接下來肖刑天要怎麼做，丁啟睿便猜不出了。
從丁啟睿的角度出發，現如今孫傳庭和大批遼東的官軍已經被刑天軍所滅，那麼接下來如果刑天軍想要覆滅大明的話，北方官軍數量已經不足以扛住刑天軍大軍的進攻，肖刑天完全可以集結重兵北上，直接打京師，隻要京師一克，那麼大明也就基本上可以說完結了。