至於商業，曆史上商人在中國地位都不高，即便是他們有錢也不行，商業的發展更是受到了各種製約，大明的經濟發展甚至還趕不上兩宋時期，所以肖天健認為，很有必要將商人的地位提升起來，重視對於工商業的開發，畢竟工農業的發展都離不開商業，今後許多人其實可以脫離土地的約束，進入到工商業之中，今後為國家提供有力的稅務財政，盡量減輕對農民的負擔。
對於這一點上，諸臣反應很大，覺得肖天健這麼做，太過給那些商賈們長臉了，按照三六九等劃分，都是士農工商，商人的社會地位最為低下，特別是在大明，商人更是有錢但是卻沒有地位，現在專門成立商業署，是不是太抬舉他們了？
而且諸臣也看到肖天健的老丈人是個大商賈出身，還以為肖天健這是為了討好他老丈人才這麼抬舉商賈呢，於是頓時紛紛提出意見，表示不支持這件事。
肖天健冷下臉對諸臣說道：“爾等難道以為我肖某單單隻是為了我嶽父才這麼做嗎？要知道一個國家的富裕與否，關鍵並不是看你產出多少糧食，最終還是要看商業的流通，你們所用之物，低頭看看，哪個不是經過商人之手？沒有他們的話，家家戶戶以後難不成還回去自耕自織？
我要設置商業署，並非就是要抬舉商賈，而是要鼓勵經商，今後從商業和工業之中收取稅金，來減輕農民的負擔，有朝一日的話，如果工商業發達到足夠支撐國家財政的話，那麼我就取消天下農民百姓的稅賦，讓天下的農民都過上好日子！
以後咱們中國的商品，要賣到天下各地區，包括海外的那些蠻夷們，都要用上咱們中國所產之物，讓咱們漢人來賺取天下的錢，到時候可收的稅賦之高，恐怕不是你們可以想象得到的！沒有商賈來做這件事，難不成還學大明，將所有沉重的稅賦徭役都壓在普普通通的農民百姓身上嗎？那樣的話遲早我們國家，還會出現這樣的大亂！什麼時候才能立於世界民族之巔？
你們不理解我這麼做，我可以不怪你們，但是你們要知道，這件事是利國利民之事，當然，經商者不許從政，從政者不許經商，這一條要給我記住，省的官商勾結壟斷市場，橫行於世！這一點今後不會變，省的跟現在的官員一樣，暗中經商，撈的各個盆滿缽滿，卻一毛不拔不給國家繳納稅賦，隻要監察院發現有當官的暗中經商，那就給我滾蛋，去經商好了，總之當官的不許經商，經商的不許當官，以後即便是我的兒女們，也照樣按這條規矩來！這件事就這麼定，鼓勵經商，但是要管起來他們比放任他們更好！”
諸臣一聽，得！這件事隻能這麼辦了，想想也是，把商業管起來，總比放任他們隨便胡搞要強，國家還可以收取大批的稅金，這又何樂而不為呢？
至於兵部方麵，肖天健的意見很明確，武不幹政，文不主兵，兵部就是負責天下兵馬的管理調動，主要負責的是對外的戰爭，不許幹涉政務，當然文官係統也不能幹涉軍隊，軍人就是軍人，單純一點更好，他們服從的是國家最高的控製者，也就是肖天健，最起碼現在是這樣的！
當然為了防止軍將坐大，尾大不掉，肖天健其實早就在安排這種事，刑天軍諸軍隻能從後勤部領取糧秣，戰事情況特殊才能依靠繳獲之類的來滿足需要，平時是不許在駐地征糧征餉，後勤部的糧餉又要從戶部支取，軍官的選調也不是軍將可以做主的，一般人想要在刑天軍係統之中，培養出一支效忠於他們私人的軍隊，那是基本上不太可能的事情，所以兵部交給軍人去負責管理，也不怕出什麼亂子，這一點最終也得到了諸臣的支持，這些部門不給眼下軍將們留一個也說不過去。
禮部方麵肖天健認為可以盡可能的壓縮，今後主要負責外事方麵的事情，說白了就是以後的外交部，一方麵負責和外國交往，一方麵要負責起來對外的情報搜集，至於皇室的排場問題，就可以能省則省。
肖天健的意思很明白，就是現在雖然要立國，但是國家經過這些年的動亂和天災**之後，已經是千瘡百孔了，排場的事情能免則免，今後省下錢盡可能的用於民事方麵的事情，多給老百姓辦點實事。
於是禮部便成了六部之中最小的一個部，同時也屬於最不重要的一個部，諸臣最終也都答應了下來。