皇帝拉著太子的手，說：“此兒很孝順，朕十分喜歡，如果有別的意思，為何不早立別人呢？外臣心懷何意？動輒用流言離間朕父子二人。”
他還把太子生養的三個孩子叫到跟前，讓各位大臣看，說：“朕的孫子都這麼大了，還有什麼可說的。”並要太子將心裏的話，當著文武百官的麵說出來，不要隱瞞。
萬曆皇帝既然把話都說到這個份兒上了，太子朱常洛就算再心懷不滿，也隻能無奈地做出表態：將案犯馬上處決，不能再拖。同時他也配合著萬曆皇帝，父子二人在群臣麵前演起了雙簧，他說：“毋聽流言為不忠之臣，使本宮為不孝之子。”
等著看好戲的大臣們隻好暫時散去。本來是你死我活的政治鬥爭，結果成了皇帝的家務事，不讓別人插手了。最後的處理結果是，闖宮的張差被淩遲處死，太監龐保、劉成在宮內用私刑處死。至此，一件意圖謀害皇儲的案件，就這樣成了一個葫蘆案。死的隻是三個無足輕重的小人物，沒有更多的牽連。每個人都揣著明白裝糊塗，一場大風波就這樣消弭於無形。對於張差梃擊案，曆來就有兩種不同的猜測，除了鄭貴妃意圖加害太子外，還有太子使“苦肉計”陷害鄭貴妃和福王的說法。
萬曆皇帝利用皇權將這次危機強行化解。可令他做夢也想不到的是，在他死後，這個案子會被再次翻出來，引發帝國政局的大動蕩。
萬曆四十八年（1620年）七月，太子朱常洛終於在苦熬了三十九年後，登上了皇帝寶座。八月初一，朱常洛即皇帝位，宣布以明年為泰昌元年。（由於明光宗當年即逝世，後改萬曆四十八年八月以後為泰昌元年，下一年則為天啟元年。）
朱常洛由謹小慎微的東宮太子好不容易熬成了一國之君，最高興的莫過於他身邊的那些親信、侍從和擁戴者。朱常洛的擁戴者有很多都是東林黨人，這些人在“國本之爭”中力挺太子朱常洛，今天終於得到了豐厚的回報。在朱常洛即位的短暫時間裏，有大批的東林黨人得到起用和提拔，從內閣中樞、部院寺司直到六科十三道，帝國的權力係統儼然成了東林書院的別院，到處都是東林黨人士。
明光宗夾著尾巴憋屈了幾十年，一朝貴為天子，及時行樂就成了他的王道。可命運無常，他的新生活剛剛拉開帷幕，就戛然而止。兩個多月的時間裏，帝國的兩位皇帝先後“龍馭上賓”，去了另外一個世界。對於一個帝國而言，這無異於兩次政治巨變。各方利益集團在這兩場政治巨變中，都在積極主動地做出調整，以尋找新的權力路徑。
作為朱常洛的鐵杆粉絲，東林黨人正準備借著新皇帝的權力庇護，為自己謀取更大的利益空間。朱常洛的突然死亡，讓他們陷入了一種忙亂無措的狀態。他們在慌亂之餘，也在思考如何保住甚至發展已經到手的權力。
既然明光宗已經死了，他們隻有重新尋找新的政治靠山。對於帝國的新主人而言，投靠者的存在就是為了謀取一份雙贏的局麵。在這政局不穩的時期，誰能夠主動站出來，誰就可能占據有利位置。
在朱常洛死後沒幾天，東林黨人幹了兩件事：一是督促盡快查明朱常洛的死因，這麼做是為了坐實與這個案子有牽連的“非東林黨”人士的罪名；二是掌控即將繼承皇位的朱由校，將其監護人李選侍打發得遠遠的。這就是繼“梃擊案”後的另外兩案：“紅丸案”和“移宮案”。
明光宗走得過於突然，八月十日患病，十二日還強撐著病體組織召開了一次禦門聽政。
在明光宗病倒之時，太監召來了禦醫崔文升為皇帝診斷。崔太醫診斷為腎虛火旺，需要瀉火，便給朱常洛開了一服藥性很烈的瀉藥。皇帝在服藥之後，一夜之間腹泄了數十次，幾近衰竭。
史料記載，明光宗在病倒之前，曾經接受了鄭貴妃向自己進獻的美女。按《明史》的說法，鄭貴妃送來八名美女。《明史紀事本末》則減半，成了四名。但無論是八名還是四名，喜好美色的朱常洛都無比高興。
作為“國本之爭”的對手，鄭貴妃擔心朱常洛登基後會報複自己。除了進獻美女向明光宗示好，她還聯合朱常洛所寵幸的妃嬪李選侍，請求朱常洛立李選侍為皇後。作為交換條件，由李選侍出麵請朱常洛封鄭貴妃為皇太後。
鄭貴妃這麼做的效果還是很明顯的。美女被朱常洛摟在懷裏，夜夜春夢了無痕。就連立自己為皇太後這樣的事，明光宗也同意了。甚至在自己病重期間，明光宗還專門就此事詔諭禮部準備大封。這樣一來，時人不免猜測，明光宗是因為縱欲傷身，才一病不起。
官員們見皇帝突然病重，都認為是崔文升庸醫誤人，或另有其他陰謀。
大臣中的東林黨人楊漣、左光鬥等人上了一道奏折，主張嚴懲太醫崔文升。這個崔文升原先是鄭貴妃宮中的親信太監，後被提升為司禮監秉筆太監，兼禦藥房太監。
東林黨人主張將崔文升拘押審訊，定要查個水落石出。他們要求明光宗能夠收回進封皇太後的成命，讓鄭貴妃先離開乾清宮，搬回慈寧宮居住。此時，明光宗的身體略微好轉，還與兩位大臣見了麵，並且交代了一些朝中的事情。
就在光宗病急亂投醫之時，鴻臚寺丞李可灼自稱有仙丹能夠藥到病除。明光宗有意嚐試。
八月二十九日，明光宗召見內閣大臣，特地問道：“有鴻臚寺官進藥何在？”