首輔方從哲回話：“鴻臚寺丞李可灼自稱有仙丹妙藥，臣等未敢輕信。”鴻臚寺丞隻是六品的小官，大致相當於現在的處級幹部。如果不是因為病急，皇帝又怎會關注到位卑職微的李可灼。
光宗命身邊太監速召李可灼進宮獻藥，可見皇帝治病心切。李可灼診視完畢，光宗命其快快進藥。諸臣再三囑咐李可灼要慎重用藥，可皇帝卻不斷催促趕快進藥。到日午，李可灼進獻了一粒紅丸。泰昌皇帝先飲湯，氣直喘。待藥入，即不喘。於是稱讚李可灼為“忠臣”。大臣們心懷不安，都聚集在宮門外等候。一位太監高興地出來傳話：皇上服了紅丸後，“暖潤舒暢，思進飲膳”。第二天，明光宗又服下一顆紅丸。次日（九月初一）卯刻，皇帝駕崩。
即位剛滿一個月的明光宗突然駕崩，一時之間，朝野上下輿論嘩然。
東林黨人堅持認為，明光宗死得過於蹊蹺，有人蓄意謀殺。他們的理由是鴻臚寺丞李可灼既然不是醫官，那麼讓他為皇帝進藥就有弑君的嫌疑。服用“紅丸”是導致皇帝崩逝的直接原因，那顆原本用來救命的紅丸就是致人死命的毒藥。李可灼進獻紅丸，也就成了逆臣投毒弑君。
在東林黨人看來，光宗是死於一場政治陰謀，而這場陰謀的最大嫌疑人就是鄭貴妃以及首輔方從哲。順著這個思路一路追究，將會引發帝國權力高層的又一次大動蕩。
李可灼進宮為皇帝獻藥，是首輔方從哲帶進宮的。雖然是皇帝自己要求的，方從哲不過是奉命行事而已。但是對於政治鬥爭而言，一次子虛烏有的事件就可以讓人死無葬身之地，更何況這還是無可置疑的事實。
需要在這裏指出的是，當年的“梃擊案”時，首輔方從哲就表現出庇護鄭貴妃之意。如今他又牽連到“紅丸案”中，難免使人猜疑。這種猜疑不無道理。明光宗是因為吃了崔文升的藥，導致病情加重；之後又服下李可灼的紅丸，命歸西天。崔文升是鄭貴妃的老部下，李可灼又是鄭貴妃的同黨（首輔方從哲）帶進宮的。
非東林黨人士則認為，光宗之死與紅丸無關，東林黨人的推理隻是一種主觀臆斷。其實細究之下不難發現，明光宗在服下紅丸之前已經是病入膏肓，服用紅丸隻是催發了病情的惡性發展。
所謂紅丸，其實就是“紅鉛金丹”，又稱“三元丹”。其煉製所用的配方十分變態，取處女初潮之經血，謂之“先天紅鉛”，加上夜半的第一滴露水及烏梅等藥物，攪拌在一起煮，熬成藥漿，再加上秋石（人尿）、人乳、辰砂（湖南辰州出產的朱砂）、鬆脂等藥物炮製而成。
禦史王安舜認為：“先帝之脈雄壯浮大，此三焦火動，麵唇紫赤，滿麵升火，食粥煩躁。此滿腹火結，宜清不宜助明矣。紅鉛乃婦人經水，陰中之陽，純火之精也，而以投於虛火燥熱之疹，幾何不速亡逝乎！”
王禦史的說法還是有一定科學依據的。李可灼進獻紅丸促成了光帝之死，並不說明這就是一起有組織、有預謀的弑君事件。李可灼進獻的“紅丸”與先前崔文升進獻的大黃藥性相反。身體本就極度虛弱的朱常洛，在連遭藥效相反且藥性猛烈的兩味藥物折騰之後，豈能不暴斃而亡。
東林黨人揪住這個問題大做文章，出於兩方麵考慮：一是要全力以赴將首輔方從哲牽扯到這個案子裏，借機將他踢出帝國權力核心，由東林黨大臣取而代之；二是暗示這個案子的幕後主使是鄭貴妃，這樣就可以向世人強調數十年來的“國本之爭”是合乎天意民心的事，以此標榜東林黨人的政治業績。
其實這個案子是經不住推敲的。之所以這樣說，是因為這時候的鄭貴妃缺乏殺人的動機。宮廷鬥爭是殘酷的，步步驚心，一步出錯就會將自己陷入萬劫不複的深淵。任何一個決定，都會產生要命的連鎖反應。人都有趨利避害的一麵，任何一個參與博弈的人，都不願做賠本的買賣。
光宗已經即位，就算死了也會將皇位傳給自己的兒子。而鄭貴妃想將自己的兒子福王朱常洵推向帝位，幾乎是不可能的。而此時光宗和鄭貴妃的關係已經有了極大的改善，鄭貴妃也有了成為皇太後的想法。
東林黨人執意要將鄭貴妃拉下水，其目的昭然若揭。無非是向帝國的新主人天啟皇帝邀功，為長達二十年的“國本之爭”找到一個合理的解釋。他們就是要向帝國的臣民們揭示一個所謂的真相：鄭貴妃一黨是邪黨，一直以來以褫奪光宗的皇儲地位，以加害光宗的性命為奮鬥目標。新皇能夠順利登基，全是東林黨人奮鬥的結果。
就在“紅丸案”糾纏不清、泰昌皇帝死因未明之時，東林黨人又一手炮製了連環三案中的“移宮案”。
乾清宮是內廷的正宮，是皇帝和皇後居住的地方。明光宗朱常洛在生命的最後時日裏，就住在乾清宮，由李選侍陪侍在側。李選侍是光宗最為寵幸的妃子，很受光宗的寵愛和信任。明熹宗朱由校（天啟皇帝）和明思宗朱由檢（崇禎皇帝）生母早逝，他們都曾由李選侍撫育。一次，光宗當著群臣的說：“選侍數產不育，可惜隻有一個女兒。皇五子也沒有母親，也是選侍撫育。”
光宗言下之意，就是要讓朝臣們知道李選侍的地位等同於皇後。
光宗駕崩當天，朝臣都趕至乾清宮，要求見皇太子。李選侍不讓他們進宮，還命親信太監將群臣擋在門前。東林黨人給事中楊漣、大學士劉一燝和光宗皇帝的親信太監王安就裏外聯合，連嚇帶騙，將朱由校強行弄了出來。
第二天，東林黨主將之一的左都禦史左光鬥等人上書，要求李選侍馬上搬出乾清宮。李選侍當然不會同意，她派太監去向天啟皇帝朱由校求援，希望朱由校能夠壓製群臣，為自己爭取利益。結果派出去的太監被大臣擋在門外，沒有見著天啟皇帝。