最後由省議會選舉出國會議員，代表各省赴京參加五年一度的國會。當然皇帝欽點的國會議員可直接進入國會，不必經過層層選舉。
此外在理論上，各級地方議會僅對同級或同級以下的地方政府擁有“質詢權”、“立法權”及“財政權”。但依照《弘武憲誥》中有關議會的條款規定：如若一省或一府中三分之二以上的府（縣）議會，對其上級議會表示不滿，可聯名上書中央要求解散上級議會重新選舉。同樣的三分之二以上的府（縣）議會也可通過聯名上書，跳過上級議會直接彈劾質詢上一級地方行政司法官員。但省議會要彈劾國會或內閣，則需要四分之三以上的省議會聯名上書，且需得到皇帝的首肯。
除了對地方製度進行了重新整改外，中華朝的中央行政、司法機構亦發生了一番不小的改動。隨著海禁的開放、商業的發展、以及政府對庶政的日益重視，明朝中央行政結構過於簡陋無法適應社會發展的問題也跟著日漸顯露。當然這其實並不是什麼新鮮問題。由於當初朱元璋在設計行政製度時，就帶著不少烏托邦色彩。這位農民皇帝將他的國家當作了一個大村莊。商業、工業等等因素都被排斥在了國家的控製之外。然而，事實卻是整個世界都在發展，無論皇帝願意與否社會的分工都在變得越來越細化。國家這艘龐大的帆船，已經不可能再象二百多年前那樣，在皇帝一人的督導下按照釐定分工合作的程序周而復始地運轉了。它需要船上的每一個人都發揮其作用來應付可能發生的諸多暴風雨。
於是在經歷了隆武朝六年的摸索後，中華朝的新內閣由原來的六部，擴充為十二部，分設：內務部、財政部、文教部、外務部、樞秘部、警務部、工商部、農林部、工務部、軍務部、陸軍部、海軍部。並依照《弘武憲誥》中的規定，由皇帝從這十二個尚書中指派內閣首相。借於孫露曾以兵部尚書的身份出任內閣首相，為了不給新朝遺留下隱患，防止日後軍人弄權。黃宗羲等人便在修定《弘武憲誥》時特意註明軍務、陸海三部尚書不得出任內閣首相。雖然此舉明顯限製了軍方在內閣中的作用。但比起前朝來軍人在政治上的地位還是得到了極大的提高。
而新內閣中刑部的廢除也標誌著中華朝行政機構與司法機構的徹底分離。一直以來由刑部、督察院、大理寺構成的三法司是封建製度下典型的政法合一體係。這使得中國的司法製度始終難以得到獨立。雖然孫露在隆武朝時便已將督察院與大理寺合併為司法院，但內閣依舊能通過刑部來控製整個司法係統。因此，為了讓司法院能更好的製橫內閣，此次的新內閣中廢除了沿用百年的刑部。隻保留其部分安全防暴職能，改由警務部替代。
相比地方政府和內閣的改組，中華朝的司法機構這次變更的幅度就明顯小得多。這一來是因為中華朝的司法體係剛剛開始獨立，還未能完全成型。二來則是因為明朝的司法機構本來就比其他行政機構要臃腫得多。因此新朝依舊遵循隆武朝精簡機構的原則，將最高司法機構定為“司法院”。司法院下設“大理寺”和“督察司”，並由此二司延承之前刑部的部分職能。其中大理寺作為中華朝的最高上訴機關，下設刑科、民科、吏科，分別處理刑事案件、民事案件、以及行政案件。
中華朝這一係列的製度重整，不僅是為了整頓明朝的種種弊政治，更是為了擺脫之前六年軍政內閣對國家的不良影響。特別是戰爭結束後軍隊的改製更是擺在孫露和內閣麵前的嚴峻任務。當然軍隊乃是國家的根本。一味的放縱，或是一味的打壓，都是危險的舉動。隻有在循序漸進中將軍隊由亂世的“戰鬥狀態”轉化為和平時代的“備戰狀態”，才不會使國家喪失安全和戰鬥力。而這一轉變最先就是從劃分軍區開始的。此次軍務部在先前劃分的二十五個行政區的基礎上，分別設立了甘陝路、遼薊路、直隸路、閩粵路、滇貴路等五路軍區。其中除直隸路擔當戰略預備軍區外，其他各路軍區都有明確的職責和作戰對象。每一路軍區各設一名督統，一名總監負責統領該路軍區的軍務。