武士階層就在這舉國哀號、動蕩不安的年代裏悄悄形成，他們本是莊園主為了對付“不安分”的農民培養起來的私人武裝。武士以戰為生，戰爭是他們表現自我的最好舞台，朝廷因戰而疲弊，百姓因戰而困苦，莊園也在戰火中毀滅，隻有武士在戰爭中強大。10世紀，武士中的佼佼者已開始在朝廷中大顯身手；12世紀，整個日本已沒有哪支力量能和武士抗衡，軍人專政的幕府應運而生；13世紀，鐮倉幕府甚至控製住了中央朝廷。雖然在以後的百年間，幕府的統治幾經沉浮，但其力量卻一直不可小覷，而在戰爭此起彼伏的日本，武士階層更不容輕視。
15世紀後半期，日本進入戰國時代，亂世出英雄，織田信長、豐臣秀吉、德川家康這些武士身份的傳奇人物在執掌政權時都將自己的成功歸結於“天道”，他們認為自己之所以可以在充斥著血腥和謀略的疆場上生存下來，成為舉世矚目的人中豪傑，就是因“天道”在庇佑，天道深不可測，那些潰敗失權之人隻是為天道放棄之人。
天道說在這些亂世英雄的宣揚下很快深入武士們的內心，而既然這些人傑是天道的承擔者，人們也就沒有理由和高深的“天”作對，擁護他們的統治，為他們效忠才是順應天道的明智之舉。而對那些戰爭中的失敗者來說，他們也大可以用天道安慰自己，正如中國曆史上的楚霸王項羽，在烏江發出響徹天地的痛苦呐喊：“此天亡我，非戰之罪。”在那個今朝不知明朝生死的年代，每個人都無可奈何地被卷入征戰殺伐之中，活著是僥幸，死亡是命運，在遍地死亡的殘酷現實麵前，無論高尚低劣，無論勇敢膽怯，無論聰慧愚蠢，人人都無法預知自己的命運。人力是渺小的，在生死間的全力掙紮敵不過無形無際的命運之神任何一次小小的戲弄。勝者不知自己因何而勝，敗者也不知自己因何而敗，所謂“天道”，原是迷茫之情的彙聚，是對人之哀傷的歎息。
武士們用“天道”麻醉自己，以便忘卻對死亡的恐懼，“生死有命，富貴在天”，該死的時候不死便是恥辱，死期未到即便身處險境也必能逃生。朝廷和將軍早已沒有了往日的風光，或苟延殘喘，或疲於奔命，但政治的傳統卻被完好地保留下來，仿佛矗立在湍急流水中的磐石，冷冷地看著人間變幻。
擁有大量登記過的土地的領主被稱作大名，每一個得勢的大名都迫不及待地要為爭戰而來的領土正名，為此他們都不約而同地將目光投向中央。守護職是大名們最希望得到的官位，一朝為守護，便可名正言順地掌管領地上的軍事、交通等重要事務。在古代中國，一些強大的封國會以“挾天子以 令諸侯”的方式邁出雄霸天下的第一步，日本戰國時代那些野心勃勃的大名，也會以類似的方式——在中央擔任要職——鞏固自己的權威。
織田信長遭遇部下明智光秀的叛變，在本能寺的熊熊烈火中自殺時，已經是右大臣了。右大臣即太政官的長官，有著和左大臣相同的權利，在左大臣不能料理政務時，右大臣便可取而代之。豐臣秀吉和德川家康都曾擔任過這一職位，而曾為織田信長部下的豐臣秀吉“青出於藍而勝於藍”，在織田信長死後，不僅迅速地平定了明智光秀的叛亂，還完成了信長未竟的事業：一統天下。
1586年，豐臣秀吉被天皇任命為太政大臣。在日本，太政大臣是國家的最高官員，位高權重，以致若暫時沒有適當的人能擔任此職，寧可空缺。戰國時代的另一位豪傑德川家康也在不久之後被任命為“征夷大將軍”。
1598年，德川家康借秀吉病故之機，開始了對豐臣家的進攻，並於1615年徹底結束了豐臣家的生命。此後不久，《禁中並公家諸法度》出台，依靠著這部法度，幕府再次成為國家的實權派，就連朝廷都不得不屈服於它的帷帳，天皇除了在任免官員，製定曆法，更改年號上能施展權利外，完全沒了用武之地。而大權在握的幕府卻耀武揚威，可以堂而皇之地繞過朝廷實施政事。
朝廷對幕府來說早已沒有了威脅，但聰明的幕府卻深諳“物盡其用”之道，朝廷成了他們手中相當重要的一枚棋子。比如從表麵上看，將軍由天皇冊封，幕府管理國家事務的權利也來自天皇的委托，這樣一來，凡不滿將軍、幕府的，不聽命於將軍、幕府的統統都是“朝敵”，將軍便可興正義之師對其進行征討。
德川家族也有著“大名”的曆史，深知大名強盛後對中央統治的威脅，於是1634年，將軍德川家光帶著數十萬大軍耀武揚威地進入京城，用《領知宛行狀》將全國所有年祿在5萬石以上的大名都牢牢控製起來。到了1663年，在德川家第四代將軍德川家綱的作用下，《領知宛行狀》又向全國所有大名頒發。這樣一來，國家中的大名便悉數掌握在幕府手中，控製了天下領主就等於控製住整個國家，幕府的權威性遠遠蓋過了朝廷。幕府是國家中不容置疑的絕對強者，朝廷的神聖權威又成了幕府的外衣，國家中的重要官職都由德川家的人出任，比如皇族的教育機構——淳和院、獎和院就由將軍家的人擔當，大納言這類相當於國家副首相的要職，則由德川家康的兒子德川義直及德川宣賴的家族中選拔。還有一些要職則由和德川家關係密切的家族擔任。