當時已沒有哪個家族、集團在力量上能和德川家抗衡，但這種狀況仍不能讓於亂世中崛起的、好不容易才統領天下的德川家安心，統治固若金湯，不代表沒有強者會橫空出世。以武製人，不如以思想教化人。早在德川時代之前便已經在日本陸續傳播的朱子學說，即朱熹儒學，便在這時進入了德川幕府的眼簾。
朱子學認為，“理”統攝著自然人世，世間萬物都因“理”而生，因“理”而存在。人類社會由君臣、父子、夫婦、兄弟、朋友這五種關係構成，而孝敬父母、友愛兄弟、夫婦尊禮、仗義為友、臣忠於君這“五常”則是“理”的要求。
朱子學的思想很快和在日本有著一定曆史的“天道”結合一體，天皇是君，為天道庇佑的將軍既是臣，也是天皇的代表，因此“將軍奪了天皇的權”就變成了“將軍受天皇之托弄權”。同時，順應天道就是要遵循“五常”，以下犯上，挑戰幕府和將軍權威便是對天皇、天道的淩辱。
朱子學的種種主張暗合了德川幕府的心意，他們以為隻要發揮好朱子學的力量，必能大大鞏固自己的統治。但幕府沒有想到，朱子學和天道說的合一是一把雙刃劍，在牢固其權力的同時，也為其統治埋下隱患。
幕府低估了朝廷在人們心中的作用，如果有哪個幕府控製不了的強勢家族或英雄人物出現，且這個家族、人物又站在朝廷一邊，高舉“還朝廷大權”之旗，那麼“將軍受天皇之托掌權”的理由便站不住腳了。這種情況不是沒有可能發生，在當時雖然大名們都臣服於將軍，要按將軍命令行事，但他們的任命狀卻是由朝廷頒發，一些大名自然會認為自己的效忠對象是朝廷而非將軍、幕府。迫於形勢，他們雖然也會老老實實地聽命於幕府，但一旦時機成熟，他們就可能一下子從幕府的忠實臣子變成堅定的倒幕分子，有正大光明的理由討伐幕府。
沒有人能長生不老，也沒有哪個家族、集團能永遠坐擁天下，幕府的統治也是一樣。而實際上幕府和地方大名的主從關係也遠不像看起來那樣牢固。
1600年德川家康在關原會戰中大勝，通過收歸戰敗大名封號，沒收他們的財產，削減部分大名年祿，收歸了659萬石年祿，並將其中大部分賞賜給了親信。那些曾和德川家康地位相同，或曾經投靠過豐臣秀吉的大名自然被家康小心防範，他們被稱作“外樣大名”，雖然最後也得到了領地，卻始終被德川的親近大名牢牢監控，不得妄動。雖然德川幕府掌握了整個日本，但政權更替的危機卻一直存在，德川家康沒有能力以武力消滅掉所有令自己心有不安的大名，後來的德川家人也同樣沒有這種力量，如果他們可以，就不用借助朝廷的威望鞏固自己了。
一些外樣大名在關原之戰中受到重創，但“百足之蟲，死而不僵”，戰後隻要他們肯潛下心來休養生息，便可以再度強大。
為了遏製住大名，尤其是外樣大名的發展，德川幕府頻頻用改易、轉封等手段削減他們的俸祿，比如曾和豐臣家一起對抗德川家的毛利家，在關原大戰前享有的113萬石年祿被德川家康銳減為36萬石。同是大名，外樣大名想盡辦法也未能進入幕府，他們對幕府的不滿和仇恨並沒有隨時間的流逝而消退。
同樣被幕府鉗製住、對幕府心存不滿的又何止是外樣大名，一些大名曾試圖借助地理位置的便利，通過發展對外貿易壯大起來，可這希望之火燃起沒多久，就被德川幕府的鎖國令澆滅了。《武家諸法度》的頒布，幕府對大名義務的強調，則加劇了這種危險的不滿情緒。時代總要向前發展，不管幕府是否願意，太平之世，封國們的經濟出人意料地飛速發展著，大名們的軍事力量強大起來，逐漸超出了幕府的控製範圍。原本就對幕府沒有好感的他們絕不會放棄顛覆德川幕府的野心。
德川家康也隱約感覺到這種不祥，在生命的最後幾年，這個在沙場和政界呼風喚雨的老人對德川幕府的未來表現出深深的憂慮，在病重之時，他試探性地對探望自己的大名說道，天下本就應當由大家輪流掌管，如果他的兒子治理無方，大家推翻他，取代他也是順應天道之舉，理所當然。然而，大名們都參透了家康的心思，果然，此後不久家康就要求親近之人，在自己的墓上塑一座向西而立的神像，用神的力量震懾住西方各國。至於東麵封國，由於是自己親信們的封國，則不用過多擔心。
為了穩固國內政治，日本也曾將國門緊閉，如同中國一樣，一度是西方人最難敲開的市場，但在豐臣秀吉時代甚至德川家康統治前期，日本的國門都非常友好地向外國商船敞開。
豐臣秀吉曾支持日本和中國、葡萄牙的外貿，並從中賺取了巨大財富，德川家康也注意到對外貿易的好處，還曾主動寫信給中國、暹羅、柬埔寨等國，希望可以友好地開展貿易。但這卻並沒有維係太長時間。外國商船帶來的不隻有財富，還有基督教。起初，家康考慮到外貿帶來的豐厚利益，允許了基督教在日本傳播。但於征戰中成長起來的他，對任何可能凝聚成強大力量的事物都格外警惕，偏偏基督教在登陸日本領土後不久就受到了人們的強烈歡迎，截至1605年，日本的基督教教徒就有70多萬，其中包括不少沒有正當職業的武士，一旦這些人被豐臣家拉攏，家康的霸業便難以成就。
因此1613年在日本活動的傳教士便被一一驅逐了，單純進行貿易的西方商人還可以繼續活動，其中的一些人甚至擔任了德川家康的外交顧問，日本領土上也逐漸出現了外國人開設的商館。