在占領軍進行的所有改革中，對後來日本影響最為深遠的莫過於《日本國憲法》的頒布，該憲法將日本的宗教從政治中分離出來，對宗教自由予以保護，但為了避免政府力量介入宗教，憲法又禁止對宗教團體的公款投入。
在建立新製度的同時，對曆史的反思也在緊張地進行著，1946年1月盟軍總部總司令麥克阿瑟宣布在東京成立遠東國際軍事法庭，並在同年5月3日開庭，開始了著名的東京審判，根據《遠東國際軍事法庭憲章》，東條英機等人受到了審判。破壞和平、踐踏戰爭法規、反人道主義的被列為甲級戰犯，虐待俘虜的為乙、丙級戰犯。審判共持續了2年零6個月，出示了大量極具曆史價值的資料，其中判決書就有1231頁。審判給當時的每一個日本人都留下了難以磨滅的印象，讓他們不得不對戰爭進行深刻地反思，給日本人的心靈造成了極大地衝擊。1951年9月4日，舊金山和會召開，日本願意接受並執行東京審判的判決結果。
20世紀50年代以來，朝鮮戰爭的爆發及愈演愈烈的冷戰讓美國不能像之前那般關注日本的戰後製度重建工作，日本政府開始逐步修改40年代製定的法規製度。鑒於一次大戰後對德國的嚴厲懲罰，不 僅 沒有起到阻止其發動戰爭的目的，還激化了其國內的矛盾，間接促使其發動了更為慘烈的戰爭的嚴重教訓，從長遠的安全利益考慮，戰勝國都不打算對日本過於苛刻。少了外在力量的監督，日本社會中殘餘的軍國主義因子和一度沉寂的日本極右團體逐漸恢複了元氣，沉寂數年的靖國神社也在不知不覺中煥發了“生機”。 舊 金 山 和 會 開後不過1個月，首相吉田茂就帶著內閣之人、參眾兩院的議長畢恭畢敬地參拜了靖國神社。第二年春，日本獨立。當年秋天，天皇裕仁就帶著皇後參拜了靖國神社。
與此同時，遺族們的日子也漸漸好轉，就在和會條約生效的1952年4月，《戰傷病者戰歿者遺族等援護法》公布，隻要因為執行公務負傷、患病的都可得到相當數目的援助金，因公而死的，他的遺族也可以得到政府的慰問金。1953年養老法修正後，軍人、軍屬以及軍人遺族便可以像從前那樣得到國家的贍養費了。遺族厚生聯盟的目標實現之後，於同年解散。
國會中的部分議員從這一係列政策的修改中嗅出了軍國主義死灰複燃的危險，而 擴大 社 會 保 障 製度的範圍顯然又會給迫切需要經費的政府帶來壓力，他們對政府對舊軍人及其遺族的救助表示不滿。隻是這種不滿很快便被淹沒在對舊軍人及其遺族的同情聲中，大部分議員認為這些軍人無論怎樣都是為國捐軀，他們隻是被動地遵循國家命令，不 能將 他們等同於缺乏戰爭責任的人。
對戰犯的判決早已執行，政 府 內 部 的 同 情 之 聲 開始泛濫，已 被 定 罪 處決的戰犯摶而成了命運無常、身世悲慘的象征，似乎並不像審判中說的那樣罪大惡極。日本政府也不再將他們和其他違背國家法律被判死刑的人一視同仁，而是頗為悲憫地稱他們為“ 法 務死亡者”。 既 然 是 法 務 死亡者，自然可以享受國家慰問金，其遺族也理所當然地可以從政府手中領取援助款。死有餘辜的戰犯在不知不覺中成了值得同情的可憐人，伸張正義、安撫戰爭受難者的東京審判便有了“不當”的 嫌 疑 。日本人對戰爭的態度微妙地變化著。在日本還被美軍占領之時，盟軍總部正是因為看到了靖國神社和日本軍國主義的密切聯係，才要求日本製定了《神道指令》、《宗教法人改正令》，而且在《日本國憲法》中盡量防止日本政府借宗教之名煽動民心。原以為有憲法的規定的製約，日本政府便再不能向宗教中滲透，卻沒想美軍撤走沒多久，靖國神社便可名正言順地享受政府的支持。1956年4月《關於靖國神社合祀事務合作》的通知頒布，日本政府可以予靖國神社“盡可能好意的關照”。 兩 年 後 ，在押戰犯悉數獲釋，又過了一年，專為受刑戰犯而辦的合祀舉行。
在遺族後生聯盟解散之時建立起來的日本遺族會，把靖國神社當成自己活動的重要內容之一，他們要“稱頌英靈，撫慰英靈”，要求靖國神社恢複往日的威嚴，轉由國家護持，而他們也確實是推進靖國神社國家護持的主要力量。遺族的活動剛好和日本政界為數不少的右傾人士一拍即合。1956年3月14日《靖國神社法案綱要》出台，這份自民黨起草的《綱要》強調，靖國神社供奉的是為國捐軀者的靈魂，是在張揚國民的道義，亦有利於永久和平的實現，因此，必須尊重它的自主性。僅僅8天之後，社會黨便提出了和自民黨《綱要》類似的《關於靖國和平堂法律草案綱要》，《草案綱要》中認為，要對為國捐軀者的遺德予以表彰，將靖國神社改為靖國和平堂，並在此舉辦各種活動，“ 以 表 達 國民對為國捐軀者的感謝和尊重之意”。兩 份 《 綱 要 》 都 把 對 陣 亡 “ 英 靈 ”的供奉當作熱愛和平的一種表現，這樣的觀點實在讓人匪夷所思。尤其是那些曾被日本侵略的國家，更是不能理解，為什麼對戰犯的尊敬、祭奠會成為和平的一種。實際上，“ 和 平 ”在這裏隻不過是給靖國神社正名的借口，全世界都在注意著日本對戰爭的態度，日本若不加掩飾地恢複靖國神社以往的地位，必會引起軒然大波。
1956年12月當選日本首相的石橋湛山顯然不會認同這種觀點，早在戰爭結束之初，他就號召日本人在改革展開之前，自 動 將 靖 國 神 社 廢除。他 認 為 大 東 亞 戰爭給日本帶來了拂之不去的屈辱，即便繼續祭祀在戰爭中犧牲的人，也達不到“靖國”的目的。靖國神社是屈辱與怨恨的象征，它隻能給人留下陰慘的記憶，日本人需要深刻地反省戰爭，而不是留下滲透著怨恨之情的軍國主義紀念物。但健康情況欠佳的石橋湛山隻當了3個月的首相，次年2月就因病辭職了。而日本政壇上，像石橋湛山這樣的人士少之又少。1957年靖國神社提出了《靖國神社法案大綱》，希望日本能夠永遠保障靖國神社特殊性傳統，靖國神社迫切需要自主性和國家護持，它的名稱不能變，它是國家和國民對為國捐軀者尊敬、感謝之情的載體。在這之後，自民黨、日本遺族會以及靖國神社不斷地完善這部《大綱》。