森喜朗是繼任小淵惠三的內閣總理大臣，他是一位積極的改憲派，同時也是自民黨團體“青嵐會”的成員之一。他上任不久，就在2000年4月24日回答眾議院預算委員會委員的質問時說，他認為由於時代背景的不同，戰爭也就有各種各樣的說法，而日本的戰爭是否具有侵略性，應該讓大家在曆史中去判斷。
他說的這些話同竹下登如出一轍，在他們心裏依然不承認戰爭的侵略性，這在他後來演說中更明確地表現了出來。5月15日森喜朗在出席“神道政治聯盟國會議員懇談會結成30周年祝賀會”時曾經表示，日本作為以天皇為首的神之國度，宗教是隱藏在心中的文化，那 麼 為 什 麼 這 麼 重要的文化不在教育現場講呢？而把神、佛當作重要的事情，在學校、社會、家庭裏講述不是很重要的嗎？
在他發表演講之前的5月10日，還在聯合政權執政黨黨首會議上表示：“戰前的教育敕語是超時代的普遍哲學”。另 外 他 還 對 總 理 府 的 谘 詢 機 構 ——教育改革國民會議的成員說，教育敕語有普遍的的價值，應該把教育敕語拿到教育現場。森喜朗的“神國發言”很明顯是違背了憲法“主權在民”原則，同時他還鼓吹把戰時的教育敕語加到教科書中，這說明他對戰爭時期的皇國主義曆史觀念是無法忘懷的。當時政界和社會各界對於森喜朗的倒行逆施都表示了強烈的反對，民 主 黨 、共產黨等在野黨一致要求森喜朗立即下野，並 收 回 其 發 表 的言論。就 連 政 府 的 官 房 長 官 青 木 幹 雄 也考慮到對外的影響，表示作為一國首相應該考慮自己的發言。防衛廳長官說：“對容易引起誤解的發言必須慎重。”
可 是，森喜朗對此並無悔意，他還強詞奪理說神國發言和戰後主權，在憲法原則上並不矛盾，因為天皇本身已經表明了日本悠久的曆史和傳統文化。“新生代”政治家小泉純一郎在森喜郎下台之後上任。小泉純一郎出生於1942年，他的祖父曾任若椒內閣的遞信相，父親曾擔任池田內閣的防衛廳長官，他的家族堪稱政治世家。
小泉純一郎30歲的時候當選為眾議院議員，1988年出任竹下內閣的厚生大臣、郵電大臣等，之後就一直在政界擔任要職，同時他還是戰後政治家中擔任厚生大臣時間最長的人。小泉純一郎在參加競選的時候曾經表示，如 果 能 夠 當 選 為 總 理 大 臣 ，他一定會“正式參拜”靖國神社。早在其競選自民黨總裁之時，他就承諾會在8月15日到靖國神社進行參拜，並認為在這天懷著絕對崇敬的心情撫慰戰爭中死去的將士的靈魂理所當然，同時小泉還以為參拜本身就有反省侵略戰爭、代 表 日本進行懺悔的意味，並 表 示 日本 絕 不再走戰爭之路。靖國神社在當時已經成為了政治家拉票的籌碼，說明了日本政治右傾化的程度。
2001年底，日本著手修建“追悼與祈禱和平的紀念碑”。一年之後，紀念碑修建計劃的報告書被送交到官房長官手裏，等待政府的回應。日本希望在21世紀，能有一個供全體國民悼念戰爭、祈禱和平的國立場所，這個場所沒有宗教色彩，並盡可能長久地存在下去。這個場所悼念的對象是在明治維新後，有日本參與的戰爭中殉難的人，是那些在戰後為日本和平、獨立、安全殉難的人，是那些在有日本參加的國際和平活動殉難的人，這些人可以是外國官兵，也可以是平民百姓。這個場所自始至終都應為祈禱日本及世界和平服務，都應該是國立的，沒有任何宗教色彩的。它不同於靖國神社，它大可以和靖國神社平等地並列在日本的土地上。
2002年4月，小泉借靖國神社舉辦春季大祭之機，前來參拜，並於第二年冬天再次至此參拜，盡管他強調他的參拜是為了表達對戰死者的崇敬和哀悼，並 確 實 帶 著 絕 不再戰的願望參拜的，但他的參拜之舉還是激怒了日本的鄰國。針對神社中供奉的甲級戰犯，小泉解釋道，日本人沒有拒不原諒死者生前罪過的習慣，靖國神社中大多數人都因為這些人而在戰爭中失掉了生命，真誠地對大部分死難者進行參拜是很重要的事情。小泉希望外國人能夠理解。但是，日本右翼至今活躍在日本內外，日本的教科書至今不能正視那段曆史，日本的軍國主義思想仍蠢蠢欲動，在這樣的情勢下，沒有哪個被日本傷害過的國家，能理解小泉的心情。
直到今天日本依然沒有找到慰靈和政治間的平衡點，當今世界國與國密切相連，沒有一個國家能“堅持不和其他國家來往”，如何慰靈不僅僅是日本自己的事。而縱觀日本戰後曆史，若慰靈真的是單純的禮儀活動，日本的首相、官員、政治團體也就都無需在這上麵花如此多的心思了。靖國神社的慰靈，曾經極其有效地煽動起日本人的軍國主義情緒，在侵略戰爭中發揮了不可替代的作用，而在日本右翼勢力日益猖獗的今天，在日本軍國主義思想依然“發揮餘熱”的現在，沒有人能保證它未來不會“重操舊業”。2006年9月22日小泉最後一次出席了經濟與財政政策委員會會議，對委員會成員鞠躬表示感謝他們支持其結構改革，安倍作為繼任者將繼續完成小泉沒有完成的事業。9月20日，安倍在當選為自民黨總裁之後發表演講，小泉滿臉笑容地對他表示祝賀。然後小泉退到幕後，安倍取代了他的位置。