可是，在戰犯受到審判的國際法庭上，對於日本使用化學武器的惡行，居然沒有加以追究。隻是在前蘇聯伯力審判中，談到了關於日本使用細菌武器的罪行，並審判了戰爭後期指導過細菌試驗、擔任關東軍司令官的山田乙三和731部隊細菌生產部長川島清、100部隊關東軍獸醫處長高橋隆篤等人，而731部隊的罪魁禍首石井四郎等人，美國竟然以“索取日本細菌武器試驗資料”作為交換條件而對他們加以保護，使這些罪大惡極的人逃避了國際法庭的審判。
日軍的暴行可謂是罄竹難書。1985年河北省統計，日軍在侵華期間一次殺害10人以上的暴行就達500多起，涉及了121個縣；一次殺害50人以上的慘案160起，一次殺害 500人以上的慘案15起，例如潘家峪慘案中共殺害了1500多人，成安慘案兩次共殺害了5300人。
日本在長城線上製造無人區，殘殺了百姓數十萬。在華北地區日軍實行了殺光、燒光、搶光的“三光”政策，強迫良家婦女給日軍當“慰安婦”， 強 行 擄 走 中國軍民去當勞工，到中國東北的大約有900多萬，到日本的大約是4萬人，很多人慘死在日本的礦山和軍事工程中。
日軍在中國製造的“萬人坑”達100多個，殺害了中國軍民成千上萬。可是由於東京審判進行的時候，國共正處在戰爭的狀態，國民黨政府隻搜集到了國統區的日軍罪證，並且十分倉促，而對共產黨占領區的日本惡行罪證、沒有時間搜集。所以後來東京審判和在中國境內的審判，都隻是對南京大屠殺等一些少數的慘案罪行進行了審理，而其他重大的慘案製造者基本沒有涉及到。例如對日軍強擄戰俘當勞工的事實，對強抓良家婦女當“慰安婦”的罪行，都隻是剛剛觸及到，並沒有開始全麵審理，也就無法追究其責任了。
作為對日本戰犯的審判，在東京審判中，受到懲罰的隻有280名甲級戰犯，而在橫濱、馬尼拉、伯力和中國各地的審判，同樣也隻審判了少數的乙、丙級戰犯，而且多是虎頭蛇尾。可是日本的大批侵略成性的軍國主義分子，例如岡村寧次等重要的戰犯卻根本沒有得到懲罰。
1945年的《波茨坦公告》中規定：“永遠鏟除軍國主義政治勢力”。 根據這個規定，日本把從中央到地方的各級軍國主義領導人，從政界、行政機構、經濟界、教育界以及各種民間團體中清洗了出去，並禁止他們再任公職，這次被清洗人數達8.6萬人，其中從公職中清洗出去的職業軍人大約為幾萬人。
可是，後來由於美國在戰略政策上出現轉變，盟軍的總司令麥克阿瑟發出的所謂“戰犯假釋”的指令，岸信介等甲級戰犯因此被釋放和減刑，之後又撤銷了各種“褫奪公職”的法令，這些戰犯和曾經被清洗的人再次擔任了公職。以岸信介為例，他出獄之後不久，就組織並成立了日本最大的保守黨“自民黨”。在岸信介擔任內閣首相的時候，他的內閣成員“由大臣到長官，曾經被清洗的人數達到了一半左右”。在回憶錄中，岸信介得意地說：“自民黨是我搞起來的，日本的命運隻能由自民黨來掌握。”由 他的話中就可以看出，日本右翼勢力在日本是多麼猖狂。
戰後需要解決的一個重大課題就是戰爭賠償，可是二戰之後的日本賠償，卻並沒有通過法律、法庭的方式去解決，隻是根據《波茨坦公告》，由遠東谘詢委員會製訂的“臨時賠償方案”而解決的。受到國際形勢的變化以及美國態度的影響，日本的戰爭賠償問題也是不了了之。其他各地和東京的審判也隻是簡單地追究了幾個戰犯的發動戰爭罪、違反和平罪、侵犯人權罪而已，麵對被害者的傷害賠償問題卻沒有提及，致使戰後過去了60多年之久，卻仍然遺留著一大堆的民間傷害問題懸而未決。最讓人覺得意外的是，那 些 被 判 了 刑 的 戰 犯 和 他們的遺屬，竟然還得到了日本政府的賠償和補償，反倒是被日本傷害過的無辜者，日本方麵則沒有任何的表示。被日本傷害的受害者至今卻未得到補償的不計其數。
導致東京審判不徹底的原因有很多，作為一個大審判，縱觀曆史這是首次，沒有任何可以借鑒的經驗，加上戰犯的人數過多，涉及到的國家也很多，戰犯的罪行太多，戰區大，再加上戰爭剛剛結束，時間比較倉促，日本又故意掩蓋其罪行，銷毀了很多有力的證據，才使取證非常困難，也導致日本軍國主義的很多罪行沒有能夠被發現，並對其進行嚴懲。遠東的國際軍事法庭，是由11個國家法官代表組成的，雖然法官代表著國際的利益以及正義的一方，可是也代表著本國政府的立場，再 加 上每個國家在戰爭中受到的傷害程度並不相同，所以認識和看法也不會一樣，這就使很多問題在取得共識的方麵遇到了困難，致使一些應該判決的案子卻沒有判決。
英國、美國等國家隻是肯定了太平洋戰場的地位、作用，對中國戰場的地位和作用的認識卻不足，雖然中國是戰勝國之一，可是中國的發言權是沒多大分量的，這就是為什麼中國沒有參加《舊金山條約》簽署的原因。這些都是使得審判不徹底的原因，不過，歸根結底最重要的原因還是由於美國的冷戰戰略。
遠東國際軍事法庭，是 根據盟軍最高統帥麥克阿瑟的特別宣言設立的，由東京審判到“冷戰”政策的誕生，美國始終想利用他們對日本單獨占領的特殊位置，貫徹自己的政治意圖。隨著蔣介石集團在中國內地的失敗以及世界東西方兩大陣營的出現，美國為了把日本變成反對共產主義的橋頭堡和防波堤，由最初的扼製，變成了後來的扶植。1948年12月24日，在處死了東條英機等幾名戰犯之後，美國便宣布釋放其他19名甲級戰犯，而且不再進行審判。1950年3月7日，盟軍的最高司令部又頒布了第5號指令，規定：在刑期終了前，釋放所有日本國內在押戰犯，這樣的做法破壞了東京審判應達到的效果。