即使有著如此顯赫的血統，阿裏的地位仍然遭到了質疑，曾共同反對奧斯曼的盟友很快分裂。泰勒哈和佐拜爾公開質疑哈裏發的合法性，這兩人同樣得到了與阿裏早有夙怨的阿以涉的支持。
656年12月9日，在巴士拉城外，哈裏發阿裏擊敗了反對者的軍隊，泰勒哈和佐拜爾戰死，阿以涉被俘虜。
穆斯林間的第一次內戰以哈裏發的勝利而結束。但勝利並未能維持多久，很快，伍麥葉人穆阿威葉在大馬士革以前任哈裏發的複仇者和伍麥葉人保護者的姿態，指責阿裏是殺害前任哈裏發的同謀犯。
雙方無法妥協，隻能兵戎相見。657年7月26日，阿裏與穆阿威葉率領各自的軍隊在幼發拉底河右岸的綏芬平原上展開決戰。就在哈裏發的軍隊將再次取得勝利時，穆阿威葉的軍隊用長矛挑起《古蘭經》，要求用調停的方式解決穆斯林之間的爭端。
阿裏並未多加思考就同意了對方的請求。
雙方的公斷人於659年1月在艾茲魯哈開會決定，共同免除兩位首領的哈裏發職位，為新的哈裏發選舉掃清道路。這一決定對阿裏來說是致命性的打擊，他喪失的不僅僅是哈裏發的頭銜，也同樣喪失了大批的追隨者。
661年1月24日，阿裏在庫法清真寺被哈列哲教派刺客刺死，穆阿威葉成為第五任哈裏發。阿拉伯帝國的哈裏發共和時代結束了，王朝時代開始了。
騎駱駝的征服者
正統派哈裏發統治期，阿拉伯人如同潮水般從阿拉伯半島衝出，他們騎著駱駝和馬，揮舞著刀劍，頌詠著《古蘭經》去征服富饒肥沃的土地。從哈裏發的角度來說，對外戰爭有利於緩解阿拉伯各部族之間的緊張情緒，避免再次引發內戰的可能，同樣也緩解了越來越多的人口給貧瘠的阿拉伯土地帶來的壓力。
633年，在哈裏發艾卜·伯克爾討伐變節者們的戰役結束後不久，艾卜·伯克爾與歐麥爾就派遣三支分遣隊攻打敘利亞。
很快，在死海南邊的大窪地瓦迪阿拉伯裏發生了一次遭遇戰，分遣隊將領葉齊德和他的兄弟穆阿威葉擊敗了羅馬貴族塞基阿斯，取得了輝煌的勝利。
但阿拉伯人在別處遭到了拜占庭軍隊的頑強抵抗。為保衛自己的家鄉埃德薩，拜占庭皇帝希拉克略親自趕往前線，並派皇弟西奧塞多組建一支新軍去南方支援那裏的守軍。
當敘利亞的戰事陷入膠著狀態的時候，“真主之劍”伊本·哈立德從伊拉克率領500名參加過平定叛亂者戰役的老兵，穿越過庫法西北沙漠，僅用18天就出現在了拜占庭軍隊防線的後方。634年7月30日，阿拉伯人在艾隻那代因取得了決定性的勝利。635年9月，大馬士革在經過6個月的圍攻後向征服者打開了城門。
為了挽救自己的家鄉，希拉克略皇帝集結軍隊進行最後一次努力。然而，636年8月20日，拜占庭在敘利亞的統治依舊被這些來自東方的強悍征服者所終結。拜占庭軍隊被全殲，皇帝的弟弟西奧塞多陣亡，皇帝希拉克略幾乎是隻身逃離戰場。此後阿拉伯人勢如破竹地征服了拜占庭帝國在近東的所有領地。被征服者無論出於種族感情還是宗教信仰都對征服者采取了歡迎合作的態度——畢竟，收稅少的統治者總是受歡迎的。
即使有著如此顯赫的血統，阿裏的地位仍然遭到了質疑，曾共同反對奧斯曼的盟友很快分裂。泰勒哈和佐拜爾公開質疑哈裏發的合法性，這兩人同樣得到了與阿裏早有夙怨的阿以涉的支持。
656年12月9日，在巴士拉城外，哈裏發阿裏擊敗了反對者的軍隊，泰勒哈和佐拜爾戰死，阿以涉被俘虜。
穆斯林間的第一次內戰以哈裏發的勝利而結束。但勝利並未能維持多久，很快，伍麥葉人穆阿威葉在大馬士革以前任哈裏發的複仇者和伍麥葉人保護者的姿態，指責阿裏是殺害前任哈裏發的同謀犯。
雙方無法妥協，隻能兵戎相見。657年7月26日，阿裏與穆阿威葉率領各自的軍隊在幼發拉底河右岸的綏芬平原上展開決戰。就在哈裏發的軍隊將再次取得勝利時，穆阿威葉的軍隊用長矛挑起《古蘭經》，要求用調停的方式解決穆斯林之間的爭端。
阿裏並未多加思考就同意了對方的請求。
雙方的公斷人於659年1月在艾茲魯哈開會決定，共同免除兩位首領的哈裏發職位，為新的哈裏發選舉掃清道路。這一決定對阿裏來說是致命性的打擊，他喪失的不僅僅是哈裏發的頭銜，也同樣喪失了大批的追隨者。