1962年7月，蘇聯人代號為“阿納德爾”的計劃開始實施。
蘇聯將幾十枚導彈和幾十架飛機拆卸開來裝到集裝箱中，用商船分批運往古巴。同時有3500名蘇聯軍事技術人員也陸續乘船前往古巴。這是一個嚴格保密的、規模空前的、充滿危機的計劃。盡管當時的美國中情局也注意到有大批蘇聯船隻駛向古巴的異常現象，但是美國政府對蘇聯在自己眼皮底下安置導彈的大膽行動始料未及，對於情報並未加以重視。同時在公開場合下，蘇聯一直否認在古巴擁有進攻性武器，聲稱蘇聯的船隻是裝運“給古巴人民的日用品和食物”。一直到9月2日，蘇聯終於宣布，根據蘇古兩國達成的相關協議，蘇聯將向古巴提供武器及技術專家。此時，蘇聯的運輸計劃基本完成，部署工作也已近尾聲了。
1962年10月間，美國的U-2高空偵察機多次飛臨古巴上空收集情報，美國的專家們在仔細研究了數千張照片後，最終確認古巴正在修築可以發射中程彈道導彈的發射架並部署了重型轟炸機。10月16日，美國中情局向肯尼迪提供的確切情報稱：蘇聯部署在古巴的武器包括42架伊爾-28遠程戰略轟炸機，40枚SS-4型和SS-5型中短程導彈，24個地對空導彈發射場及42架當時超一流的米格-21戰鬥機等。蘇聯導彈已對美國造成了嚴重的威脅。
知情後的肯尼迪驚出一身冷汗，他迅速召集美國國家安全委員會商討對策。經過緊張的研究討論，肯尼迪和他的智囊團最後決定采用封鎖的方案，這是既有效又少冒風險的辦法，對美國最為有利，必要時還可以層層加碼施壓，同時也給了蘇聯比較容易下的台階。總之，此方案有較大的回旋餘地。10月22日晚，肯尼迪向全美發表電視講話，通告了蘇聯在古巴部署核導彈的事實，宣布美國要武裝封鎖古巴，並要求蘇聯在聯合國的監督下撤走導彈。
美國開始集中地麵、空中和兩棲作戰部隊。駐紮在世界各地的美軍全都進入了最高戒備狀態。美國50%的戰略轟炸機保持在空中盤旋，滿載核彈頭的核潛艇在各大洋遊弋。此時蘇聯也宣布實施軍事動員，一場核大戰似乎一觸即發。
妥協
美國的反應如此迅速和強烈，讓蘇聯感到有點措手不及。最初，蘇聯的態度也很強硬，抗議美國的“隔離”政策。表麵上，美蘇雙方針鋒相對，實際上，雙方都不敢發動核戰爭。兩國領導人都十分謹慎的處理這場危機。兩艘蘇聯貨船在美國所設的“隔離線”處忽然停了下來，其他裝載武器的蘇聯船隻也都停駛或返航。考慮到蘇聯的軍事力量仍然處於劣勢，赫魯曉夫開始尋求與美國妥協。
赫魯曉夫和肯尼迪通過秘密渠道來往通信。通過這些信件以及其他秘密途徑，經過一番激烈緊張的討價還價後美蘇達成妥協：蘇聯從古巴撤走導彈等進攻型武器；美國則承諾不入侵古巴。11月11日，蘇聯在未與古巴協商好的情況下撤走了全部42枚導彈。11月20日，在蘇聯同意30天內撤走伊爾-28遠程戰略轟炸機後，肯尼迪宣布取消對古巴的海上封鎖。加勒比海又恢複了往日的平靜。
對於此次危機“當事人”古巴而言，古巴人顯然感覺他們被忽視、被背叛了，成為了美蘇鬥爭的犧牲品。他們感到失望、氣憤和痛苦，然而國際關係形勢是由大國所主導的，小國隻不過是大國間角逐的棋子罷了。
1962年7月，蘇聯人代號為“阿納德爾”的計劃開始實施。