可如何使用峻法，如何來剿匪呢？那就是要“嚴刑峻法”。因為“若非嚴刑峻法，痛加誅戮，必無以折其不逞之誌，而銷其逆亂之萌”。對於這些土匪，要“認真查拿，遇有形跡可疑，曾經搶掠結盟者，即用巡撫令旗，恭請王命，立行正法”。
理由充分，思路清晰，曾國藩這個奏折很快就得到了皇帝的支持。
有了皇帝的支持，曾國藩也就沒什麼顧慮了，他放開手腳開始實施他的嚴刑峻法。他先致信給湖南各州、縣官紳，要他們辦好團練，對於那些“素行不法，慣為猾賊，造謠惑眾者，告之團長、族長，公同處罰，輕則置以家刑，重則置之死地！其有逃兵、逃勇，經過鄉裏劫掠擾亂者，格殺勿論！其有匪徒痞棍，聚眾排飯，持械抄搶者，格殺勿論！”
曾國藩之所以讓湖南各州、縣官紳辦團練，也有他的想法，因為那時候時局很亂，即使是富豪鄉紳，也有被搶、被殺、被燒的情況出現。所以曾國藩的決定正好遂了他們的意，他們可以明目張膽地養兵、明目張膽地殺“匪”了。
“以之防土匪則有餘”，這就是曾國藩想要的效果，他美其名曰“借一方之良，鋤一方之莠”。
為了“殺雞駭猴”，曾國藩下令，各地團練頭目對“格殺勿論”者可就地處決，其餘的就捆送到省城。最後眼見扭送到省城的人越來越多，且原本就對清朝地方官員的腐敗無能看不慣，所以曾國藩索性在司法機關外設置獨立的機構，自行審案，從重從快處理這些“匪賊”。
一件案子一旦到了他的手裏，他便“案至即時訊供，即時正法，亦無所期待遷延”。很多被捆者送到他那裏後，他也隻以捆送者的言辭為依據，稍加詢問就結案了。
此時的他，心裏想的就是：寧願錯殺一千，也不放過一個。
就這樣，曾國藩開啟了近代史上最惡劣的先例，他撇開了一切法令條文、司法程序和司法機關，隨意捕人、殺人。那時候的曾國藩，雖然繼承了韓非寬嚴並舉的思想，但卻放棄了依法治國的思想。
在曾國藩的嚴刑峻法下，湖南“大治”，竟也成為亂世之中的一片“淨土”。當然，曾國藩“曾剃頭”的恐怖外號也傳遍了大江南北。
之後，曾國藩領著湘軍一路經過九江、吉安、安慶、南京，大肆屠殺太平天國起義軍。那時候的曾國藩，完全忘了“窮寇勿迫，降人勿殺”的古語。曾國藩和其湘軍的瘋狂燒殺搶掠，造成了很壞的影響，也造成了很大的政治經濟損失。特別是在南京的那場大屠殺，很多年後，曾國藩想起，也有些不忍，他曾說：“南京本地人尚知感激，如果不是各營官統領獵取無厭，大肆搶掠，攻克南京豈非完全美事。”
就連曾國藩的愛徒李鴻章也曾感歎，“無屋無人無錢，管葛居此亦當束手”，“似須百年方冀複舊也”，“沅翁百戰艱苦而得此地”，竟導致“婦孺怨詛”。
經過那場浩劫，昔日繁華的古都南京變成了一片廢墟。可以這麼說，曾國藩是用無數人的血流成河，換回了大亂的平息。
回頭一想，曾國藩的“峻法”，始終以平定天下為目標，所以他也隻是把峻法作為實現其目標的手段而已，而且也經常內外有別，比如湘軍集團的核心成員，在他的眼裏就是家族的親兄弟，他會以嚴家教、峻家法、施仁愛、明禮義來管束。
曾國藩的一生都沒有因峻法而殺過湘軍一個主要將領，因此可見，曾國藩的“峻法”也有“情法”在裏麵，這和素有清代包公之稱的彭玉麟還是有所不同的。