海協成立後，即受權與台灣海基會接觸，在一個中國原則基礎上先行開始經濟性、事務性商談。1992年3月，海協與海基會舉行首次事務性商談。商談中，海協基於兩岸交往中的具體問題是中國內部事務的現實，提出商談應堅持一個中國原則；在事務性商談中，隻要表明堅持一個中國原則的態度，可以不討論其政治涵義；表述方式可以充分協商。10月底，兩會人員在商談中就具體表述的內容和方式交換意見。後經函電協商，兩會於11月達成在事務性商談中各自以口頭方式表述“海峽兩岸均堅持一個中國原則”的共識。雙方表明堅持一個中國原則和謀求國家統一的態度，對於一個中國的政治含義，做了求同存異的處理。“九二共識”的達成，為促進兩岸商談進程奠定了政治基礎。
達成“九二共識”後，兩岸商談迅速取得突破性成果。1993年4月27日至29日，汪道涵會長與辜振甫董事長在新加坡會談，實現兩岸高層人士40多年來首次會晤，邁出兩岸關係發展中曆史性的重要一步。汪辜會談期間，雙方簽署了《兩岸公證書使用查證協議》、《兩岸掛號函件查詢、補償事宜協議》、《兩會聯係與會談製度協議》、《汪辜會談共同協議》等四項協議，在海峽兩岸經濟科技交流與合作、文化交流、事務性商談和兩會聯係與合作方麵均取得具體成果，為推動兩岸經貿往來和民間交流的發展創造了條件。
汪辜會談後，李登輝進一步推行背離一個中國原則的分裂政策，企圖遏阻兩岸關係發展。在汪辜會談有關協議的落實過程中，台灣當局出於製造“兩岸分裂、分治、對等”政治圖謀，在繼續回避兩岸政治談判的同時，強行把“司法管轄權”等一時難以取得共識的政治敏感問題引入事務性商談中，致使本來可以務實解決涉及兩岸同胞權益問題的事務性商談陷入僵局。從1993年8月到1995年1月，兩會就“違反有關規定進入對方地區人員之遣返及相關問題”、“兩岸劫機犯遣返”、“兩岸漁事糾紛之處理”等三項事務性議題進行了十多次商談，就協議文本內容取得具體共識。但由於台灣當局阻撓，達成的協議未能簽署。海協在商談中多次批駁台方“分裂分治”觀點，反對通過事務性協議把兩岸暫時的分離狀態法律化、固定化；指出兩會事務性商談應堅持一個中國原則，不應把一方的政治訴求強加給對方，幹擾事務性問題的解決；強調“司法管轄權”等政治問題涉及國家主權與統一，應通過政治談判來討論。事實證明，海協的主張與努力是積極務實的，符合兩岸關係需要和兩岸同胞權益。1997年以後，海協與海基會在排除“司法管轄權”等政治因素幹擾下，以個案方式相互遣返劫機犯，有效遏止了涉及兩岸的劫機犯罪。兩會商談在兩岸關係發展的催動下走向政治對話。
（二）推動實現兩岸政治對話，穩定與改善兩岸關係
1995年1月30日，江澤民同誌發表了《為促進祖國統一大業的完成而繼續奮鬥》的重要講話，提出現階段發展兩岸關係、推進祖國和平統一進程的八項主張，發展了和平統一談判思想，包括分步驟進行談判的構想。江澤民提出，作為第一步，雙方可先就“在一個中國原則下正式結束兩岸敵對狀態”進行談判，達成協議，在此基礎上，共同承擔義務，維護中國的主權和領土完整，規劃兩岸關係發展。
江澤民八項主張有力推動了兩岸關係發展和兩會商談進程。兩會很快就舉行第二次汪辜會談達成共識。在1995年5月舉行的第二次汪辜會談的第一次預備性磋商中，海協建議由兩會領導人就涉及兩岸同胞切身利益、需要合作、配合的重大問題進行政策性對話，開辟就政治問題交換意見的渠道。在這次預備性磋商達成的共識中，雙方還將處理“九七”後港台交往中的具體問題等包涵較強政治性、政策性內容的議題列入商談日程。然而，就在第二次汪辜會談舉行前夕，李登輝赴美進行製造“兩個中國”的活動，破壞了兩岸關係發展基礎和兩岸商談政治氣氛，兩會商談被迫暫時停止。
李登輝日益加劇的分裂活動，使兩岸政治分歧空前尖銳，嚴重危及兩岸關係穩定。經過反分裂、反“台獨”鬥爭，兩岸關係發生重大變化。雙方進行政治談判，共同承擔維護中國主權與領土完整義務，成為發展兩岸關係不可回避的內容。為此，祖國大陸方麵重申就“在一個中國原則下正式結束兩岸敵對狀態”進行談判的倡議，提出先進行程序性商談，就政治談判的議題、代表名義、方式等問題達成雙方可接受的協議。為突破兩岸政治關係僵局，滿足台灣同胞求和平、求安定、發展兩岸關係的願望，從1996年下半年起，海協根據授權，積極推動政治對話，為及早實現兩岸政治談判的程序性商談創造條件。
1998年2月，海協致函海基會，再次表示歡迎辜振甫來訪。從4月至9月，兩會副秘書長進行多輪接觸，為兩會領導人會晤作出安排。1998年10月14日至18日，辜振甫應邀來上海、北京參訪，與汪道涵第二次會晤。江澤民總書記、錢其琛副總理分別會見辜振甫一行。汪辜會晤達成四項共識:雙方決定進行包括政治、經濟等內容的對話，由兩會負責人協商安排；加強兩會間多層次交流與互動；對涉及兩岸同胞生命財產安全事件，加強個案協助；汪道涵於適當時候訪問台灣。對話中，汪道涵闡述了堅持一個中國原則的要求和內容，體現了海協在政治對話中尋求擴大雙方共識的努力，表明了反對割裂中國主權與領土完整的態度。海協建議盡快就結束兩岸敵對狀態、實現直接“三通”進行談判，以從根本上改善兩岸關係，解決攸關兩岸同胞權益的重大問題。
這次會晤，標誌著兩岸政治對話已拉開序幕，兩岸談判進程實現了從以事務性商談為主向廣泛對話、包括政治對話方向發展。
（三）堅持一個中國原則，維護兩岸關係穩定發展的基礎，同台灣分裂勢力進行鬥爭