台灣海基會成立後的一段時間內，國務院台辦負責與海基會的接觸、商談。隨著與海基會接觸的增多，中共中央、國務院批準成立涉台受權民間機構，加強與海基會等台灣和海外一切有意發展兩岸關係的民間團體、人士的聯係，推動對台工作。在有關方麵推動下，經過半年多的籌備，海協於1991年12月16日成立，注冊為社會團體法人。成立海協，是兩岸關係發展特別是兩岸接觸談判的需要，是中央“寄希望於台灣當局，更寄希望於台灣人民”等一係列對台方針政策的戰略性實施。
海協的成立得到社會各界熱情鼓勵和大力支持。德高望重的榮毅仁、汪道涵、經叔平分別擔任名譽會長、會長、副會長，張克輝、林麗韞、蔡子民、鄭鴻業、俞曉鬆等受聘擔任顧問。海協的最高領導機構為理事會，由中央和國家機關有關部委對台工作機構、各涉台民間團體、組織及部分省市台辦的負責同誌以個人名義參加。理事會的常設執行機構為常務理事會，由會長、常務副會長、秘書長組成，中共中央台辦副主任唐樹備、李炳才先後擔任常務副會長，主持協會日常工作。海協設辦事機構，承辦日常事務。
海協第一屆海協理事會通過了《海峽兩岸關係協會章程》。《章程》確立了海協以“促進海峽兩岸交往，發展兩岸關係，實現祖國和平統一”為宗旨。依據《章程》，海協的工作範圍和內容包括以下四個方麵：
1.加強同讚成海協宗旨的社會團體和各界人士的聯係與合作。海協把台灣海基會視為重要的聯係與合作對象，同時重視與台灣一切致力於發展兩岸關係的社會團體和人士的聯係與合作；重視與海外關心祖國和平統一事業的旅外台胞和其他華僑、華人及人士建立聯係，團結他們為實現祖國和平統一作出貢獻。
2.協助有關部門和地方促進海峽兩岸各項交往和交流。海協既是民間機構，又得到政府部門授權，具有較強的優勢，能夠以靈活、多樣的方式，積極主動從事各種交流活動，為推進兩岸關係而努力。
3.協助有關方麵處理海峽兩岸同胞交往中的問題，維護兩岸同胞的正當權益。在兩岸同胞交往日益頻繁的情況下，衍生的問題越來越多，涉及經濟、文化、人員往來、民事、刑事等各個方麵，都亟需處理。國家、地方有關部門在努力處理上述問題同時，也授權或委托海協予以協助。
4.受有關方麵委托，與台灣有關部門和授權團體、人士商談海峽兩岸交往中的有關問題，簽訂協議性文件。這是海協得到的一項最重要的委托。1996年以後，海協又獲得開展兩岸政治對話和進行政治談判程序性商談的授權。從1991年成立到1999年兩會往來中止，海協與海基會就事務性問題進行了包括“汪辜會談”在內的近20餘次商談與對話。兩會商談與對話，成為兩岸關係緩和與改善的主要標誌。
台灣海基會成立後的一段時間內，國務院台辦負責與海基會的接觸、商談。隨著與海基會接觸的增多，中共中央、國務院批準成立涉台受權民間機構，加強與海基會等台灣和海外一切有意發展兩岸關係的民間團體、人士的聯係，推動對台工作。在有關方麵推動下，經過半年多的籌備，海協於1991年12月16日成立，注冊為社會團體法人。成立海協，是兩岸關係發展特別是兩岸接觸談判的需要，是中央“寄希望於台灣當局，更寄希望於台灣人民”等一係列對台方針政策的戰略性實施。
海協的成立得到社會各界熱情鼓勵和大力支持。德高望重的榮毅仁、汪道涵、經叔平分別擔任名譽會長、會長、副會長，張克輝、林麗韞、蔡子民、鄭鴻業、俞曉鬆等受聘擔任顧問。海協的最高領導機構為理事會，由中央和國家機關有關部委對台工作機構、各涉台民間團體、組織及部分省市台辦的負責同誌以個人名義參加。理事會的常設執行機構為常務理事會，由會長、常務副會長、秘書長組成，中共中央台辦副主任唐樹備、李炳才先後擔任常務副會長，主持協會日常工作。海協設辦事機構，承辦日常事務。
海協第一屆海協理事會通過了《海峽兩岸關係協會章程》。《章程》確立了海協以“促進海峽兩岸交往，發展兩岸關係，實現祖國和平統一”為宗旨。依據《章程》，海協的工作範圍和內容包括以下四個方麵：
1.加強同讚成海協宗旨的社會團體和各界人士的聯係與合作。海協把台灣海基會視為重要的聯係與合作對象，同時重視與台灣一切致力於發展兩岸關係的社會團體和人士的聯係與合作；重視與海外關心祖國和平統一事業的旅外台胞和其他華僑、華人及人士建立聯係，團結他們為實現祖國和平統一作出貢獻。
2.協助有關部門和地方促進海峽兩岸各項交往和交流。海協既是民間機構，又得到政府部門授權，具有較強的優勢，能夠以靈活、多樣的方式，積極主動從事各種交流活動，為推進兩岸關係而努力。
3.協助有關方麵處理海峽兩岸同胞交往中的問題，維護兩岸同胞的正當權益。在兩岸同胞交往日益頻繁的情況下，衍生的問題越來越多，涉及經濟、文化、人員往來、民事、刑事等各個方麵，都亟需處理。國家、地方有關部門在努力處理上述問題同時，也授權或委托海協予以協助。
4.受有關方麵委托，與台灣有關部門和授權團體、人士商談海峽兩岸交往中的有關問題，簽訂協議性文件。這是海協得到的一項最重要的委托。1996年以後，海協又獲得開展兩岸政治對話和進行政治談判程序性商談的授權。從1991年成立到1999年兩會往來中止，海協與海基會就事務性問題進行了包括“汪辜會談”在內的近20餘次商談與對話。兩會商談與對話，成為兩岸關係緩和與改善的主要標誌。
二、主要工作情況
（一）達成各自以口頭方式表述“海峽兩岸均堅持一個中國原則”的共識，推動兩岸經濟性、事務性商談