軍事戰略戰術調整後，台灣軍隊的武器配備、建製設置、訓練教育等也發生變化，最為突出的有二：配合推進“實質台獨”進行軍力升級和軍事體製調整。
（二）軍事改製全麵推行
李登輝在1990年3月擊敗國民黨“非主流派”出任第八任“總統”、權力基礎穩固後，作為貫徹“台獨”理念的一部分，軍事體製調整也全方位展開。
首先是調整軍事體製。1994年間，初步調整軍事體製與結構的“中原計劃”出台，主要內容是裁撤非戰鬥單位和效率不佳的軍事機構，精簡、合並相關組織，建立一支具有“嚇阻作用”的軍隊。第二是“國防事務”公開化。隨著“憲政改革”的推行，台灣軍方為改變在社會中的保守落伍形象，開始加強與外界的溝通聯係，開放部分軍事基地和營區供民眾參觀。1991年軍事防務預算中的“非機密”部分首次接受“立法院”公開審查，1992年2月又公布第一部“國防報告書”，並且表示以後每隔兩年公布一次，軍事事務進一步走向公開化。第三是加強軍事法規建設。修訂將領限齡退役製度，把二級上將的退役年齡由70歲減為64歲，中將和少將的退役年齡也分別降至60和57歲；建立兵役製度，1999年出台的“兵役法修正案”規定18至40歲的男子必須服義務役，常備兵役期為1年10個月。在1997年開始執行“精實案”的基礎上，1999年11月“國防法”和“國防部組織法”草案正式提交“立法院”。第四是加快實施“軍隊本土化”。李登輝為配合“實質台獨”，煽動軍中省籍矛盾，無視軍中正常升遷、考核、任職製度重用的高級台籍將領近50人，加快軍事將領“本土化”。台籍將領不一定會搞“台獨”，台軍中甘心為“台獨”賣力的將領也不多，但是李登輝當局大量提拔台籍將領，實實在在是為了推行“軍事保‘獨’”路線。第五是調整兵力配置。90年代初起，實施“十年兵力整建計劃”。1997年7月調整為“精實案”，改變長期沿襲以“陸軍”為主的體製，力求三軍平衡發展，提升製空、製海、反登陸和高科技戰鬥力。到1999年7月完成前二階段作業，“國防部”、“參謀本部”及各軍種司令部的117個一級幕僚單位減少19個，444個二級幕僚單位減少76個，軍隊總數降為43.3萬人，精簡編製將官89人（中將18人，少將71人）和編製校官1500多人。
軍事體製調整的重點是全麵動搖反“台獨”將領控製軍隊的基礎，在“軍隊國家化”的口號下，把軍隊改造為李登輝的勢力範圍。同時，軍事體製調整為推行“全麵防禦戰略”和“組建二代兵力”準備了條件。
軍事戰略戰術調整後，台灣軍隊的武器配備、建製設置、訓練教育等也發生變化，最為突出的有二：配合推進“實質台獨”進行軍力升級和軍事體製調整。
（二）軍事改製全麵推行
李登輝在1990年3月擊敗國民黨“非主流派”出任第八任“總統”、權力基礎穩固後，作為貫徹“台獨”理念的一部分，軍事體製調整也全方位展開。
首先是調整軍事體製。1994年間，初步調整軍事體製與結構的“中原計劃”出台，主要內容是裁撤非戰鬥單位和效率不佳的軍事機構，精簡、合並相關組織，建立一支具有“嚇阻作用”的軍隊。第二是“國防事務”公開化。隨著“憲政改革”的推行，台灣軍方為改變在社會中的保守落伍形象，開始加強與外界的溝通聯係，開放部分軍事基地和營區供民眾參觀。1991年軍事防務預算中的“非機密”部分首次接受“立法院”公開審查，1992年2月又公布第一部“國防報告書”，並且表示以後每隔兩年公布一次，軍事事務進一步走向公開化。第三是加強軍事法規建設。修訂將領限齡退役製度，把二級上將的退役年齡由70歲減為64歲，中將和少將的退役年齡也分別降至60和57歲；建立兵役製度，1999年出台的“兵役法修正案”規定18至40歲的男子必須服義務役，常備兵役期為1年10個月。在1997年開始執行“精實案”的基礎上，1999年11月“國防法”和“國防部組織法”草案正式提交“立法院”。第四是加快實施“軍隊本土化”。李登輝為配合“實質台獨”，煽動軍中省籍矛盾，無視軍中正常升遷、考核、任職製度重用的高級台籍將領近50人，加快軍事將領“本土化”。台籍將領不一定會搞“台獨”，台軍中甘心為“台獨”賣力的將領也不多，但是李登輝當局大量提拔台籍將領，實實在在是為了推行“軍事保‘獨’”路線。第五是調整兵力配置。90年代初起，實施“十年兵力整建計劃”。1997年7月調整為“精實案”，改變長期沿襲以“陸軍”為主的體製，力求三軍平衡發展，提升製空、製海、反登陸和高科技戰鬥力。到1999年7月完成前二階段作業，“國防部”、“參謀本部”及各軍種司令部的117個一級幕僚單位減少19個，444個二級幕僚單位減少76個，軍隊總數降為43.3萬人，精簡編製將官89人（中將18人，少將71人）和編製校官1500多人。
軍事體製調整的重點是全麵動搖反“台獨”將領控製軍隊的基礎，在“軍隊國家化”的口號下，把軍隊改造為李登輝的勢力範圍。同時，軍事體製調整為推行“全麵防禦戰略”和“組建二代兵力”準備了條件。
（三）軍費開支數目龐大
為了增加“台獨”本錢，不斷增加軍費以購買“二代武器”和研製新型武器，因此軍費實際支出一直在增加。
首先是設立特殊預算。台灣當局為減少社會各界對軍費開支過高的批評，在軍事預算編列上大做手腳，通過設立“隱藏預算”、“空白預算”、“特別預算”和“機密預算”等特殊賬戶，隱瞞、轉移相當一部分的軍費開支。如采購美國的F-16戰鬥機和法國的“幻影2000”戰鬥機所需要的高達4130億新台幣的經費，就是分9年以“特別預算”的名義支出的。第二是轉移實際軍費支出。台灣當局把許多軍費開支列入相關的軍事輔助係統。以1999年度“軍事預算”為2700億元，實際主要開支有“國防”支出極機密計劃、科學支出極機密計劃、一般補給修補業務、一般裝備、一般軍事人員、營建工程、交通運輸設備、其他設備等項。其中“國防”支出極機密計劃編列781億元，主要用於從國際軍火市場采購武器裝備；科學支出極機密計劃項編列70億元，為“中山科學研究院”等軍事科研機構的研究費用；一般補給修護業務預算為308元；一般裝備項目編列39.9億元的預算；在一般軍事人員項目中，主副食預算達111億元，俸給1113億元，兩項合計達1224億元；營建工程項目編列92億元預算；交通運輸設備項目編列9.8億元預算。如果加上“特別預算”、“退輔費”、“眷村改建費”、“國安局經費”和相關的福利費用，數目不會低於4000億新台幣。第三是實際軍費支出過高。以2000年度為例，“國防”年度實際支出達4049億元新台幣，人均負擔超過17995元。