“台獨”活動合法化後，民進黨進一步發展。1989年民進黨在“增額立委”和省、市議員選舉中大有斬獲，削弱了國民黨的“一黨獨大”地位。1992年12月二屆“立委”選舉中，民進黨一舉奪得“立法院”三分之一以上的席位，一批激進“台獨”分子進入“立法院”。1994年3月，在民進黨的推動下，“立法院”一讀通過了“公民投票法草案”，企圖為以所謂公民投票方式進行“台獨”分裂活動提供法源。與此同時，“台獨”勢力還與李登輝推行“兩個中國”分裂路線相配合，借助西方反華勢力的支持，積極鼓吹以台灣名義“加入聯合國”。1994年12月省市長選舉中，民進黨籍候選人陳水扁當選台北市長。在1997年12月縣市長選舉中，民進黨一舉奪得了台灣省12個縣市政權，得票率也首次超過了國民黨，形成了與國民黨爭奪“中央執政權”的態勢，“台獨”勢力的發展也進入了新的高潮。一時間，“台獨”思潮泛濫，“台獨”活動趨於囂張。
“台獨”主張違背了兩岸人民的根本利益，也違背了絕大多數台灣人民求和平、求安定、求發展的意願。對“台獨”勢力的猖獗活動，祖國大陸一直密切關注，並進行了堅決的鬥爭。1995年6月至1996年3月，中國政府和人民開展的反分裂、反“台獨”鬥爭沉重地打擊了“台獨”勢力，迫使民進黨不得不調整其激進的“台獨”主張，提出“民進黨若執政，不必要也不會宣布台獨”的主張。但是，該黨並未放棄追求“台灣獨立”的目標。如何實現“台獨”的路線之爭，使“台獨”勢力內部出現了分裂。1996年，一些極端的“台獨”分子出走民進黨，先後成立了“建國會”、“建國黨”和“建立新國家聯線”。1997年香港回歸前後，“建國黨”、“台灣基督教長老會”、“台獨聯盟”等頻頻活動，鼓吹“建立台灣共和國”。同年，30多個激進“台獨”組織開始串連籌組“台灣獨立建國聯合陣線”，但由於在整合目標和“台獨”路線上存在分歧，並未形成一股有影響的力量。相反，在國際環境和兩岸關係的大勢下，“台獨”活動的空間越來越有限。1998年底的“立委”和台北、高雄市長選舉中，激進“台獨”勢力受到重大打擊，“建國黨”得票率相當低，民進黨亦因其“台獨”主張給民眾帶來疑慮，不僅失去了台北市長席位，在“立委”選舉中也遭受挫折。1999年5月民進黨迫於形勢，通過“台灣前途決議文”，稱“台灣，固然依目前憲法稱為中華民國，但與中華人民共和國互不隸屬”。這是在民進黨正式決議中首次公開承認所謂“中華民國”。該決議文基本上是因應2000年3月將舉行的“總統”選舉而進行的策略性調整，並沒有觸及“台獨黨綱”，“台灣是一主權獨立國家”和“公投決定台灣前途”等民進黨的核心政策沒有任何改變，“台獨”基本理念和最終目標也沒有根本的改變。
李登輝執政12年，對以民進黨為代表的“台獨”勢力大力扶持、縱容，導致其迅速膨脹，實力發展壯大。曆經數次選舉，民進黨掌握了島內三成左右的基本票源，且控製了台灣本島21個縣市中的半數以上縣市和高雄市的政權，在“立法院”也擁有近三分之一以上的席位。這些都為民進黨走向“執政”奠定了社會基礎，提供了政治資源和動員力量。2000年3月，主張“台獨”的民進黨候選人陳水扁當選台灣地區領導人。這一結果是李登輝長期縱容、扶持“台獨”勢力壯大的必然發展。
（四）推行製造“兩個中國”分裂路線，公然拋出“兩國論”
李登輝上台初期，由於地位不穩，在兩岸關係上延續了蔣經國有關“一個中國”、“反共複國”、“反對分裂國土”等既定的政策。1988年，他在上台後的首次記者會上說“中華民國的國策，就是一個中國的政策，而沒有兩個中國的政策”，還多次公開表示“中國隻有一個，應當統一，也必將統一”，“一個中國原則是最高原則”。但是，隨著權位逐漸穩固，李登輝開始背棄一個中國原則。從1990年開始，李登輝相繼鼓吹“兩個政府”、“兩個對等政治實體”、“台灣已經是個主權獨立的國家，國名就是中華民國”，自食其言說他“始終沒有講過一個中國”，妄稱“中國這個詞是含糊不清的”，鼓吹“中華民國和中華人民共和國為互不隸屬的兩個主權國家”。1999年，李登輝在行將下台前夕加快了分裂國家的步伐。他於5月出版《台灣的主張》，鼓吹要把中國分成七塊各自享有“充分自主權”的區域。7月9日，他公然將兩岸關係定位為“國家與國家、至少是特殊的國與國關係”，拋出了“兩國論”分裂主張，徹底暴露了蓄意分裂中國領土和主權、妄圖把台灣從祖國分割出去的政治本質。
李登輝除了發表分裂言論、主張外，還采取了一係列分裂祖國的實際步驟。在政治上，推動以“中華民國在台灣”為中心內容的“憲政改革”，力圖通過“修憲”和“公民投票入憲”建立與“兩國論”相適應的政治體製。他縱容、扶持“台獨”分裂勢力及其活動，使“台獨”勢力發展壯大。在國際上，以“金錢外交”為手段，不遺餘力地進行以製造“兩個中國”為目的的“拓展國際生存空間”活動，力圖使台灣獲得“獨立國際人格”和“實質獨立”。1993年以後，連續7年推動所謂“參與聯合國”活動，甚至提出要以十億美元換取進入聯合國的“門票”。在軍事上，推行以祖國大陸為敵的軍事戰略，大量向外國購買先進武器，謀求加入美日籌建的戰區導彈防禦係統，企圖與他國組成某種形式的軍事同盟。在思想文化上，鼓吹“台灣生命共同體”，推動“本土化教育改革”，修改教科書，圖謀抹殺台灣同胞特別是年輕一代的中國人意識和對祖國的認同，挑起台灣同胞對祖國的誤解和疏離感，割斷兩岸人民的精神文化紐帶。