（二）李登輝在黨內清除異己，導致國民黨分裂並走向衰敗
李登輝上台伊始，為爭奪黨、政、軍大權，開始全麵削弱親蔣派和外省籍勢力，國民黨內的爭權奪利鬥爭愈演愈烈。
國民黨內的政爭首先表現為主流派與非主流派之爭。1990年2月，國民黨召開十三屆臨時中央全會。李登輝等為代表的主流派和以李煥、郝柏村、林洋港、蔣緯國為代表的非主流派之間，就“總統”、“副總統”人選問題展開了激烈的較量，展開了“林（洋港）蔣（緯國）配”與“雙李（李登輝和李元簇）配”的對決，成為國民黨當局退台40年來最大的一次權力鬥爭。結果，在主流派的分化以及蔣彥士、陳立夫等八大老斡旋下，主流派擊退了非主流派的進攻，開始占據黨內權力主導地位。
“二月政爭”失利後，非主流派在黨內的地位和影響力有所下降，但對主流派仍有一定抗衡實力。在隨後的“行政院”改組過程中，李登輝雖排斥了主要政敵李煥，但不得不啟用郝柏村出任“行政院長”。此後，曆經國民黨十三屆三中全會、十四大，李登輝利用輿論、民進黨等“台獨”勢力和挑動省籍矛盾推動“反郝運動”，郝柏村被迫下台。以此為標誌，非主流派最終被全麵排擠出黨、政、軍權力核心，失去了在黨內大規模抗爭的實力。
此後，由於李登輝繼續打擊非主流派，導致國民黨二次分裂；1998年後又排斥宋楚瑜，導致國民黨第三次分裂。
第一次分裂。1993年8月，非主流派新生代的中堅力量—以趙少康、王建煊等為核心、成立剛四年的“新國民黨連線”成員因不滿李登輝為首的主流派，感到在黨內生存和發展空間被擠壓，遂以反對國民黨“黑金政治”、李登輝個人專製為旗號，集體退出國民黨，另外成立新黨。這是國民黨當局退台40年來的第一次公開分裂。
第二次分裂。非主流派式微後，郝柏村、林洋港等國民黨高層人士與李登輝的鬥爭一直持續到1996年的第九屆“總統”選舉。由於李登輝違背誠信再度參選，林、郝二人最終與李分道揚鑣，自行參選，國民黨第二次分裂。1996年3月李登輝當選“總統”，曆時數年的主流派和非主流派之爭就此畫上了句點。
第三次分裂。1999年，國民黨提名下屆“總統”候選人時，李登輝置國民黨基層強烈要求連戰、宋楚瑜搭擋競選的呼聲於不顧，極力打擊已離開省長職位的宋楚瑜，“連宋配”破局，宋徑行宣布參選2000年“總統”，成為國民黨當局退台後最大的一次分裂。
李登輝主政以來國民黨的三次大分裂，嚴重削弱了國民黨的實力。國民黨號稱200萬黨員，但在李登輝一意孤行推行“兩個中國”的分裂路線、不斷整肅異己下，黨內分裂，菁英出走流失，黨員凝聚力渙散，選舉得票率每況愈下。1986年、1989年、1992年、1995年和1998年五次“立委”選舉，國民黨得票率依次是69.87%、60.14%、53.02%、46.06%、46.43%，從近七成直落至五成以下。1989年、1993年、1997年的三次縣市長選舉，國民黨的得票率也一路下滑，分別是53.50%、47.47%、42.12%。尤其是1997年縣市長選舉，國民黨在全省21個縣市僅保住了6個偏遠的農業縣市。而2000年大選，國民黨在宋楚瑜參選、嚴重分裂的情況下，得票率竟然隻有23.1%，拱手交出了長達50餘年的執政權。
李登輝在推行“本土化”過程中，不僅打擊異己，大量安插親信，而且把國民黨定位為“外來政權”，推行“中華民國在台灣”的理念，對國民黨灌輸分裂思想，使國民黨從思想上也發生了蛻變。1999年8月，在李登輝的操縱下，其“兩國論”分裂主張納入國民黨決議，使國民黨淪為其推行分裂路線的工具。
（三）大力扶植民進黨等各種分裂勢力，擴大“台獨”的社會基礎
蔣氏父子統治台灣期間，明確反對“台獨”，對島內“台獨”活動進行嚴厲鎮壓和打擊，“台獨”勢力在相當長的一段時間裏，隻能在美國、日本等外國勢力的支持與庇護下在海外活動，組織鬆散，社會基礎薄弱。
20世紀70年代，島內“反蔣民主”運動興起，“台獨”分子開始披著“爭民主、爭人權”的外衣大肆活動。1986年9月，民進黨成立，島內“台獨”勢力開始以政黨的名義公開活動。李登輝上台後，大力推行“本土化”、“民主化”政策，以落實民主、推行政黨政治為名，刻意培植民進黨，對島內“台獨”活動采取默認、姑息與縱容的態度，“台獨”活動遂從非法、秘密走向合法、公開，“台獨”思潮在島內蔓延泛濫。
1988年4月17日，民進黨召開二屆一次臨時會，正式通過決議，宣稱“台灣國際主權獨立，不屬於以北京為首都之中華人民共和國”。1989年底，台灣當局向“台獨”分子妥協，給予其實際上的“言論自由”。從此，台灣當局實際上已不禁止“台獨”活動。與此同時，在台灣當局的縱容下，海外“台獨”組織不斷向島內滲透。80年代末，海外“台獨”分子與民進黨等島內“台獨”勢力相勾結，發起了“突破黑名單、爭取返鄉權”運動。1988年和1989年，“世界台灣同鄉會”在台灣舉行第15屆、16屆年會，公開提出要製定“新憲法”、選舉“新國會”、成立“新國家”。1991年，在美國最大的“台獨”組織“台獨聯盟”遷回台灣，隨後集體加入民進黨。1991年10月，民進黨召開五大，公然將“建立主權獨立自主的台灣共和國暨製定新憲法，應交由台灣人以公民投票方式選擇決定”列入黨綱，演變成“台獨黨”。1992年5月，台“立法院”修改“刑法”，三讀通過廢除“刑法第100條”和“國家安全法”相關條文，從而使鼓吹和從事非暴力的“台獨”活動合法化。一大批在押的“台獨”分子因免予起訴或免於刑責而陸續獲釋，形形色色的“台獨”組織紛紛成立，迅速達到30多個。民進黨各種“台獨”組織粗野地進行諸如製定“台灣共和國憲法草案”、“新國旗”、“新國歌”和推行所謂“公民投票運動”等名目繁多的分裂活動。