1994年5月2日至8日，第二屆“國大”第四次臨時會議召開，進行第三次“修憲”。經過激烈爭論，在民進黨籍“國代”全體退場的情況下，以前兩次“增修條文”為基礎形成了新的10條“憲法增修條文”，重要內容包括下任“總統、副總統由公民直接選舉產生”、“國民大會自第三屆起設置議長、副議長”等。
1997年5月，為達成“總統擴權”和“凍省”的目標，李登輝主導進行了第四次“修憲”。經過兩個半月的激烈較量，李登輝無視社會輿論的強烈反對，在民進黨暗助下，通過了新的11條“憲法增修條文”。主要內容有：“行政院長”由“總統”直接任命；凍結台灣省長、省議員選舉；取消“立法院”對“行政院長”的同意權，增加了“倒閣權”、“彈劾權”，“立法委員”總額225人等等。
1999年5月開始的第五次“修憲”，主要議題是調整“國民大會”職權和創製複決權的法製化。由於國、民兩黨協商未果，加上李登輝拋出“兩國論”，議程被迫遲延了近5個月。9月4日，因李登輝暗中策劃，國、民兩黨全力動員，通過了“國代”延任案及凍結“國代”選舉的“自肥條款”等“修憲”案。但該案迅速遭到了輿論的強烈質疑和抨擊，迫於巨大壓力，國民黨被迫將該案申請“大法官會議”解釋。2000年初，“大法官會議”作出解釋，宣布“國代延任案”無效。
2000年4月，進行了第六次“修憲”，三屆“國民大會”第五次會議三讀完成“國大虛級化”等“憲法增修條文”。規定，未來視任務需要、根據比例代表製產生300位“國大代表”，“任務型國大”集會以一個月為限，複決“立法院”提出的“憲法修正案”、“領土變更案”及議決“立法院”提出的“總統、副總統彈劾案”；“國民大會”職權移轉“立法院”等。
從1990年至2000年，李登輝主導的六次“修憲”，是國民黨統治台灣50餘年政治發展過程中的重要事件之一。“憲政改革”對台灣政治的影響是巨大的。
首先，它基本顛覆了舊的“中華民國法統”，加速了國民黨當局“政權本土化”。自此，所有“中央民意代表”和台灣地區領導人，均由台澎金馬地區居民直接選舉產生，表明象征“中華民國法統”的“中央民意機構”和最高權力中心“本土化”基本完成。同時，以“五權分立”為中心的“政治體製”也發生了實質變化，“國民大會”虛級化，“立法院”對“總統”的製衡力大大減弱，“政權組織形式”由“內閣製”偏向“總統製”，“監察院”、“考試院”權力萎縮，“五權體製”名存實亡。“台灣省”的凍結，改變了原來的四級行政架構。這些重大變革，基本確立了“中華民國在台灣”的“憲政架構”。
1994年5月2日至8日，第二屆“國大”第四次臨時會議召開，進行第三次“修憲”。經過激烈爭論，在民進黨籍“國代”全體退場的情況下，以前兩次“增修條文”為基礎形成了新的10條“憲法增修條文”，重要內容包括下任“總統、副總統由公民直接選舉產生”、“國民大會自第三屆起設置議長、副議長”等。
1997年5月，為達成“總統擴權”和“凍省”的目標，李登輝主導進行了第四次“修憲”。經過兩個半月的激烈較量，李登輝無視社會輿論的強烈反對，在民進黨暗助下，通過了新的11條“憲法增修條文”。主要內容有：“行政院長”由“總統”直接任命；凍結台灣省長、省議員選舉；取消“立法院”對“行政院長”的同意權，增加了“倒閣權”、“彈劾權”，“立法委員”總額225人等等。
1999年5月開始的第五次“修憲”，主要議題是調整“國民大會”職權和創製複決權的法製化。由於國、民兩黨協商未果，加上李登輝拋出“兩國論”，議程被迫遲延了近5個月。9月4日，因李登輝暗中策劃，國、民兩黨全力動員，通過了“國代”延任案及凍結“國代”選舉的“自肥條款”等“修憲”案。但該案迅速遭到了輿論的強烈質疑和抨擊，迫於巨大壓力，國民黨被迫將該案申請“大法官會議”解釋。2000年初，“大法官會議”作出解釋，宣布“國代延任案”無效。
2000年4月，進行了第六次“修憲”，三屆“國民大會”第五次會議三讀完成“國大虛級化”等“憲法增修條文”。規定，未來視任務需要、根據比例代表製產生300位“國大代表”，“任務型國大”集會以一個月為限，複決“立法院”提出的“憲法修正案”、“領土變更案”及議決“立法院”提出的“總統、副總統彈劾案”；“國民大會”職權移轉“立法院”等。
從1990年至2000年，李登輝主導的六次“修憲”，是國民黨統治台灣50餘年政治發展過程中的重要事件之一。“憲政改革”對台灣政治的影響是巨大的。
首先，它基本顛覆了舊的“中華民國法統”，加速了國民黨當局“政權本土化”。自此，所有“中央民意代表”和台灣地區領導人，均由台澎金馬地區居民直接選舉產生，表明象征“中華民國法統”的“中央民意機構”和最高權力中心“本土化”基本完成。同時，以“五權分立”為中心的“政治體製”也發生了實質變化，“國民大會”虛級化，“立法院”對“總統”的製衡力大大減弱，“政權組織形式”由“內閣製”偏向“總統製”，“監察院”、“考試院”權力萎縮，“五權體製”名存實亡。“台灣省”的凍結，改變了原來的四級行政架構。這些重大變革，基本確立了“中華民國在台灣”的“憲政架構”。
其次，促進了島內政黨政治所需環境的形成。以“憲法增修條文”為依據的各項公職人員選舉，民進黨選舉競爭實力的不斷增強，新黨的成立，逐漸打破了國民黨“一黨獨大”的政治格局，開啟了島內政治力量多元化的局麵。截至2000年，島內登記在案的政黨近90個。政黨選舉競爭的常態化，極大地推動了政黨政治，台灣政治運作方式開始向所謂“西方民主政治”過渡。